由以原羊毛嘴濕地為核心的自然濕地生態系統、湖濱珍禽保護區、生態森林公園、生物多樣性科普區、萬畝水產養殖生態示範區、萬畝無公害稻蟹立體養殖示範區六大功能區組成。
洪澤湖濕地自然保護區是江蘇省最大的淡水濕地自然保護區，水域灘塗廣闊，濕地生態系統保存完好。洪澤湖濕地自然保護區及其周邊地區地形復雜多樣，濕地與平原鑲嵌，水路交錯，湖岸曲折。地貌大致可分為湖區和湖濱平原兩種類型，植被以水杉、池杉和速生楊為主。洪澤湖的水杉屬於杉科，長得像杉木，有葉子。樹高可達35米，樹皮剝成薄片，側生小樹對生，葉片線形扁平，相互成對，冬季與側生小分枝同時脫落。
這些球果是單性和雌雄同株的。雄球花在枝節上相對，聚集在枝端。這對樹枝上沒有葉子，所以總的形狀是總狀的。雌球果獨自出生在小樹頂上。此時小枝有葉，球果不下垂。水杉多生於地勢平坦、土層深厚、濕潤或微澇的山谷或山麓附近，抗寒性強，抗水抗濕能力強。能在輕鹽堿地生長成喜光樹種，根系發達，生長速度常受土壤水分控制。在長期漬水排水不良的地方生長緩慢，樹幹基部通常膨大，有縱棱。
水杉是壹種落葉喬木，樹幹挺拔，樹枝向側面延伸，整棵樹像壹座寶塔。它枝葉稀疏，樹形優美，古樸典雅，莊嚴凝重。樹皮紅褐色，葉片細長扁平，秋後下垂脫落。水杉是庭院中著名的觀賞樹種，樹幹挺直，樹冠高大婀娜，姿態優美，樹葉翠綠美麗，秋天樹葉金黃。喜光喜濕，生長快，可播種插條繁殖。是園林綠化的理想樹種。水杉可在公園、庭院、草坪、綠地中單獨種植，成排或成組種植；也可成片種植，營造風景林，並適應常綠地被植物；也可種植在樓前或作為行道樹，效果良好。水杉不僅是著名的觀賞樹種，也是荒山造林的好樹種。適應性強，生長非常迅速，年紀輕輕每年能長壹米多。水杉具有很高的經濟價值，其心材呈紫紅色，材質細膩柔軟。是造船、建築、橋梁、農具、家具的好材料，也是質地優良的造紙原料。水杉是我國唯壹現存的珍稀樹種，是我國的特產。第壹批水杉被列為國家壹級保護植物珍稀物種，被譽為植物界的“活化石”。
洪澤湖濕地自然保護區生物物種豐富，其中大鴇、白鸛、黑鸛、丹頂鶴為國家壹級保護動物。國家二級保護的有白鶴鵝、天鵝、小天鵝、鴛鴦、灰鶴、猛禽等。最近發現了世界瀕危鳥類——震旦雅雀。
泗洪洪澤湖濕地是罕見的“地球之腎”，具有很高的科學、生態、社會和經濟價值。自然保護區的鳥類不僅在國內占有重要地位，在國際上也享有壹定的聲譽。植物、魚、鳥等。保護區內不僅品種多、數量大，而且形成了獨立完整的自供自循環的立體生態鏈體系，是洪澤湖周邊最有價值的“自然物種基因庫”。
洪澤湖的水生動植物種類繁多。自然保護區內的挺水植物群落綿延數十裏，形成壹片廣闊的蘆葦，其中浮遊植物165種，浮遊動物91種，高等植物81種，底棲生物76種。擁有國家二級重點保護植物:野生大豆、荷花、野生菱角；珍禽品種多，數量大。自然保護區記錄鳥類194種，其中國家壹級保護鳥類4種；國家二級保護鳥類26種；保護區內有中日候鳥保護協定的65種；中澳候鳥保護協議18物種。該自然保護區位於不同鳥類遷徙路線的交匯處。9月下旬至次年4月上旬，每5至10天更換壹批不同的候鳥。洪澤農場白鷺自然保護區位於洪澤農場東北岸徐紅河與何穗河交匯處，東鄰龍脊鎮、太平鎮，南接洪澤湖，西接半鎮，西接孫園鎮，北與朱湖鎮、吉傑鎮隔河相望。
經過幾年的精心保護和嚴格管理，保護區的鳥類數量急劇增加，大大提高了保護區的知名度。洪澤湖濕地保護區的鳥類保護不僅在國內占有重要地位，在國際上也享有壹定的聲譽。
自然保護區是洪澤湖魚類的天然產卵場，有67種魚類，水產資源豐富。洪澤湖的魚類種類以鯉科為主，占全湖總種類的壹半以上。鯉魚、鯽魚、鯿魚、團頭魴、刀鱭、刀鱭、烏鱧、鱖魚、黃顙魚等定居湖泊的魚類壹生都定居在洪澤湖，成為漁業生產的主要魚類，種群數量大。尋找誘餌的洄遊魚類包括草魚、鯡魚、鰱魚、鱅魚和鱖魚。
目前，保護區內主要景點有荷花品種科技示範園、水荷塘、鳥荷生長區和十裏荷花觀光帶。
洪澤湖是在淮河中遊沖積平原上發展起來的。以前是窪地，排水不暢，後來積水成了很多小湖泊。在中國秦漢時期，它們被稱為“涪陵”湖，其中洪澤湖是最大的，在中國五大淡水湖中排名第四。洪澤湖古稱破釜塘，唐代定名為洪澤湖。由於洪澤湖發育在沖積平原的窪地上，湖底淺平，岸坡低緩。湖底高於蘇北平原東部，為“懸浮湖”。
洪澤湖是淮河流域最大的湖泊型水庫，湖水猶如展翅翺翔的天鵝，鑲嵌在江淮大地上，故又稱“天鵝湖”。洪澤湖中心偏西有壹個島，名為木墩島，是洪澤湖上唯壹的島嶼。因其傳奇的人文景觀、優美的民俗風情、豐富的水產資源和迷人的洪澤湖風光，被譽為“湖中明珠”、洪澤湖“寶島”。
木墩島是壹個面積只有1，000平方公裏的小島，卻像壹塊鑲嵌在白玉盤裏的玉石，像壹只臥在碧波間的水鳥。環顧全島，妳才能真正體會到洪澤湖的遼闊、粗獷和壯麗景觀。
洪澤湖濕地自然保護區的濕地生態系統包括沼澤濕地、河草濕地和湖濱水生植物濕地。保護區淡水濕地生態系統類型之豐富和集中，不僅在我國東部地區，而且在全國都是罕見的。
洪灣濕地