以安徽為例，根據《安徽省農村土地承包經營權確權登記頒證管理辦法(試行)》第四條，農村土地承包經營權確權登記頒證工作堅持統壹領導、分級管理、分類建檔、集中保管的原則，實行省統籌部署、市督促指導、縣(市、區)組織實施。縣級人民政府是農村土地承包經營權登記發證和備案的責任主體，由縣(市、區)、鎮(街道辦事處)、村民委員會農業行政主管部門具體實施。縣級檔案行政管理部門負責業務指導、監督和檢查。
第十三條農村土地承包經營權確權登記頒證檔案是貫徹黨和國家農村土地承包法律政策的重要歷史記錄，是依法落實和維護農民土地承包權益的重要依據，是國家重要的檔案資源。縣級國家綜合檔案館應當依法做好農村土地承包經營權登記發證工作。
農村土地承包經營權確權登記頒證受理後30日內，縣級農業行政主管部門應當及時將壹套完整規範的紙質農村土地承包經營權確權登記頒證檔案移交縣級國家綜合檔案館保存。農村土地承包經營權確權登記數據庫、管理信息系統電子檔案及其元數據移交縣級國家綜合檔案館。
第十五條縣級以上農業行政主管部門和檔案行政管理部門、鎮(街道辦事處)應當積極推進農村土地承包經營權確權登記頒證檔案信息化建設，建立農村土地承包經營權確權登記頒證檔案信息管理平臺，加強電子檔案歸檔管理，實現檔案信息資源共享。
農村土地承包經營權登記發證受理後30日內，將農村土地承包經營權登記數據庫、管理信息系統電子檔案及其元數據備份至安徽省檔案館。
綜上，農村土地承包經營權登記發證檔案由縣級國家綜合檔案館保管。