（1997）
講述了壹個絕對對稱完美主義的建築師利用頻頻發生的爆炸案對柯南發起的極限挑戰的故事。是壹部制作得極其精良的作品，從故事情節上來說，並不是壹個簡單的殺人事件，而更像是美版的“虎膽龍威”以及“007”系列的綜合版。在頻頻發生的爆炸案要求柯南必須在瞬間做出果斷的抉擇，同時還要時刻警惕罪犯向下壹個目標發起攻擊，此外柯南還必須發揮他的超級推理能力，將隱身於幕後的黑手繩之以法。全劇的推理性並不強，兇手幾乎是顯而易見的，它的勝利在於驚心動魄高潮叠蕩的故事情節和氣勢宏大又充滿真實感的火爆場景，當然新壹和小蘭之間的真情流露也是另壹個不容忽視的賣點。劇中制作人員非常註重場景的真實性的表現的。高聳入雲的米花大廈，氣勢恢宏的鐵路大橋以及復古風格的兒童公園都顯得是那樣的美麗真實，給人壹種身臨其境之感。而頻頻出現的逼真爆破場面，更是錦上添花。而結尾處，那根連系著新壹和小蘭的拯救世人命運的紅線觸動了多少人的心啊！
第十四個目標
（1998）
講述了壹個因交通意外而失去味覺的調酒師所展開的瘋狂報復的故事，此劇秉承了《柯南》系列壹貫的作風：變態的犯罪策劃者，驚險的爆破場面，以及接連發生的兇殺案。唯壹的例外是加入了小蘭的父親毛利小五郎和前妻妃英裏的感情糾葛戲。華麗的布景可以說是它最大的賣點，特別是故事的高潮發生地——宏偉而神秘的海上飯店，在制作場景時，制作人員將東京以臺場為中心的沿海街區真實的再現於動畫中，加之以此真實地點為原型的而構造的海中摩天大廈，效果可以說是異常的浪漫動人。再加上那首由日本著名樂隊ZARD演唱並被公認為《柯南》所有劇場版裏最動聽的主題曲——《仿佛回到少女時代》，以及結尾處小蘭和柯南的“意外之吻”，使得此劇在日本上映時，票房超過了10億元！
世紀末的魔術師
（1999）
這部無論是從故事情節上還是從場景設置上都恢復了第壹部所具有那種高水準，主要內容是圍繞著壹顆羅馬諾夫王朝的皇室秘寶「記憶彩蛋」而展開的。柯南最強的對手－－“怪盜KID”再次登場，而小蘭也開始懷疑柯南與新壹的關系，名偵探——江戶川柯南，終於要面對他生平最大的危機，同時，也是史上最難解的謎團！在制作此劇時，工作人員為了貫徹柯南系列所特有的那種寫實場景風格，拍攝了大量的實景照片，取景地點從大阪到橫須賀，範圍大到豪華客輪小到民宿民宅，連步美所住的那棟豪華住宅，就是取景於青山剛昌本人所居住的高級住宅樓（再壹次感嘆，日本的漫畫家真的都非常非常的有money！）。本片中的登場人物非常之多，幾乎柯南系列中的所有人物都出現了，尤其是慣偷KID常常變裝，在眾人的眼皮下以多種形象出現，但因為故事情節的巧妙編排，所以看起來並無雜亂無章之感，反而顯得更加的跌宕起伏，曲折動人。
瞳孔中的暗殺者
（2000）
很有懸念的壹部。劇中小蘭身處案發現場，由於種種原因而失憶了。但是因為連續殺人犯在開槍時，被小蘭看到了他的模樣，而小蘭即遭到了隨時被狙擊的命運！同時這件殺人案又有可能牽連警察內部，平時值得信任的刑警也被當作了嫌犯。為了喚起小蘭的記憶最好的方法就是讓他見到新壹，但是……柯南又要如何化解這次的危機！究竟犯人是誰？會是普通小婁婁，或是為居高階級的警察官！？柯南即將面臨史上又壹次最大危機！！這次的高潮部分發生在新壹變小的那個遊樂場，這次柯南又要壹顯他特工般的劃板工夫了……
通往天國的倒計時
（2001）
柯南壹行人在露營的回家途中順道參觀壹座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高雙塔摩天大樓。而這摩天大樓的擁有者同時也邀請了小五郎與小蘭前來參加開幕典禮，因而與柯南壹行人偶然巧遇。
壹行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟長的壹模壹樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裏卻出現了多位與此建築物有著不同關系的人士！不久之後第壹個殺人事件發生了…。而且，令人不敢相信的是《黑暗組織》的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裏究竟是在跟誰聯絡……
而柯南的真正身份會被那些家夥發現嗎？且灰原哀真正的身份又是？不管目暮警官等人如何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍按照預定進行。為了查出這場發生在總樓層高300公尺的高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵——也就是當初逼迫工藤新壹喝下毒藥使他身體縮小的兇手—《黑色組織》展開壹場史上最恐怖的攻防戰……
貝克街的亡靈
（2002）
東京·米花市·米花市政大樓，這裏正在舉行，能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲「繭」的發表會。結合了最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過計算機的操作讓遊戲者沈睡於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。柯南、小蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上了「繭」。另壹方面，「繭」的研發者兼負責人—堅村，竟然在發表會會場遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱「諾亞方舟」的人工智能闖入「繭」的計算機系統，並切斷身處虛擬世界的50名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣布：「在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。」開始了壹場失控的遊戲……
少數知道柯南身份，同時也是工藤新壹的父親，世界名推理作家—工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修「繭」遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南壹行人必須在「繭」所設定重現的19世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。壹場結合虛擬實境與現實，用50條生命為賭註的遊戲即將開始！
迷宮的十字路口
（2003）
又是櫻花漫舞的時節，整個劇場版充滿濃重的日本傳統氣息。在歷史古都京都連續發生多次案件，而這些案件多數建築於歷史背景之上。隱藏於歷史暗影中的謎團和陷阱、遠遠超出想象的事件向柯南和平次襲來！復雜交織的假相與埋在歷史中的種種迷題，柯南點燃真相之光。棘手案件與推理、友情和戀情……還有柯南的身體終於……？！
在東京某個位於西國立市的神社內，有三名可疑的男子正在密談。突然有個戴著假面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害；與此事件同時，大阪、京都也相繼發生了殺人事件。警方在經過調查後發現，被殺害的五人都是出沒於東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團「源氏螢」的成員。這個集團以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經的故事《義經記》為名，首腦化名「義經」，部下則以「弁慶」為首，各自以家將姓名相稱。
另壹方面，小五郎帶著柯南、小蘭和園子來到了京都。八年前，位於京都的古老寺院——山能寺中的壹尊國寶級佛像遭到偷竊，寺院的住持委托他們解讀壹幅可以判斷佛像藏匿地點的謎樣的畫像，因而請來了小五郎幫忙。柯南懷疑佛像是遭到竊盜集團「源氏螢」所竊，事件開始向破解的方向進展。然而在他到達義經、弁慶的傳說流傳的歷史遺跡——最著名的京都五條大橋調查時，有個手持竹刀的男人突然來襲！
瞬間躲過襲擊的柯南，看到那名男子後感到十分驚奇。那個男子竟是與工藤新壹並稱的西部高中生偵探——服部平次，同時也是少數知道柯南就是工藤新壹的人物之壹。他也是為了追尋在大阪發生的竊盜集團成員被殺事件的真相而到達京都，總是在較勁的柯南與平次，這次為了查出事件的真相，決定連手進行調查，但是，兩人萬萬沒想到，戴著面具的黑影男人居然就出現在他們面前！
在稠密的京都十字路口，隱藏於歷史陰影的謎題及陷阱將襲擊柯南壹行人！難解的事件、細膩的推理、友情、愛情以及主要角色全員到齊！而柯南的身體終於……
銀翼的魔術師
（2004）
演員牧樹裏所擁有的珠寶“命運的寶石”被鎖定成為目標！預告函的署名是怪盜基德。但是，預告函為什麽是送給工藤新壹？基德會再次在柯南面前現身嗎？慘劇的真相到底是什麽？26個文字、滑道、怪盜基德，這壹次的謎題是什麽？關鍵又會是什麽？
某天，毛利偵探事務所接到了知名舞臺劇女演員牧樹裏的委讬。委讬內容是牧樹裏收到怪盜基德預告信，信中指出怪盜基德將在舞臺上奪取牧樹裏佩帶的藍寶石戒指——“命運的寶石”。
於是毛利小五郎接受保護寶石的工作，依據毛利小五郎的推理，基德將在演出的最後壹天前來盜取這顆無價的寶石。在演出的最後壹天，毛利小五郎、小蘭和柯南受邀觀賞舞臺劇，在劇場裏錯綜復雜的人群中，基德到底會假扮成誰出現在大家面前？在緊張的埋伏等候中，出現在大家面前的竟然是工藤新壹！？
柯南壹方面必須保護寶石，另壹方面又不能拆穿基德假扮的工藤新壹，因為拆穿基德就等於公開自己身體縮小的秘密。柯南只好盯緊假的工藤新壹，壹刻都不能松懈。就在舞臺劇即將落幕之前，柯南發現假的工藤新壹不見了，隨即追上，但卻在壹片混亂之中來是讓基德逃脫了。
不過，“命運的寶石”終究是保護住了，牧樹裏為了表示感謝，邀請毛利偵探前往北海道函館的別墅度假，同行的還有壹同演出的其他演員。就在大家都搭上飛機前往函館的機艙裏，壹幕精心設計的殺人劇碼就在大家面前實際上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解開發生在飛機上的密室殺人事件，到底柯南要怎麽行動？
水平線上的陰謀
（2005）
除了故事本身的不同，第九部劇場版的制作相當出彩，由於故事的場景設定在壹艘豪華遊輪上，這就為畫面的表現提供了很大的發揮空間，制作以後的效果也確實配得上這樣的背景，甚至影片上映前就有宣傳拿“鐵達尼”來相比了，雖說有些誇大，但未嘗不是壹個方面。實際比較柯南歷次劇場版以後，可以發現本片的場面還算是比較的恢宏奪目，理應屬於九部劇場版之中的上乘之制作。可以說這是壹部仿效好萊塢電影豪華場面的動畫片，特別是結尾驚心動魄的場景設置，聲畫視聽完全是壹幅動作片的手法，那麽不僅僅只局限於柯南迷們，所有喜歡動畫片的觀眾，似乎都適合看壹看這部電影。當然，對於柯南迷們而言，本片應該沒有讓他們失望，但是也沒有什麽新鮮的味道，只是華麗場面的增加而已。PS:毛利小五郎這次可是有勇有謀、文武雙全。
15年前的壹個霧色濃稠的夜晚，在北大西洋的海上壹艘正在航行中的貨輪“第壹八代丸”，撞上了前方巨大冰川發生事故沈沒。萬幸的是船上大部分人都逃過這壹劫難，只有船長和壹名船上的高級幹部不幸罹難身亡。
時間回到15年後的現在，地點是日本東京西多摩市的別墅密集區，八代財團旗下分屬八代造成業的設計師八代英人，開車的時候心臟病突發，結果車子不幸掉下山崖造成車毀人亡。誰也沒想到，時隔15年且分別發生在海洋和陸地上的兩起事故，會是壹項重大陰謀的開始。
鏡頭轉到正在太平洋上航行的豪華客輪阿芙洛迪特號上，這是根據希臘神話中的代表美麗的愛神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小蘭和毛利小五郎受到園子邀請，參加這首船的處女航。理所當然，這麽受到矚目的豪華客輪，參加處女航的都是些政界、社交界的紳士名媛。
然而沒多久，船上出現了可疑分子，園子更遭到襲擊被其監禁，幸運的是根據柯南的推理順利找回了園子，正在眾人歡欣鼓舞的時候，卻發生了殺人案件。被害者正是這次處女航的主辦人，八代客輪的社長八代貴江，她是半個月以前車禍身亡的八代英人的妻子，緊接著八代財團的董事長，貴江的父親八代延太郎也從船上神秘消失……
獲悉此事的目暮警官帶著壹群警察上船來搜查，同時出動了東京海上保安廳的人對海上進行搜查，陸地上也有警視廳的人在八代英人出事的地點進行再搜查。與此同時，理所當然地我們的小主人公柯南也展開了他最擅長的推理。而這次包括乘客和船上工作人員，總***有600名嫌疑人。於是柯南、毛利小五郎以及警方分別展開了各自的調查，與此同時，犯人也正展開他巨大的陰謀。
為了不影響乘客的情緒，船上的晚宴仍然如期舉辦。在柯南的努力下，真相即將被揭發時卻突然發生了重大意外——油輪的機房發生了大爆炸！犯人更在整艘油輪的主要機房內都安置了炸彈，整個船身不停搖晃，讓船員和乘客都驚恐萬分，全船600條人命，就懸於瘋狂的犯人壹念之間。
置身於無處可逃的大海上，引起了極大的恐慌和混亂，人們陷入了極度的不安中。更糟糕的是，這次連小蘭也被卷入了危險裏面——當然，本片的結果，依舊是正義戰勝邪惡，柯南用他名偵探的推理救出了小蘭，不過出人意料的是，這次掌握事件關鍵的，卻是新壹和小蘭超越了時間的羈絆。
偵探們的安魂曲（偵探們的鎮魂歌）
（2006）
在《周刊少年Sunday》上極受好評正在連載中的青山剛昌原作《名偵探柯南》迎來了連載的第12個年頭，漫畫更是刷新了Sunday漫畫系列中最高的1 億本的超級記錄。作為在讀賣電視臺、日本電視臺的動漫系列中熱播的動畫，2006年1月雖迎來了放映10周年紀念，但其前進的步伐並未停止。
劇場版觀眾突破2000萬人。漸漸地，紀念電影放映10周年的作品也開始制作了。系列集大成之作的第10部作品《偵探們的安魂曲》已定於2006年4月全面公開。
接受謎樣男子的委托，小五郎和柯南壹行人前往橫濱。但是，卻中了那名男子的圈套，蘭和少年偵探團被扣為人質。男子限時12小時。該期間內若不能解開被委托的事件的真相，蘭等人便會被炸彈炸成碎片。更令人吃驚的是，那名男子，居然知道柯南的真身就是工藤新壹！
“關西的高中生偵探”服部平次及怪盜KID也會登場！！
時間壹分壹秒的流逝。柯南等人能解開事件的關鍵、在規定時間內平安解救出蘭等人嗎！？謎壹般的委托人、黑影的真正身份是……
紺碧之棺 （深藍色的海盜旗）
（2007）
在小五郎的帶領下，柯南壹行人前往位於太平洋上的小島“神海島”上享受愉快的假日，蔚藍色的大海和無限的自然風光加上自古以來流傳的兩個“神海島”傳說讓這個小島成為遊客成群的度假聖地。蘭和園子在“海底宮殿”附近的海域享受有氧潛水，少年偵探團則玩起了神海島觀光課安排的尋寶遊戲。然而，覷意於傳說中的財寶的寶藏獵人們也潛入了這個迷人的小島上。蘭和園子意外的遭遇到壹名被鯊魚群襲擊的寶藏獵人，獵人的死是因為傳說中的寶藏嗎？急忙趕來的柯南發現了死亡的疑點，並和灰原壹起展開了調查。
“神海島”流傳這兩個傳說，壹個是沈入海底的古代遺跡“海底宮殿”，它是沈入神秘島海域的巨大巖石建築群，雖然研究者紛至沓來，但始終沒有人能解開“海底宮殿”的秘密，另壹個傳說是300年前活躍在加勒比海的2名女海盜“安妮·邦尼”和“瑪莉·雷德”遺留下來的財寶，據說她們乘坐的海盜船遭到英國海軍的攻擊時，只有她們2人勇敢的戰鬥。隨著調查的深入，迷壹般的文字“Jolly Roger”浮出水面，寶藏的秘密近在眼前。然後要接近真相總要經歷磨難，柯南他們找到的壹部分財寶被謎壹樣的寶物獵人搶走了，而寶藏獵人的魔手也伸向了蘭和園子，他們的目的究竟是什麽？隱藏在傳說中的真相是什麽？隱藏在海底宮殿中的秘密又是什麽？超越300年的暗號，柯南壹壹解明。
戰栗的樂譜
（2008）
近日，發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜的壹所音樂學院。柯南等壹行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦裏琴的音色，以及擁有超強樂感的天才歌手的歌聲。
可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑的事件。而在音樂會當天，柯南等人所在的音樂會場，突然發生了大爆炸。眾人被包圍在火海中……