在明朝中後期，晉祠又進行了多次大規模的修繕與擴建。這期間，晉祠先後創建和修繕了水母樓、東嶽祠對越坊、鐘鼓樓、水鏡臺、會仙橋、靜怡園、朝陽洞、老君洞和老君廟等。
以聖母殿為主體的中軸線建築，從而改變了宋以前晉祠以唐叔虞祠為主的建築格局，聖母邑姜成為晉祠供奉的主神。
水母樓位於聖母殿之南、難老泉亭的西邊，創建於1563年，俗稱“梳妝樓”、“水晶宮”。晉水之源出自於水母樓下，而水母樓就是奉祀晉水源頭三泉之壹的難老泉水神的祠堂。水母樓南北寬14.5米，東西深12米，高14.5米，面積為348平方米。
水母樓為兩重樓閣、重檐歇山頂，上下兩層都有回廊，樓下是壹明兩暗三窟北方式窯洞，在中間石窟內供奉銅質水母像壹尊，高壹米余，端坐於甕形蓮花座上，神態自若，束發未竟，壹副村姑模樣，與壹般的神像大不相同。
民間傳說，水母為民婦柳氏，受婆婆虐待，每日從遠處挑水，桶用尖底，中途不許休息，勞碌不堪。遇壹仙人，同情其處境，贈其馬鞭，置於缸中，稍提即清水滿缸。
婆婆窺見此情，趁她梳頭時，猛壹抽鞭，頓時大水漫流，柳氏情急，急坐缸上，大水頓消，只有小水流出，這便是晉水的源頭難老泉。
據說，洞中這尊水母銅像就是按此傳說設計塑造。此塑像毫無神仙肅穆玄虛之狀，柳氏端坐甕上，神態安詳，裝飾簡樸，發髻未束，意態自若。
圍廊四周繞以石欄，雕刻樸實粗壯，上下兩層廊四周均設平身科壹攢，鬥拱為鬥口挑，轉角處鬥拱後尾挑小抹角梁。
樓上為木結構建築，面闊三間，進深兩間，正中的開間開辟兩扇門，兩次間砌欄墻，上面為直欞窗。樓中有泥塑水母和風格別致、造型優美奇特的8尊“魚美人”明代彩塑。
所謂“魚美人”是前為美女狀，後為遊魚形，把人與魚的造型，和諧而協調地融於壹體之上，個個貌姣形奇，含情脈脈，栩栩如生。
南北兩壁有明代民間藝人所作的壁畫，主題是描寫水母朝觀音的仙儀，用筆飄灑，不加修飾，生動有力。其“構思精巧，設計神妙，是世界之最”。
尤其8尊水母侍女，整個美人身體如魚形，在似與不似之間，尤其神似。在樓上的東檐下，掛有“懸山響玉”壹匾，為清代乾隆年間的著名書法家楊二酉之作。
東嶽祠又名泰山廟，創建年代不詳，1567年及清朝都曾重修，是祭祀東嶽泰山的天齊仁聖大帝黃飛虎的廟宇，其西北隅與後來的昊天神祠相鄰，東邊與後來的文昌宮相接。東嶽祠坐北向南，占地面積428.4平方米。
東嶽祠正殿面寬三間，進深兩間，單檐懸山頂，明間檐下懸掛“治理明幽”橫匾。殿內塑天齊仁聖大帝像，四壁繪有陰曹地府壁畫。殿前的享庭為方形，歇山頂，四面無墻，像壹個方形的亭子，四根角柱均用磚圍砌成軟心方形墻。
在享庭前建有小巧的儀門，二柱壹門，卷棚頂，小巧玲瓏，壹個小牌坊。從儀門至正殿四周，磚砌低矮的花墻，形成壹個獨立的小院。在院內有壹棵西周時所植的“長齡柏”和漢代時所植的壹棵古槐，粗壯的軀幹，色黑而多節，氣派非凡。
對越坊位於獻殿前，建於1576年，因其坊上有明代著名書法家高應元所書“對越”兩字，所以名叫“對越坊”。
“對越”二字取自《詩經·清廟》中的“對越在天”之句，“對”是報答，“越”是宣揚，合起來就是宣揚報答之意。
對越坊的牌坊高9.5米，四柱三間三樓，當心間高大凸起，檐下鬥拱密致，縱橫交叉，造型精美，雕刻玲瓏，瓦頂全部用琉璃覆蓋，雄壯而富麗。
牌坊上原有邑姜氏為叔虞命名、周成王剪桐封國、智伯水灌晉陽、豫讓石橋刺趙等有關晉祠歷史故事的彩繪。後來，經多次裝修，對越坊的彩繪內容已改為八仙、楊戩、哪咤等內容。
牌坊前臺基上蹲坐鐵獅壹對，左雄右雌，骨骼雄健，體形微側，脊骨隆起，鬈鬣巨口，莊嚴渾厚，鑄造之法極為精美。這對鐵獅子為牌坊的氣勢增色不少，使牌坊越發顯得高大壯麗。
在對越坊的兩側建有鐘樓和鼓樓，合稱“鐘鼓樓”，建於1606年，1844年重修。鐘鼓樓在古代的作用非常明顯，晉祠內每日的晨鐘暮鼓就是由鐘鼓樓發出，以提醒人們警覺。
兩樓形制相同，樓基均為方形，長寬各3余米，高3余米。西向設階梯。樓臺上廊柱壹周，每面各四柱，柱間安木柵欄。上為重檐十字歇山頂，用黃、綠、藍三色琉璃脊飾覆蓋。
北面為鐘樓，內懸大鐵鐘壹口，高2米多，直徑壹米的萬斤巨鐘，厚16.67厘米，鐘口邊緣呈波浪形。鐘上鑄有“救封廣惠顯靈昭濟聖母廟鐘成續文”字樣。造型雄偉，鐘聲洪亮，鑄文工整清晰，是明代鑄造技術的典型代表作。
南面為鼓樓，鼓樓內擺放著壹面大鼓，形如圓月，鼓身高近2米，鼓面直徑1米有余，並加以彩繪，龍蟠於左，鷺翔於右，它們猶如坊之兩翼，更增添了對越坊的壯麗雄渾。大鼓下面有木座，為祭祀時用。