施耐庵祖籍蘇州，後移居興化，興化地處裏下河下遊，溝河縱橫，港汊交錯，其父施元德在興化操舟度日。耐庵有兩個弟弟：二弟彥明，三弟彥才。
施耐庵因童稚時聰穎過人，其父元德公把他送到海陵東隅之白駒場讀書。白駒場地處牛灣河、運鹽河交匯處，這裏鹽業發達、物產豐盈、市井繁榮、人文薈萃，儼然有海濱城鎮的韻味。優裕的鄉裏環境，良好的教育條件，熏陶著幼年的施耐庵。
施耐庵勤奮好學，才思敏捷，很快成長為滿腹經綸的飽學之士。19歲時，他初涉科場，壹舉考取秀才；30歲那年又考取了舉人。延至元泰定年間，到大都（北京）參加進士科考。施耐庵躊躇滿誌，自以為定能壹舉成功，曾誇下海口，此科定能金榜題名。不料，事與願違，名落孫山。耐庵深愧有負父老鄉親厚望，遂有難見江東父老之感。其時，大都好友劉本善，官居國子監司業，他素知施耐庵道德文章堪為人範，於是為他多方周旋，恰逢山東鄆城縣訓導(地方分管教育的小官)有缺，便舉薦施耐庵前去赴任。
在鄆城期間，施耐庵倡導學習，廉潔奉公，同情百姓，指導農桑。他的正直行為引起了上司和地方實力派的不滿，每每受到刁難。當時，陽谷縣有壹個紳士吳林要安插他的親戚，被施耐庵嚴辭拒絕。吳林懷恨在心，後來就以莫須有的罪名誣告施耐庵。施耐庵體會到官場黑暗，舉步維艱，於是憤然辭官。
這段時間裏，施耐庵利用公務之暇，留心地方掌故；辭職之後，為排遣心中煩悶，又遊覽了魯中名勝：水堡村訪問宋江後人，景陽崗憑吊武松廟，石碣村拜謁三賢桐，黃堆集（黃泥崗）考察劫“綱”遺址，獅子樓聽評書說話。聽樵夫晨歌，和漁夫晚唱，過金沙灘，經斷金亭，穿黑風口，攀梁山道……鄆城期間的經歷為他後來寫《水滸傳》積累了豐富的素材。
次年辛未，即施耐庵35歲那年，元廷又舉辦了壹次特殊的科考，施耐庵求仕之心未泯，長途跋涉再次來到大都，獲得賜進士的功名，因而被委派到錢塘（杭州）擔任縣尹。
施耐庵秉性不移，錢塘為官二年期間，他倡導農桑，輕賦薄稅，秉公執法，抑制豪強。元朝官制：路府州郡均以蒙古人為長，稱達魯花赤，俗謂監州，以漢人為守副之。因而，施耐庵的正直行為時時受其上司達魯花赤的幹預。“做官不為民作主，不如回家種紅薯”。於是，施耐庵又壹次憤然掛冠回鄉。
施耐庵辭官之後，屈指壹算，浪跡天涯已近10載，怎耐思鄉心切?於是，壹路買舟換車，日夜兼程，到家後方知妻子季氏夫人早於前年病故；老父元德公臥病在床，後不久與世長辭，家庭的變故使施耐庵悲痛欲絕。其弟彥才理解哥哥的心情，便在白駒西側花家垛幫他建了三間茅屋，施耐庵又親自寫了壹副“吳興綿世澤，楚水封明煙”的門聯，表明了他隱居水鄉的思想感情。不久，續弦申氏，教書種田，耕讀兩行，安心當起了鄉儒。
教書之余，施耐庵常到茶樓酒肆、旗亭驛站，聆地方耆老講述掌故傳說；聽四方商旅談新聞典故。北寶寺南側有壹說書場，施耐庵更是時常光顧。後來，施耐庵就以大宋《宣和遺事》為藍本，進行渲染誇張，著手寫《江湖豪客傳》（《水滸傳》）。
就在這時，山西太原大鹽商羅大戶到白駒洽談生意，聽說施耐庵是博學多才、通曉古今的有識之士，便叫其子羅貫中拜施耐庵為師。羅貫中智慧超群，是施耐庵門生中的僅僅者，常在功課之余，協助施耐庵校對魚亥，編寫《水滸》。
然而，元朝末年殘酷的民族壓迫和階級壓迫，引起了各地農民、鹽民的激烈反抗。元至正十三年（公元1353年）正月，張士誠起義在白駒的近鄰草堰這個表面安詳而繁榮市鎮爆發了。張士城，白駒場張家墩人，壹家靠撐船、拉纖、販私鹽過日子。因不堪管理鹽務的分司、運司和鹽場官吏的壓榨和欺淩，遂與其弟士義、士德、士信和李伯升等18人，殺官兵，劫富豪，興兵造反。
其時，卞倉的武舉卞元亨因殺死鹽城巡撫，為逃避官府緝拿，也投奔了張士誠。卞元亨是施耐庵的表弟，深知施耐庵胸懷韜略，腹藏甲兵，就極力向張士誠推薦。張、卞二人親自登門，邀請施耐庵出山***圖王業。施耐庵本想安心著述，不問世事。但近年來目睹各層官吏的橫征暴斂，心中十分痛恨。見張、卞相邀，遂慨然應允，攜帶羅貫中壹起加人起義軍行列。
在起義軍隊伍中，施耐虎和卞元亨是張士誠的文武二輔。施耐庵是軍師，義旗初舉，兵微械少。為了擴大影響，炫耀兵力，在攻打丁溪時，施耐庵教張士誠購買了2000多條大而整齊的白鱗魚，穿於竹竿之上，在月光下就像雪亮的大力，把丁溪鎮大地主劉子仁嚇得倉皇逃走。從此，起義軍隊伍所向披靡，“齊上戴家窯，壹路興化村”，戰泰州、下高郵，進軍江南，開國平江（蘇州），張士誠的王霸事業達到了輝煌頂點。
但是，張士誠在蘇州稱王之後，勝利沖昏了頭腦，開始追求安逸享樂，任用小人，疏遠賢良，許多忠義之士先後離開了張士誠。首先離開的是劉基，事隔不久，施耐庵另外兩摯友魯淵和劉亮也鳴騶他去。
忠義賢良之士相繼離去並沒有使張士誠頭腦清醒，他仍然沈湎於淫樂而“懈於政事”，將士“無不誌在良田美宅”。其時，方國珍兵強馬壯，朱元璋虎視眈眈，各地戰事不息，危機四伏。施耐庵深感形勢嚴峻，於是再次面諫張士城，陳明天下局勢，指明興革之道。可是，張士誠聽信小人黃敬夫、葉德新、蔡彥文之言，對施耐庵興革大計漠然置之，施耐庵預感大勢難以逆轉，張士誠的失敗只在早晚之間，於是也悄然隱去。
元至正二十三年（1363年）左右：施耐庵輾轉來到江陰祝塘，祝塘大紳士徐麒聘施耐庵為西席。施耐庵博學多才，上通天文，下曉地理，在徐家蒙館之時，傳說曾給徐家看過兩塊“風水地”，壹塊是香山，壹塊是砂山。香山出才子，後來果然出了個徐霞客；砂山出人丁，所以，徐家人丁興旺。施耐庵還懂天文，據說徐家上墳祭祖那天（清明）總下雨，很苦惱。於是施耐庵給徐家重擇了上墳吉日為夏歷三月初十日，據說後來居然百年未雨。施耐庵還能知未來過去，有壹年稻子剛抽穗時，他叫大家把稻子割下曬幹，名日“早肚稻”，是醫治馬瘟癥的良藥。是年秋，朱元璋兵敗常州牛角塘，馬瘟病流行，軍師劉基高價收購“早肚稻”，祝塘人收獲頗豐。
施耐庵通陰陽、識天文、曉地理，在祝塘壹帶傳聞頗盛。時至今日，祝塘徐洪春家還掛著這樣壹幅對聯：
讀宋家士贊言，高風世仰。
觀施耐庵蔔兆，大地名揚。
元至正二十六年（1366）年，朱元璋派遣大將徐達、常遇春率領20萬大軍攻打平江，施耐庵預感平江陷落後，朱元璋對張士誠舊部必嚴加追究。同時，又考慮多年兵荒馬亂，戰事不息，《水滸傳》至今尚未完稿，必須找個安靜處所完成書稿。施耐庵年輕時曾到過山陽（淮安），對山陽印象很好，因此準備到山陽安家。
於是，寄詩壹首給興化好友顧逖，征求意見。詩曰：
年荒亂世走天涯，尋得山陽好往家。
願辟草萊多種樹，莫叫李子結如瓜。
接到施耐庵的詩之後，顧逖亦回詩壹首，詩曰：
君向江南來問津，相遇壹笑舊同寅。
此間不是桃源境，何處桃源好避秦。
很顯然，顧逖邀他回家鄉興化。俗話說“自古昭陽（興化）好避兵”，興化系水網地區，不宜用兵，實乃亂世之桃源。施耐庵接到顧逖之詩後，於是攜帶家小，兼程北上，走到故鄉白駒，放眼壹望，水網蘆葦，雞鴨成群，與江南水鄉無異，不禁詩興大發：
山海永寧白駒場，荒野蘆葦好風光。
串場活水千江月，待等物格換新裝。
施耐庵重歸故裏，感到格處親切。其弟彥才連忙請人將其舊宅修理壹新。為謀生計，旋耐庵就在北寶寺廟裏坐館，壹面教授學生，壹面編著《水滸》。為了使自己像耐心庵堂那樣專心著述，不涉政事，便在書齋的門上掛上“耐庵”兩字的牌子，鄉民不解其意，便稱他為耐庵先生。以至後來《施氏家簿譜》寫成後，族中有人提出，應將“耐庵”二字寫人譜中，但因家譜已全部寫好，於是就在“彥端”之側添上“字耐庵”三字，當然，這是後話。
施耐庵閱歷豐富，治學嚴謹，寫《水滸》更是壹絲不茍。據說，寫武松打虎這壹回，寫來寫去都不滿意。正在這時門前烈犬狂吠，他跑出壹看，原來是壹醉漢與惡狗相鬥，只見醉漢左右騰挪，上下跳躍，乘惡狗轉身的當兒，飛步竄上前去，按住惡狗之頭，舉起右拳，猛擊十幾下，接著往地壹摔，惡狗滾了兒下，就躺著不動了。施耐庵看得入了迷，連喊“打得好”。回到屋內，他搬來長凳作“老虎”，仿照醉漢打狗架勢，跳來跳去，細心揣摩醉漢打狗時心理，終於寫出了“武松打虎”這壹千古不朽的文學章節。
在這段時間，羅貫中壹直在幫助施耐庵整理、謄寫書稿，斟酌取舍。羅原是“有誌圖王者”。張士誠兵敗使他壯誌難酬，他借整理《水滸傳》來表達他“替天行道”、“革故鼎新”的思想。
不久，《水滸傳》輾轉相抄，在社會上廣為流傳，不僅販夫走卒愛不釋手，就是達官貴人也爭相傳閱。最後竟傳進了皇宮。
朱元璋初登皇位，害怕人民反抗。在消滅張士誠之後，就把蘇州人遷移到邊遠地方去，俗稱“洪武趕散”。現在，居然有人寫犯上倡亂之書，豈不是冒天下之大不韙。於是，連忙派人捉拿施耐庵，把他關進南京天牢。
施耐庵在天牢裏受盡了折磨，加之年老體弱，不久疾病纏身。其時，施耐庵的同窗好友劉基已官居顯位了，他伺機向朱元璋進言，施耐庵方才得以釋放。
施耐庵獲釋之後，心有余悸。白駒是張士誠的故鄉，農民起義的發祥地，明政府壹向管束嚴厲，對他這樣犯上倡亂之人怎能輕易放過?同時，淮安故友曾多次相邀，於是決定到淮安暫住，以養病體。
到淮安後，經友人幫助在西城門裏租房住下，經過這場變故，施耐庵的健康狀況日趨惡化，加之生活拮據，缺醫少藥，是年冬，風寒舊疾復發，無異雪上加霜。施耐庵自知不久人世，遂將《水滸傳》的修改稿交給羅貫中，並囑其將其中破損和遺失部分回憶整理，務必付梓印刷，以酬多年案牘之勞。囑畢溘然長逝，時年七十有五，是年為明洪武庚戌（1370年）。
施耐庵逝世後，其子施讓因家道“寒微”，無力將其父遷葬。待其孫子文墾時，經濟己經寬裕，可是施耐庵寫《水滸》朝廷早已定罪，如果明目張膽地搬運，恐怕禍及子孫。於是，就雇了壹條草船，用水把草澆潮，把施耐庵屍體藏在草底，詐言是條沈船，沿途關卡胥吏，見無油水可撈，都免查放行。經過九天九夜，才將施耐庵遺骨運回白駒，安葬在他生前選擇的塋地——施家橋。