2001年實行縣鎮機關、事業單位機構改革和農村稅費改革、村組撤並，撤銷建湖鎮、裴劉鎮，分別並入近湖鎮和蘆溝鎮，江蘇省建湖經濟開發區單獨列編；
2010年，撤銷鐘莊鎮，並入江蘇省建湖經濟開發區，撤銷岡東鎮、草堰口鎮，並入上岡鎮；
2012年，江蘇省建湖高新技術產業開發區、城南新區、九龍口旅遊度假區陸續成立。2014年，撤銷近湖鎮，設立近湖、鐘莊、塘河3個街道辦事處。建湖縣***轄3個街道辦事處、11個鎮、4個區，街道、鎮、區下轄200個村、47個居委會，1360個村民小組。截止2014年，建湖縣所轄18街道、鎮、區名錄：近湖街道、鐘莊街道、塘河街道、建陽鎮、九龍口鎮、恒濟鎮、顏單鎮、沿河鎮、蘆溝鎮、慶豐鎮、上岡鎮、岡西鎮、寶塔鎮、高作鎮、城南新區、江蘇省建湖經濟開發區、江蘇省建湖高新技術開發區、九龍口旅遊度假區。
2014年4月，轄3個街道辦事處、11個鎮、1個城市功能區（城南新區）、1個經濟開發區、1個高新區和1個旅遊度假區。 江蘇建湖縣在加快產業結構調整中，大搞水、田、林、路綜合治理，改善農業生產條件，緊緊抓住節水灌溉、退耕還林、開荒復墾等重點，推行目標管理責任制，重大項目建設決策由環保部門提前介入，提出參考意見，確因環保和生態問題“壹票否決”，就停止建設。
建湖縣累計投入汙染治理資金5000多萬元，先後關、停、轉、遷汙染重、耗能高、效益差的重汙染企業50多家。同時，還註重把生態建設與培植主導產業緊密結合起來，優選具有特色和競爭力的主導產品進行重點開發。
已培植和建成了8大生態經濟模式，其中以完善農田林網為主的綜合開發型、以間作套種為重點的立體種植型、以農副產品深加工為特色的生態工廠型等生態經濟模式。開發建設的“建麥1號”、“九龍口”河蟹、恒濟河藕等綠色食品已占建湖縣農業總產值的五分之三。 2011年上半年建湖縣用於改善民生的財政性投入達14.8億元，同比增長40.3%。堅持創業富民、就業惠民，新發展私營企業2700多戶、個體工商戶近1.7萬戶，新增註冊資本85.9億元；新增就業7100多人、下崗失業再就業2400多人。圍繞“五有”目標，加強社會保障體系建設，上半年基本養老保險參保 8.9萬人，醫療保險參保7.4萬人，新增新農保參保6000人。加快保障性住房建設，新建廉租房、經濟適用房3.2萬平方米，城區低收入居民住房困難得到有效緩解。紮實做好城鄉低保擴面提標工作，新增城鄉低保2300多人。社會事業協調發展，建湖縣被評為中國科普示範縣、江蘇省人口協調發展先進縣、江蘇省有線電視示範縣，建湖縣雜技團節目《鬥士》獲得第八屆中國雜技大賽銀獎，建湖縣統計局科技投入專項統計調查獲得中國表彰。社會管理全面加強，紮實開展食品安全專項治理，切實做好信訪工作，積極開展領導幹部下訪“金橋行動”，化解了壹批信訪積案，信訪穩定工作走在全市前列。大力推進平安建湖、法治建湖建設，建湖縣被評為中國“五五”普法先進縣。
2012年，建湖縣金融機構各項存款余額232.81億元，比年初增加33.46億元，增長16.79%，其中單位存款余額65.98億元，比年初增加3.04億元，增長4.83%；儲蓄存款余額162.16億元，比年初增加28.56億元，增長21.37%。年末各項貸款余額171.86億元，比年初增加33.12億元，增長23.88%。