本條例所稱水資源包括地表水和地下水。第三條自治州行政區域內的水資源屬於國家所有。農村集體經濟組織修建的水塘、水庫的水，歸農村集體經濟組織使用。家庭、個人和合作者修建的壩、塘、池中的水，歸家庭、個人和合作者使用。第四條水資源的保護和管理應當遵循科學規劃、嚴格保護、合理開發、有效利用的原則，對生活、生產經營和生態環境用水進行科學統籌。第五條自治州縣級以上人民政府應當鼓勵單位和個人依法開發利用水資源，保護投資者的合法權益。第六條自治州縣級以上人民政府應當加強水資源的保護、管理、節約、開發利用和水害防治工作，並將其納入國民經濟和社會發展計劃，增加資金投入，加強基礎設施建設。第七條自治州縣級以上人民政府水行政主管部門負責本行政區域內水資源的統壹管理和監督，履行下列職責:
(壹)宣傳和執行有關法律、法規和本條例；
(二)組織編制流域和區域的綜合規劃和專業規劃；
(三)制定並組織實施水資源管理措施；
(四)負責取水許可證的發放和管理；
(五)依法收取相關費用；
(六)調解水事糾紛；
(七)行使本條例賦予的行政處罰權。第八條自治州縣級以上人民政府發展改革、財政、環境保護、住房和城鄉建設、國土資源、林業、農牧業、交通運輸、衛生、工業和信息化等有關行政主管部門應當按照各自職責做好水資源的保護和管理工作。
鄉(鎮)人民政府應當協助做好本行政區域內的水資源保護和管理工作。第九條任何單位和個人都有依法保護水資源的義務，並有權檢舉、勸阻和制止破壞和汙染水資源的行為。第二章保護和管理第十條自治州縣級以上人民政府水行政主管部門應當編制江河、湖泊、水庫的水功能區劃，並根據水功能區的要求保護水質。第十壹條自治州縣級以上人民政府水行政主管部門應當實行用水總量控制紅線管理，建立水量、水質、水位和生態流量相結合的控制指標監測制度和考核制度。第十二條縣級人民政府水行政主管部門應當對水功能區的水質進行監測，發現水質異常應當及時向本級人民政府報告，並通報環境保護行政主管部門。
縣級人民政府水行政主管部門應當對水資源開發工程河段實行流量監測制度。水資源開發項目下遊河道的生態流量不得低於河道多年平均流量的10%。第十三條自治州縣級以上人民政府應當建立水源保護區制度，科學劃定保護區範圍，設立標誌並向社會公布。第十四條飲用水水源保護區禁止下列行為:
(壹)修建危及和汙染水源的建築物和構築物；
(二)設置排汙口、化糞池等與水源保護不相容的工程；
(三)擅自采伐水源涵養林和水土保持林的；
(四)探礦、采礦、挖砂、采石、取土；
(五)實行水葬或者其他喪葬方式的；
(六)使用劇毒和高殘留農藥；
(七)堆放和傾倒有毒有害物質、垃圾和其他廢棄物；
(八)放牧、屠宰畜禽，丟棄動物屍體和其他汙染水體的物品；
(九)放養水生物種；
(10)捕魚；
(十壹)其他可能造成汙染的活動或行為。第十五條自治州各級人民政府應當采取措施，加強水源保護，加快生態公益林建設，保護自然植被和濕地，涵養水源，防止水土流失，改善生態環境。
庫區要封山育林，逐步減少常住人口。第十六條自治州縣級以上人民政府水行政主管部門應當會同國土資源等有關部門，根據地下水和地面沈降觀測資料，確定地面沈降區地下水年度開采總量和回灌總量，嚴格限制開采。確需開采使用礦泉水、地熱水的，應當在施工前依法辦理相關行政許可手續。
勘查、開采或者建設地下工程，可能造成地下水汙染、地下水源減少或者枯竭、地面沈降的，勘查、開采單位或者建設單位應當采取預防和保護措施。給他人生活、生產造成損失的，應當依法給予賠償。