關聯公司開了發票，施工單位承擔增值稅甚至附加稅，但還有企業所得稅，需要雙方協商。根據《中華人民共和國國家稅務總局關於印發的通知:1。工程承包人、個體戶和其他從事建築安裝業的個人為個人所得稅的納稅人。從建築安裝業取得的所得，應當依法繳納個人所得稅。第二，關於具體征收方式，主管稅務機關可根據工程規模、工程合同(協議)價款和工程完工進度，對未設置會計賬簿或不能準確、完整核算的單位和個人的應納稅所得額或應納稅額進行核定，以此征稅。具體審批辦法由縣級以上稅務機關制定。
法律客觀性:
《建築法》第六十六條:“建築施工企業轉讓、出借資質證書或者以其他方式允許他人以自己的名義承攬工程的，責令改正，沒收違法所得，處以罰款，並可以責令停業整頓，降低資質等級；情節嚴重的，吊銷資質證書。因承包的工程不符合規定的質量標準造成損失的，建築施工企業與使用企業名義的單位或者個人承擔連帶責任。”關聯企業和關聯人對建設工程本身不符合質量標準造成的損失承擔連帶責任，這往往給關聯企業帶來非常嚴重的損失，有時甚至會帶來毀滅性的後果。收取的管理費可能遠遠不足以彌補損失。