16號線在運營時刻表於早班車和晚班車之間有區別，下面是具體的時間表：
1.早班車：周壹至周五的首班車時間是龍陽路站5:31，滴水湖站5:30；周六、周日和法定節假日的首班車時間是龍陽路站5:32，滴水湖站5:31。全程運行時間大約為1小時25分鐘。
2.普通時段：16號線的運行時間是6:00-22:30，列車在高峰期的發車間隔為3分鐘，非高峰期為6分鐘。平峰期的發車間隔大約在7-8分鐘左右，全程運行時間大約為1小時15分鐘。
3.晚班車：16號線晚班車的末班車時間是23:00（南浦大橋、嘉善路和西渡站22:59），列車在晚間的發車間隔大體每15-20分鐘壹班，全程運行時間約為1小時15分鐘。