昌平區地稅局設置14個職能科室、1個稽查局、12個稅務所和1個機關後勤服務中心。 辦公室
負責機關政務工作；負責文電、會務、機要、文書檔案等機關日常運轉工作，承擔信息、調研、宣傳、信訪、議案、提案、保密、新聞發布和政府信息公開等工作；承擔重要事項的組織和督查工作。
法制科（國際稅務管理科）
負責機關推進依法行政綜合工作；負責本單位稅收相關工作的法律支持和服務；承擔行政復議、應訴的有關工作；承擔機關行政規範性文件的合法性審核和有關備案工作；開展稅收規範性文件清理工作；協調應對反補貼案件的調查；組織協調重大稅務案件審理和行政處罰；負責本行政區域內國際稅務綜合協調管理工作。
稅政管理壹科
落實相關稅收政策，負責本行政區域內營業稅、企業所得稅、個人所得稅、文化事業建設費等稅（費）征收管理工作；分析預測有關稅收收入，監控收入任務完成情況；負責分管稅費的稅收減免、退稅的政策性審核或備案及其他具體涉稅事項的管理工作；組織實施殘疾人就業保障金的代征管理工作；
稅政管理二科
落實相關稅收政策，負責本行政區域內城鎮土地使用稅、房產稅、契稅、土地增值稅、車船稅、印花稅、耕地占用稅、資源稅、城市維護建設稅、固定資產投資方向調節稅、教育費附加、外商投資企業土地使用費的征收管理工作；負責房地產稅收壹體化協調與管理工作；負責分管稅費的政策宣傳、業務指導、貫徹執行情況的調研反饋工作。
征收管理科
負責稅務登記、申報征收、欠稅、委托代征等事項的管理；負責發票管理；負責發票及涉稅過程中相關票據的管理；負責緩繳稅款審批、退稅流程管理工作；貫徹落實稅收管理員制度，實施稅源監控和管理；綜合協調私人出租房屋涉稅事項，落實賬簿管理等制度；承擔涉稅過程中使用的表、證、單、書的管理工作；負責業務檔案歸檔工作的組織實施和監督管理。
收入核算科
負責地方稅收收入分析、預測和重點稅源分析，編制並分解落實年度稅收計劃；負責稅收會計、稅收統計及稅收票證的管理工作；組織實施稅收會計、統計核算；監督檢查稅款征繳退庫情況。
納稅評估科
負責執行有關納稅評估管理、實施辦法；負責稅收征收情況、重點稅源、重點行業、重點企業、重點稅費及涉稅事項的評估；負責稅務函告、約談、實地調查核實和日常檢查工作。
納稅服務科
負責本行政區域內地方稅收納稅服務體系建設，組織納稅服務承諾、納稅服務規範、納稅服務操作規程及辦稅公開等納稅服務制度的貫徹落實；組織協調、實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟、納稅服務投訴受理、稅收爭議調解；負責辦稅服務大廳、12366熱線、網站等納稅服務平臺的管理工作；負責組織落實納稅服務考核評價工作；組織本行政區域內地方稅收信用體系建設，組織對納稅人納稅信用等級評定及後續管理工作；協調管理註冊稅務師事務所等中介機構。
科技信息科
擬訂本行政區域內地方稅收工作信息化建設和發展的總體規劃、年度計劃，並組織實施；組織實施有關信息化項目的立項、論證、開發、評估和驗收工作；負責科技信息、網絡安全管理工作；負責信息化培訓工作；負責計算機軟硬件設備的管理工作。
計劃財務科
編制機關及所屬單位預決算、經費和重大專項資金預算，監督預算執行和財務管理；負責機關財務核算及政府采購工作，負責稅收事務經費和財務、基建、裝備、資產的管理工作；落實手續費預算管理和支付工作；負責服裝管理工作。
基層工作科（機關黨委辦公室、工會）
負責機關及所屬單位思想政治工作和精神文明建設工作，組織實施目標管理考核工作；負責黨務、***青團和工會工作；負責本單位幹部職工著裝的監督檢查工作。
人事教育科（保衛科）
負責機關及所屬單位人事、機構編制、隊伍建設和外事等工作；負責教育培訓工作；負責安全保衛工作；負責離退休人員的管理與服務工作。
審計科
負責組織實施稅收法律、法規、規章及規範性文件執行情況的監督檢查，開展稅務行政處罰案卷評查工作；組織落實稅收執法責任制相關工作，落實稅收執法過錯責任追究制度；負責擬定本局內部審計辦法，接受和開展本局財務政策執行、財務收支、政府采購、基本建設項目、簽約合同審計監督，對本局科級領導幹部進行經濟責任審計；負責協調和落實外部審計部門開展對本局的審計監督。
監察科
負責監督檢查本局各部門及工作人員貫徹執行國家法律、法規、規章的情況；組織開展行政監察、行風評議工作；受理、調查、處理對違法違紀行為的檢舉、控告；負責本單位廉政制度建設和監督實施工作。 稽查局
負責組織實施稅務稽查工作；落實稅務稽查規章制度及辦法；組織實施稅收專項檢查及專項整治；承辦涉稅舉報案件；承辦全國涉稅案件的協查工作；完成上級部門交辦的重大涉稅案件調查取證工作；組織實施反避稅調查和國際稅收專項情報核查工作；負責打擊發票違法犯罪活動的工作；負責協調處理涉稅案件的移送工作。
立案科（稅務違法案件舉報中心）
負責承辦涉稅舉報案件；對所有的檢查案件進行立案；負責反避稅調查和稅務情報交換；行政綜合管理等工作。
檢查壹科、二科、三科
負責轄區內涉稅案件的檢查和執行等工作；負責偷抗稅案件的移送等工作。
審理科
負責對本局所有檢查案件的審理等工作。 第壹稅務所
負責轄區範圍內的稅務登記、稅法宣傳、納稅咨詢、發票核查與發售；負責受理私人機動車車船使用稅的稅款征收工作。
第二稅務所
負責本轄區內契稅的征管；負責個人銷售房地產所涉及稅種的征管；負責未在本轄區辦理稅務登記的單位銷售房地產所涉及的稅種的征管工作。
第三稅務所
負責城北街道辦事處、城南街道辦事處、馬池口鎮、南邵鎮、北企公司範圍內集貿市場及個體工商戶的稅收征收管理工作。
昌平稅務所
負責城北街道辦事處、城南街道辦事處、馬池口鎮、南邵鎮、北企公司範圍內納稅人的納稅信息采集及納稅申報、稅款征收工作；
南口稅務所
負責南口鎮、陽坊鎮、流村鎮、南口農場範圍內納稅人的納稅信息的采集及納稅申報、稅款征收工作；
沙河稅務所
負責沙河鎮、百善鎮範圍內納稅人的納稅信息的采集及納稅申報、稅款征收工作；
回龍觀稅務所
負責回龍觀鎮、北郊農場範圍內納稅人的納稅信息的采集及納稅申報、稅款征收工作；
小湯山稅務所
負責小湯山鎮、興壽鎮、崔村鎮範圍內納稅人的納稅信息的采集及納稅申報、稅款征收工作；
十三陵稅務所
負責十三陵鎮、長陵鎮及十三陵特區範圍內納稅人的納稅信息的采集及納稅申報、稅款征收工作；
園區稅務所
負責本區範圍內外商投資企業及昌平科技園區範圍內納稅人的納稅信息的采集及納稅申報、稅款征收工作；
北七家稅務所
負責北七家鎮範圍內納稅人納稅信息的采集及納稅申報、稅款征收工作，開展納稅評估；負責受理私人機動車車船使用稅的稅款征收工作；負責受理納稅人的各項涉稅事宜。
東小口稅務所
負責東小口鎮範圍內納稅人的納稅信息的采集及納稅申報、稅款征收工作；開展納稅評估工作；負責發票發售工作；負責受理納稅人的各項涉稅事宜。 機關後勤服務中心
負責辦公用房、職工用房、集體宿舍的物業管理；負責辦公用品配備、辦公設備、設施管理、車輛管理、食堂管理及交通安全工作；負責獻血和計劃生育工作；負責系統內外接待工作。