2005年,煙臺港加快芝罘灣港口整合,完成了對煙臺國際海運公司港務公司和山東渤海輪渡煙臺客運公司的接管。2005年底和2006年5月,蓬萊港和龍口港分別進行了重組整合。2005年,煙臺港集團(不含龍口港)完成貨物吞吐量4506萬噸,比上年增長47.7%;集裝箱吞吐量60.2萬標箱,比上年增長106.7%;客運量365萬人次,比上年增長21.6%。貨物吞吐量、集裝箱吞吐量、旅客吞吐量均創煙臺港歷史最好成績。龍口港區2004年實現了港口吞吐量突破1000萬噸的歷史性突破,2005年再創新高,達到16萬噸,2000-2005年五年間平均增長23.5%。2007年,煙臺港貨物吞吐量突破1億噸,成為全國第11000個沿海港口。