1.店鋪租賃合同糾紛按以下方式處理:
(1)當事人可以通過和解或者調解解決合同糾紛；
(2)當事人不願和解、調解或者和解、調解不成的，可以根據仲裁協議向仲裁機構申請仲裁；
(三)涉外合同的當事人可以根據仲裁協議向中國仲裁機構或者其仲裁機構申請仲裁；
(4)當事人沒有訂立仲裁協議或者仲裁協議無效的，可以向人民法院起訴。
2.法律依據:《中華人民共和國民法典》第233條
如果產權受到侵害，權利人可以通過和解、調解、仲裁、訴訟等方式解決。
二、店鋪租賃合同糾紛如何挽回損失？
商店租賃合同糾紛損失的追償途徑有以下幾種:
1.因租賃合同糾紛造成損失的，當事人可以協商賠償；
2.協商不成的，當事人可以申請仲裁或者向法院提起訴訟。
承租人未按照約定的方法或者租賃物的性質使用租賃物，造成租賃物損失的，出租人可以解除合同，並要求賠償損失。租賃物危及承租人的安全或者健康的，承租人可以隨時解除合同，即使承租人在訂立合同時明知租賃物質量不合格。