充分利用綜合保稅區獨特的功能和政策優勢，大力發展海洋經濟，將其建設成為浙江海洋經濟發展示範區的重要載體，舟山群島新區發展的核心功能區，努力發展成為面向亞太地區，以商品為主的綜合保稅區。
這個島的地方化
舟山港綜合保稅區的功能是以海洋裝備制造、海洋生物產業、電子信息產業、倉儲物流等先進制造業為重點，探索建立區域性商品定價中心，發展航運服務、保險金融、咨詢研究、商品展覽、租賃等相關服務。
衢山定位
充分發揮其深水岸線資源優勢，主要功能是中轉、儲運大宗商品(煤炭、礦石、油品、液體化工品等。).