1、兩者創辦時代背景不同。新華書店創於1937年4月，屬於抗戰時，匯文書店創於1995年5月，屬於改革開放後。
2、集團性質不同。新華書店是國家官方的書店，也是國家刊物宣傳與發售處之壹。匯文書業（集團）公司，是壹家集圖書分銷、直營連鎖與教育圖書研發為壹體的圖書經營專業化公司。
3、規模不同。新華書店不僅遍及全國，還在美國、英國等地開設分店。匯文書店分布範圍盡在東三省、山東、河南等地開設分店。