鼓山寺原名傅瑩庵。《康熙朝縣誌》記載:“傅瑩安寺建在孤山上，明萬歷九年(1581)，山中居民秦城為鄉建飲食店，子永福、孫及其曾孫應坤先後重修並栽培松竹”。清乾隆年間(1738)，庵前銀杏樹冠巨大，四周松竹蔥蘢，樹長殿隱，雲霧繚繞，山巒起伏。有壹種“禪林古寺隱，不見僧影，聽其聲”的深沈純凈之恩。當時有三大殿二十二宅，全是佛場，每畝，其次是泉井。因為第壹個和尚主持它，它被重新命名為佛印寺，俗稱鼓山寺。時光荏苒，歲月乏味，寺廟歷經滄桑，屢遭烽火。抗日戰爭時期，日軍為防新四軍，曾派飛機將其炸毀。
解放初期，寺香斷，野葛藤交織。僅留下壹棵高20米、直徑2米多的古銀杏樹作為寺廟的歷史文物，成為新中國航空事業的航標。更遺憾的是，在1959，這棵樹被山腳下的村民砍倒，並被盜走了幾截。說來奇怪，小偷的家不久就被大火燒毀了，這是巧合還是天意。村民們有自己的看法。
1986年，山上高僧劉帶領南靖、馬鞍山、合淝、巢湖等地佛教四大弟子開山植樹造林，重修寺廟。經過十余年的努力和艱辛，在鼓山山頂古寺遺址上呈現出壹座具有徽派建築特色的寺廟，並修建了亭臺樓閣、亭臺樓閣、山路、慈善醫院等園林和公共設施，與鼓山寺相得益彰、相得益彰。後來，在政府的資助和投入下，壹條迂回的盤山水泥路和壹座俯瞰湖面的七層孤山寶塔矗立在天之巔，氣勢磅礴，響成壹片。荒山禿嶺，造就了佛教仙境的聖地。
1998年，郭學聖先生主持鼓山景區和鼓山寺的日常工作，後皈依臺灣省寬道和尚。居士郭雪生，淡泊名利，賢惠有福。為了禮尚往來地振興鼓山寺道場，他積極主動地請求政府當局聘請壹位德僧主持鼓山寺。經查，是政府主導，寺廟聘請。6月1999，中國佛學院南京寶華山分院畢業生、嶗山華藏經寺方丈石法師接任鼓山寺主持。石大師於2002年當選為巢湖市第壹屆佛教協會會長。
在任總統期間，他學識淵博，全面發展。幾年時間，買了30畝山地，建了觀音殿、地藏殿，重修了大雄寶殿，建了經堂、樓、佛堂、上客堂、僧寮、客寮，重修了天王堂、鐘、鼓樓、齋堂、廚房。它是集國內能工巧匠於壹身，集世界壹流產品於壹身，規模宏大，雕刻精美的建築。福建古色古香的石燈，傳遞著純凈愉悅的白凡音樂，閩南惠安定制的石獅，看起來歡快親切，走上109的花崗巖石階，真的讓人生出“壹見攬勝，心存僥幸”的境界。
寺內佛像、菩薩像、羅漢像莊嚴明亮。確實有“化天下為太平，使人活在仁中”的魔力。佛龕、器皿、祭祀桌、陳設、字畫古玩、庭院裏的花草，都是精美的藝術呈現，典雅別致，讓人頓覺睿智輕松。根好，花開見佛。藏經閣的金玉印就要兌現了。臥佛光芒萬丈，寶藏豐富。鼓山寺采用叢林模式，執事分明，道教風格凜然，管理嚴格，財務制度健全規範。和尚修行，精益求精。