城鎮土地使用稅與耕地占用稅的區別在於，耕地占用稅是對全國範圍內改變耕地用途的行為壹次性征收的稅；城鎮土地使用稅是對城市、縣城、建制鎮和工礦區範圍內的土地使用征收的稅，按年征收；這兩個稅種相輔相成，在減少土地占用和濫用、加強土地管理方面發揮作用。由於這兩個稅種在征收上存在重疊，為了避免在壹塊土地上同時征收耕地占用稅和城鎮土地使用稅，國家在條例中對耕地占用稅做了相應的銜接，即對於新征用的耕地，凡已繳納耕地占用稅的，自批準征用之日起壹年後開始繳納城鎮土地使用稅；由於征用非耕地不需要繳納耕地占用稅，所以從批準征用的次月起繳納城鎮土地使用稅。
二、什麽是耕地占用稅？
耕地占用稅是對占用耕地建房或從事其他非農業建設的單位和個人征收的壹種稅。采用固定稅率的標準取決於人均耕地數量和經濟發展程度。目的是合理利用土地資源，加強土地管理，保護農業耕地。
耕地占用稅以占用耕地建房和從事非農建設的單位和個人為納稅人，實行地區差別稅率。征稅範圍包括種植農作物的耕地(用於種植農作物的耕地)、魚塘、園地、菜地及其他農業用地，如為種植農作物或從事水產養殖而開發的人工種植的草地、灘塗等。
稅額標準:應納稅額=實際耕地面積(平方米)×適用固定稅率。
三。耕地占用稅免征範圍
1，軍事設施占用耕地
免稅軍事設施，具體範圍包括:地面和地下的軍事指揮和作戰工程；軍用機場、港口和碼頭；營地、訓練場和試驗場；軍事洞穴和倉庫；軍用通信、偵察、導航、觀測站和測量、導航、助航設備；軍用公路、鐵路專用線、軍用通信輸電線路、軍用輸油輸水管道；其他直接用於軍事目的的設施。
2.學校、幼兒園、養老院、醫院占用耕地。
免稅學校包括大學、中學、小學、具有學歷的職業教育學校和經縣級以上人民政府教育行政部門批準的特殊教育學校。國務院人力資源和社會保障行政部門、省、自治區、直轄市人民政府或者其人力資源和社會保障行政部門批準的技工院校。學校內的營業用房和職工住房占用應稅土地的，按照當地適用稅額繳納耕地占用稅。
免稅幼兒園，具體範圍限於經縣級以上人民政府教育行政部門登記或備案，專門用於兒童保育和教育的幼兒園。
免稅養老院，具體範圍限於經批準設立的養老機構，為老年人提供生活照料。
免稅醫院，具體範圍限於縣級以上人民政府衛生行政部門批準的醫院中專門用於提供醫療服務的場所和配套設施。院內職工住房占用應稅土地的，按照當地適用稅額繳納耕地占用稅。
耕地占用稅的設置是為了保護耕地不被占用，因為據我所知，民以食為天，耕地的重要性關系到民生的穩定。如果需要占用或者征用，就要繳納稅費。但為了保證國家安全和國民教育的穩定，壹些特殊地區免交稅費。