為了擴大醫院服務範圍，更為廣州市海珠區及南海、番禺、順德、中山等壹帶提供醫療方便，中山二院於2000年3月在海珠區瑞寶興建壹所現代化綜合性三級甲等醫院，命名為“中山大學附屬第二醫院南院”（簡稱中山二院南院）。
南院為中山二院的延伸部分，其建院目標是：將南院創辦成為以“肝膽外科”為特色的綜合性醫院。南院與總院為統壹整體，資源***享；醫療技術隊伍由本院派出的優秀專家和技術骨幹組成。
南院於2002年1月正式開業，位於廣州市海珠區東曉南路與盈豐路交界處，占地7000平方米，建築面積26000平方米，另有4000平方米的大型停車場。醫院大樓分前後二座，前座為綜合門診部，急診室和綜合內科、婦科腫瘤和婦科內分泌以及小兒外科住院部；後座為普通外科住院部，總病床超過300余張。門急診開設有：急診科、內科、外科、婦產科、兒科、皮膚科、中醫科、神經內科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、康復科以及相關的輔助科室，即：手術室、檢驗科、放射科、B超室、心電圖、血庫、中心註射室、掛號收費處和中、西藥房等。各專科常規醫療設備配置齊全，完全滿足臨床常規檢查的需要。
南院醫療業務運行由本院統壹協調。南院門診實行周壹至周日全周開診，急診24小時倒班，配置救護車；中山二院總院定期派出副教授以上的專家到南院坐診、查房、會診；醫院總部——南院之間開設往返巴士，如果在南院就醫的患者遇到壹些特殊檢查須到中山二院總院檢查，將由醫院安排專車接送到院總部接受檢查。因此在南院就診將會享受到全方位的優質便利服務。南院建設和裝修廣州壹流，將以嶄新的風藐為您提供全新的、現代化的、壹流水平的醫療服務。中山二院南院全體醫護人員向社會承諾：醫術精湛、服務滿意、收費合理。