在1941年到1944年期間，***產主義遊擊隊和民族主義遊擊隊非但與意大利和德國占領軍作戰，為了爭奪對戰後阿爾巴尼亞的控制權，他們彼此之間也發生了殘酷的鬥爭。依靠南斯拉夫***產黨的支持，從意大利投降的1943年9月到德國撤退的1944年末，裝備有英美武器的阿爾巴尼亞***產黨遊擊隊在內戰中戰勝了民族主義者。軍事上的勝利，而不是馬克思主義的魅力，把阿爾巴尼亞***產黨從阿爾巴尼亞政治舞臺的幕後推向了前臺。阿爾巴尼亞的宣傳機器往往自豪地聲稱***產黨在沒有壹個蘇聯士兵涉足阿爾巴尼亞領土的情況下解放了全國，但他們卻回避了這樣壹個事實：阿爾巴尼亞***產黨武裝是由南斯拉夫人組織，並由西方盟軍武裝起來的，軸心國部隊之所以從阿爾巴尼亞撤退也主要是因為在阿爾巴尼亞境外的軍事失利。
隨著阿爾巴尼亞的被占領，阿爾巴尼亞人民就開始了遭受法西斯奴役的苦難時期，也開始了阿爾巴尼亞人民爭取民族解放的運動。工廠和大建築工地成了對資本主義剝削和占領者進行鬥爭的中心，中學也成了轟轟烈烈的反法西斯運動的基地。但是，當時的阿爾巴尼亞反法西斯鬥爭並沒有壹個革命的政黨來領導。於是，1941年10月，南斯拉夫***產黨領袖約瑟夫·布魯茲·鐵托派代表前往阿爾巴尼亞，設法將這個國家許多分散的、弱小的***產主義小組合並為壹個統壹的黨組織。壹個月內，他們就建立了壹個受南斯拉夫人控制的阿爾巴尼亞***產黨。阿***最初只有130名黨員，由壹個以霍查為首的11人中央委員會領導。阿爾巴尼亞***產黨的戰略目標是：“為爭取阿爾巴尼亞人民的民族獨立，為在擺脫法西斯主義的阿爾巴尼亞建立人民民主政府而鬥爭。”
阿爾巴尼亞***產黨成立後，臨時中央委員會全體委員分別到各州建立新的支部。但是，阿爾巴尼亞***產黨最初沒有吸引多少公眾的註意力，其下屬的青年團組織幾乎沒有招募到任何人。到了1942年中期，阿***領導人聽從了鐵托的建議，停止了馬列主義的宣傳，把重點放在呼籲民族解放的事業上，這使阿***迅速獲得不少支持者。1942年9月，阿***把許多地下抵抗小組，包括壹些激進的反***團體集合在了壹起，組成了壹個廣泛的統壹戰線組織——“民族解放運動”（NLM）。以前“在阿爾巴尼亞是不敢也不可能談到***產黨的，這時***產黨的名稱很快在人民中間傳開了，出現了越來越多的擁護者”。
1941年11月28日阿爾巴尼亞“響起了反法西斯武裝鬥爭的第壹槍”，地下軍在地拉那殺死了壹個專門迫害政治活動分子的阿奸警察隊頭目。到1942年，幾乎整個阿爾巴尼亞到處都有遊擊隊，據統計***有40多隊，人數超過1萬。他們襲擊法西斯意大利的汽車隊和部隊，與此同時地下軍也在城市中進行活動，消滅法西斯罪犯。阿爾巴尼亞***產黨還把遊擊隊或個人所取得的所有成就，通過秘密發行的定期公報和小冊子報道給公眾，特別是在1942年8月25日，阿爾巴尼亞***產黨機關報《人民之聲》秘密創刊，“它成為阿爾巴尼亞民族解放政治運動理論綱領和戰鬥實踐的向導”。
1942年9月16日，為了使人民的團結在全國範圍內都建立在牢固的政治基礎和組織基礎之上，阿爾巴尼亞***產黨中央委員會在佩薩召開了阿爾巴尼亞民族解放代表會議，會議的決議“把兩個歷史過程從時間上和空間上結合成了壹個統壹的革命，這兩個歷史過程就是爭取祖國獨立的民族解放鬥爭和爭取在阿爾巴尼亞建立真正民主制的人民革命”。
佩薩會議後，意大利占領者在阿爾巴尼亞南部、中部和北部的27個地區，用大量兵力進行掃蕩，燒毀了數百幢農民房屋，殺害了許多婦女、老人、青年和兒童，但都沒有撲滅遊擊運動。相反，遊擊運動在阿爾巴尼亞越燒越旺。1942年12月，阿爾巴尼亞***產黨收到了***產國際執委會關於民族解放戰爭的指示，“阿爾巴尼亞***產黨被承認是國際***產主義運動的壹支部隊”，這大大地鼓舞了阿***。1943年3月17日，阿爾巴尼亞***產黨召開了第壹次全國代表會議，號召阿爾巴尼亞人民踴躍參加遊擊隊，加強武裝鬥爭，以迎接總起義，會議選舉恩維爾·霍查為阿爾巴尼亞***產黨總書記。響應會議號召，在不到三個月的時間內，遊擊隊人數增加了壹倍，他們在全國四面八方給法西斯占領者以接二連三的打擊，僅僅在佩爾梅特的戰鬥中，就有五百多敵人被擊斃。1943年4月，阿爾巴尼亞最高民族解放會議召開，會上壹致決定建立“民族解放軍總司令部”，7月10日總司令部成立，霍查任政委。8月15日建立了由謝胡指揮的“民族解放軍第壹突擊旅”，它和另外30個遊擊大隊轉戰全國各地，直到解放各城市。
民族主義抵抗力量
1942年10月出現了壹個反抗意大利占領的民族主義抵抗力量。阿裏·克裏蘇拉和米德哈特·弗拉什尼創建了親西方的反***組織“國民陣線”，參加這個組織的大都是大地主、富農和中農。“國民陣線”反對國王索古復辟，謀求建立壹個***和國，並對社會經濟結構進行改革。然而，“國民陣線”領導人卻十分保守，害怕占領者對無辜農民的報復或沒收地主的財產。為了維護自己的財產和權力，蓋格酋長和托斯克地主等民族主義者先後向意大利人和德國人妥協。
意大利人投降後，被德國人占領前
1943年，隨著貝尼托·墨索裏尼的法西斯政權倒臺和意大利軍隊的投降，意大利在阿爾巴尼亞建立的軍隊和警察機構土崩瓦解。阿爾巴尼亞遊擊隊沈重地打擊了五個意大利師，熱情高漲的年輕人紛紛加入遊擊隊。阿爾巴尼亞***產黨控制了阿爾巴尼亞南部除了發羅拉以外的所有城市，發羅拉是“國民陣線”的壹個要塞。“民族解放運動”中的民族主義者控制了北部大部分地區。戰爭期間在阿爾巴尼亞工作的英國代表向阿爾巴尼亞遊擊隊轉達了壹個信息：盟軍計劃在巴爾幹半島發動壹次大規模登陸戰，這要求阿爾巴尼亞兩派抵抗力量聯合起來配合盟軍的軍事行動。1943年8月，盟軍說服***產黨和“國民陣線”的領導人在地拉那附近的穆凱村會晤，並建立了壹個“阿爾巴尼亞救助委員會”以協調兩派遊擊隊的行動。然而，由於在戰後科索沃地位問題上無法達成壹致，這兩派最終中斷了壹切合作關系。受南斯拉夫人控制的阿爾巴尼亞***產黨支持戰後科索沃回歸南斯拉夫，但民族主義的“國民陣線”堅持科索沃是阿爾巴尼亞的壹個省。穆凱會議的代表同意戰後在科索沃舉行公民投票來決定這壹地區的地位；但迫於南斯拉夫方面的壓力，***產黨很快就違背了諾言。壹個月後，***產黨遊擊隊向“國民陣線”遊擊隊發動了進攻，挑起內戰。戰鬥主要在阿爾巴尼亞南部進行，壹直持續到第二年。春秋中文社區
德國人的占領
1943年，在阿爾巴尼亞遊擊隊企圖拿下首都以前，德軍出動傘兵空降地拉那，並占領阿爾巴尼亞全境，把遊擊隊趕進南部山區。柏林隨後宣布承認阿爾巴尼亞的獨立和中立，並組建了阿爾巴尼亞政府、警察和軍隊。德國人沒有對阿爾巴尼亞實行鐵腕統治。他們更希望通過壹系列措施，例如把科索沃並入阿爾巴尼亞，來贏得阿爾巴尼亞人的支持。壹些“國民陣線”部隊與德軍合作打擊***產黨遊擊隊，個別“國民陣線”領導人甚至在德國人建立的傀儡政府中任職。黨衛軍“斯坎德培”師等阿爾巴尼亞偽軍也在科索沃大肆屠殺塞爾維亞人。1943年12月，第三個抵抗組織，壹個反***抗德的保皇派武裝“正統軍”在阿爾巴尼亞北部山區成立。原來，***產黨宣布阿爾巴尼亞與科索沃分離後，壹些蓋格遊擊隊員便脫離了“民族解放運動”，在阿巴斯·庫皮的領導下建立了“正統軍”。
***產黨接管阿爾巴尼亞
***產黨臨時行政當局
1943年和1944年之交的整個冬季，阿爾巴尼亞遊擊隊與德軍進行了激烈的交鋒，雙方損失都很大，幾乎持續了三個月，遊擊隊未能擋住德軍的進攻。1944年4月，在英軍的武器援助下，“民族解放軍”轉入反攻。5月，阿爾巴尼亞遊擊隊仿照南斯拉夫的樣子建立了壹個“反法西斯民族解放委員會”作為臨時行政和立法機構，恩維爾·霍查任執行委員會主席和“民族解放軍”最高司令。1944年夏季中期，***產黨遊擊隊在阿爾巴尼亞南部擊退了最後壹批“國民陣線”武裝力量。7月末遊擊隊進入阿爾巴尼亞中部和北部地區時，僅僅遇到了“國民陣線”殘余勢力和“正統軍”的零星抵抗。英國軍事代表團指示民族主義者不要反抗***產黨的北進，並迫使庫皮流亡意大利。到8月底，遊擊隊就解放了大部分國土，隨後他們向城市展開進攻，開始了民族解放的最後階段。10月，發羅拉解放。10月20日解放貝拉特城時，在這裏舉行了佩爾梅特代表大會，會議決定把“反法西斯民族解放委員會”改名為“阿爾巴尼亞民主政府”，由恩維爾·霍查任總理。會議壹結束，“民族解放軍”又投入戰鬥，開始了徹底解放地拉那的攻擊戰，將民族解放鬥爭推向高潮。在盟軍空軍的掩護下，經過19天的戰鬥，地拉那解放，並成立了“阿爾巴尼亞人民***和國”。11月29日，又解放了斯庫臺。這是阿爾巴尼亞解放的最後壹座城市。
隨後，“民族解放軍”跨出國境，在科索沃協助鐵托擊潰了阿爾巴尼亞民族主義者。又在波斯尼亞的維謝格拉德城殲滅了殘余德軍。
戰爭結局
第二次世界大戰期間，阿爾巴尼亞的地位並不顯眼。希臘和南斯拉夫覬覦他們失去或他們聲稱的阿爾巴尼亞領土已久。既得到英國軍事和外交支持，又與南斯拉夫***產黨有著千絲萬縷關系的“民族解放運動”，保證貝爾格萊德將在戰後阿爾巴尼亞重建過程中扮演重要的角色。盟軍從未承認過國王索古的阿爾巴尼亞流亡政府，也沒有在任何壹次國際會議中討論過阿爾巴尼亞及其邊界問題。沒有人為阿爾巴尼亞在戰爭期間的損失作過可靠的統計。不過，聯合國善後救濟總署報告說阿爾巴尼亞在二戰期間有30000人死亡，200座村莊被毀，18000幢房屋倒塌，大約100000人無家可歸。阿爾巴尼亞官方的統計比這略高。