1、通過扣繳義務人申報，在單位按月發放工資預扣稅款時辦理扣除；
2、綜合所得年度自行申報，納稅人自行在年度綜合所得匯算清繳申報時辦理扣除。
個人所得稅申報流程如下：
1、領取申報表，納稅人到辦稅服務廳申報納稅窗口領取《個人所得稅納稅申報表》2份並填寫，年所得12萬元以上的納稅人辦理個人所得稅納稅年度申報的，領取《個人所得稅申報表（適用於年所得12萬元以上的納稅人申報）》2份並填寫。
2、辦理申報，納稅人持上述辦理材料到辦稅服務廳申報納稅窗口進行申報，另外，年所得12萬元以上的納稅人，應當填寫《個人所得稅納稅申報表》，並在辦理納稅申報時報送主管稅務機關，同時報送個人有效身份證件復印件，以及主管稅務機關要求報送的其他有關資料。
3、繳納稅款，當期申報沒有稅款的，經稅務機關審核，納稅人提供的資料完整、填寫內容準確、各項手續齊全、無違章問題，符合條件的，當場辦結，並在《個人所得稅納稅申報表》上蓋章，返還壹份給納稅人。
綜上所述，個人出租房屋，應攜帶房屋所有權證、國有土地使用證和租賃合同等有關資料，主動到房屋所在地地方稅務機關辦理納稅申報，並按照規定繳納房產稅、城鎮土地使用稅、營業稅、城市維護建設稅、教育費附加、印花稅、個人所得稅。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》第六條
應納稅所得額的計算：
（壹）居民個人的綜合所得，以每壹納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除後的余額，為應納稅所得額。
（二）非居民個人的工資、薪金所得，以每月收入額減除費用五千元後的余額為應納稅所得額；勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為應納稅所得額。
（三）經營所得，以每壹納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的余額，為應納稅所得額。
（四）財產租賃所得，每次收入不超過四千元的，減除費用八百元；四千元以上的，減除百分之二十的費用，其余額為應納稅所得額。
（五）財產轉讓所得，以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用後的余額，為應納稅所得額。
（六）利息、股息、紅利所得和偶然所得，以每次收入額為應納稅所得額。