地衣用途廣泛。地衣分泌100多種地衣酸，其中許多具有很強的抗菌能力。《本草綱目》中有幾種松蘿和石蕊，可以用來提取抗生素。還發現許多地衣多糖具有抗癌作用。
有些地衣是可以吃的，比如中日特產的肚臍，味道鮮美，被視為山珍海味之壹。生長在北極苔原上的地衣群落是馴鹿的主要食物。
地衣可以用作工業原料。例如，染料木科的地衣可以用來提取染料，從染料木科和石蕊中提取的石蕊色素可以用來制作pH定性試劑。樹花衣可用作制作香水的定香劑和化妝品原料。附著在茶樹和柑橘樹上的地衣會對寄主造成傷害，因為它們的菌絲紮根在寄主皮層中吸收養分。雲杉和冷杉的樹冠經常被松樹覆蓋，嚴重時會導致樹木死亡。
地衣對空氣汙染非常敏感，可以作為空氣汙染的指示植物。根據各種地衣對二氧化硫(SO2)的敏感性，提出沒有地衣存在的區域為嚴重SO2汙染區，只有殼狀地衣生長的區域為輕度SO2汙染區，樹枝狀地衣正常生長的區域為無SO2汙染的清潔區。