8月31932日，石井四郎，他的朋友增田，四個助手，五個從小壹起長大的員工，在東北呆了壹個多月，走遍了東北。目的是把細菌研究基地的地址選在中國東北。之所以選擇東北，是因為在東北容易獲得細菌研究的“素材”——活人；另外，中國東北靠近蘇聯，氣候與蘇聯相似。壹旦與蘇聯開戰，可以直接進行細菌攻擊。然而，在具體地點的選擇上存在爭議。關東軍下關主張設在牡丹江，石井四郎則堅持建在“北滿”最大城市哈爾濱。最後，石井四郎的想法得到了日本大本營的支持。同時，石井四郎的細菌戰計劃也得到了關東軍的大力支持。關東軍高層認為，細菌戰可以在打敗蘇聯的過程中發揮重要作用，細菌戰將抵消日軍在對蘇戰爭中的劣勢。
1933年8月的壹天，石井四郎命令日軍趕走哈爾濱市南崗區宣化街與苗文街交口的當地店主、員工和居民，秘密成立了細菌學研究所(石井部隊)，稱為“加茂部隊”，取名“加茂”，來源於石井的家鄉名。此外，這支惡名昭彰的細菌戰部隊因石井四郎崇拜日俄戰爭中的東鄉平八郎元帥，石井本人也使用“東鄉隊長”的別名，所以常被命名為“東鄉部隊”。胚芽部隊基地裏的宿舍區叫“東鄉村”，神社叫“東鄉祠”。
雖然石井四郎采取了極其嚴格的安保措施，但在哈爾濱這樣的大城市實施大規模人體細菌試驗顯然不太方便。石井四郎對此考慮已久。他選擇了距離哈爾濱70公裏的五常縣北引河鎮。在石井四郎看來，這個地方不僅交通方便，而且相對隱蔽。這是壹個大規模人體細菌測試的理想地址。
1933年秋，“加茂軍”派黑田上尉在黑龍江五常縣尹蓓河劃定500多平方公裏的領土，並在附近村莊強征近千名勞工和數百輛馬車，日夜修築“營房”。在不到壹年的時間裏，建造了大約100座磚房。“營地裏不僅有營地，還有到北銀河火車站的專線和機場。1933年2月8日，關東軍參謀三郎太·遠藤在這裏視察時說:“600平方米規模的大兵營給人造成了壹種像堡壘壹樣的印象。雖然這是他們努力的結果，但是20多萬的支出看起來還是值得的。“而石井四郎本人也成為了細菌軍的指揮官，直接指揮著300多人。北銀河細菌試驗場不僅禁止中國人靠近，甚至當火車經過北銀河車站時，也禁止乘客在車外參觀。細菌試驗場的日本人很少出門，都用假名。甚至與在中國的家人的通信也被關東軍審查。細菌試驗場，背影河，已經完全成為壹個孤立的軍事堡壘。尹蓓河細菌試驗場派了壹個叫馬忠的隊長來管理這個“兵營”，不知道詳情的當地人都把這個神秘的“大兵營”叫做“馬忠城”。
在“中馬城”集中營的中心是壹個綜合設施，用於監獄和人體實驗。監獄按關押1000人的規模建設，壹般關押500-600人。牢房很小，“囚犯”幾乎都戴著手銬腳鐐。每個犯人平均在3-5天內抽血500cc左右，采血從未停止。當犯人身體虛弱，不再有“研究價值”時，就會被註射毒液或槍斃，然後解剖，最後送進火葬場焚燒消失。火葬場由化名石井四郎的二哥石井岡南負責。
石井四郎在尹蓓河進行的細菌人體實驗主要針對三四種傳染病，如炭疽、壞疽、鼠疫和霍亂。此外，人體還用於毒氣和毒液實驗；同時以人體為“材料”進行凍傷實驗。時任關東軍參謀長的岡村寧次考察尹蓓河，對凍傷實驗特別關註，因為關東軍在東北鎮壓抗日武裝，日後與蘇軍作戰時，面臨的嚴重問題就是嚴寒下的凍傷威脅。檢查結束後，岡村寧次在給上司的報告中寫道:“凍傷最好的治療方法是浸泡在37攝氏度的水中”，而這壹發現是“基於用各種方法反復實驗獲得的寶貴數據”。
1933下半年，中馬城的復雜設施還沒建成，石井四郎就開始急不可耐地使用了。1934年秋，因中秋節看守的日本兵警惕性松懈，30余名犯人越獄，其中包括王子洋等12人。因為這次越獄，石井四郎覺得自己選擇了抗聯第三軍遊擊區的尹蓓河，這是錯誤的地址。但為了減輕和推卸責任，石井四郎還是采取了暫時維持觀望局面的方法。但此後，抗聯第三軍趙尚誌部數次進攻“中馬城”及附近日軍守軍，甚至攻城失敗。這迫使石井下定決心重新選擇“基地”。2月28日，1934，1934，關東軍參謀三郎太遠藤、石井四郎，別名“東鄉”，從長春出發，直奔尹蓓的“中馬城”，不在哈爾濱停留。盡管兩人沒有提到任何關於搬遷的事情，但他們下定決心放棄“馬忠城”。石井四郎以尹蓓河細菌試驗場的“意外火災”為借口，向日本參謀長提出了重新部署和擴大“加莫部隊”的計劃，並很快獲得批準。石井四郎把設備和機器運到哈爾濱，秘密殺害在押人員，很快，“中麻城”成了壹片廢墟。
來自銀河背面中馬城的細菌部隊被撤到哈爾濱的嘉茂部隊總部，即宣化街和苗文街的交叉口。在日軍醫院南院，在日軍醫院的掩護下，進行秘密的細菌研究活動。臨街的鐵門經常關著，有荷槍實彈的日本兵把守。裏面是壹棟二層的黃色小樓，進出的都是日本兵和穿白大褂的日本人。這就像壹個工廠和壹個醫院。對外名稱“關東軍防疫給水部”，再加上半公開的濾水器確實產自這裏，起到了掩蓋罪惡真相的作用。早在1931，石井四郎就公開展示了他發明的濾水器。為了證明這個過濾器可以把濁水和汙水變成飲用水，他多次在大型公共場合表演。1933年，裕仁視察陸軍醫學院時，曾觀看過石井的演示。日本陸海軍參謀長也親眼目睹過。為了證明濾水器的功能，石井四郎甚至當場自己喝下了濾水器過濾的尿液。這種石井濾水器後來在硫磺島戰役中發揮了巨大作用。
1945年日本投降後，少將·松村友史曾在回憶錄中這樣生動地描述:“被稱為‘軍瘋子醫生’的石井，是壹個意誌堅定、果斷的醫生，善於宣傳，有行動能力。他從小就行為古怪。昭和12 (1937)前後，我在壹所軍醫學校當教官的時候，筆者在總參謀部組織的壹個班裏工作。他經常不請自來，強烈要求防疫和供水的預算和準備。為此，或當眾舔人尿中提取的鹽，或飲用汙水處理後的清水等。，令那些頭頭們的大人物目瞪口呆...簡而言之，他是壹個很好的計劃者，壹個有實際能力的人……”防疫給水部成了日本瘋狂搞細菌戰的最佳隱身衣，而石井四郎以此名義在東北和海關設立了超過23個“防疫給水部”，也就是細菌部隊和點。
1935年初夏，關東軍占領了距離哈爾濱約20公裏的平房區，劃定了6平方公裏的範圍，並於1936年春開始為胚芽部隊修建設施。這是壹個極其機密的龐大而全面的項目。石井四郎在長春招募了四家日本建築公司來承擔。用了兩年多的時間才完成，有時工地上從中國雇傭了1500多名工人。
根據細菌軍的設施藍圖，當地至少有76棟建築，包括指揮中心所在的二樓，也就是細菌學研究中心的“四方樓”，由3、4、5、6棟建築組成，占地約l5000平方米，設有各種細菌研究室、凍傷實驗室、監獄、解剖室等。這些設備全年都可以使用，還有三個火化爐用來處理人和動物的遺體。
1936年，平房及附屬設施的年度預算為“人力300萬日元，各分隊20-30萬日元，實驗研究600萬日元”。所以實際上石井四郎的預算是654.38+00多萬日元。那時候，就算是指揮幾個師的將軍，如果得到這樣的預算，也會很高興。1938石井四郎晉升大佐。6月30日，1938，關東軍司令部發布了第2006號令。1539，為平房劃定了“特別軍事區”的範圍和規則，總面積約120平方公裏。
731細菌學部隊規模遠超德國法西斯波茲南細菌學研究所，是世界上最大的殺人工廠。731細菌學部隊的人員編制比其他訓練部隊高壹個檔次，1名中將，4名少將，共2600人。1939年底，關東軍副參謀長少將·三郎太·遠藤來到平房，看到石井部隊的“驚人規模”，與1933的尹蓓河細菌試驗場相比，不禁有“古今無敵的偉大感”。
石井四郎(Shiro Ishii)乘坐由專門司機駕駛的裝甲板豪華轎車往返於哈爾濱和平房之間。他在哈爾濱的住所是壹座被沒收的俄羅斯豪宅，石井四郎、妻子和7個孩子在這裏過著奢華的生活。石井四郎的女兒石井春海(音譯)在近40年後仍帶著懷舊的心情回憶道:“那真是壹所獨壹無二的房子，就像從《亂世佳人》這樣的浪漫電影中走出來壹樣。”吃人惡魔石井四郎在中國東北過著奢華的生活。他仍然表現出強烈的自我展示欲望，貪婪地挪用“公款”，狂飲，光顧藝妓館。
石井四郎想盡辦法和日本幾乎所有的細菌學家建立聯系，讓他們給這支細菌大軍以援助。而且，幾乎所有的日本大學都被動員起來了。除了東京的陸軍醫學院，還有京都帝國大學，東京帝國大學，東京傳染病研究所等等。而那些和石井四郎壹起在中國東北* * *，戰後很多人成為了創造戰後日本經濟奇跡的各大學的醫學部部長、教授、大學校長，或者各行業的技術骨幹，身居要職。比如731細菌部隊氣性壞疽，炭疽班長植村昭，戰後擔任日本文部省教科書首席調查官；731部隊長友朗南，戰後擔任日本北海道副知事；金順義，731部隊防疫研究室，戰後擔任日本防衛廳主任研究員。1644部隊防疫研究室的村田良介，曾任日本厚生省國立預防衛生研究所(現為國立傳染病研究所)第六任副所長、第七任所長；731部隊凍傷課課長壽仁吉村是戰後日本京都醫科大學的校長。最新資料顯示，戰後有79名日本細菌戰犯被重用。