第二條本辦法所稱農業綜合開發，是指中央財政為保護和支持農業發展，改善農業生產基礎條件，優化農業和農村經濟結構，提高農業綜合生產能力和綜合效益，設立農業資源綜合開發利用專項資金的活動。
第三條農業綜合開發的任務是加強農業基礎設施和生態建設，提高農業綜合生產能力，保障國家糧食安全；推進農業和農村經濟結構戰略性調整，推進農業產業化，提高農業綜合效益，增加農民收入。
第四條農業綜合開發項目包括土地治理項目和產業化經營項目。
土地治理工程，包括穩產高產基本農田建設、高標準農田示範工程、糧棉油等大型優勢農產品基地建設、良種繁育、土地復墾等中低產田改造工程、草地改良、小流域治理、土地沙化治理、生態林建設等生態綜合治理工程、中型灌區節水配套改造工程。
產業化經營項目，包括經濟林和設施農業種植、畜牧水產養殖等種植養殖基地項目、農產品加工項目、貯藏保鮮、批發市場等流通設施項目。
第五條農業綜合開發應當創新機制，加強管理，實行與社會主義市場經濟和公共財政相適應的管理機制和投資政策。
第六條農業綜合開發實行“國家引導、配套投入、民辦公助、滾動發展”的投入機制。
農業綜合開發資金安排應遵循以下原則:
(壹)效益優先，兼顧公平；
(二)突出重點，兼顧壹般；
(三)集中投入，不留缺口；
(4)獎優罰劣，激發競爭。
農業綜合開發以資金投入控制項目規模，按項目管理資金。
第七條農業綜合開發項目管理應遵循以下原則:
(壹)因地制宜，統籌規劃；
(2)規模化發展和產業化經營；
(3)依靠科技，註重效率；
(四)公平競爭，擇優立項。
農業綜合開發項目應當自下而上申報。
第八條按照統壹組織、分級管理的原則，合理劃分國家農業綜合開發辦公室(以下簡稱國家農發辦)和各省、自治區、直轄市、計劃單列市、新疆生產建設兵團、黑龍江農墾總局(以下簡稱省)農業綜合開發辦公室的管理權限和職責。第九條農業綜合開發主要支持農業主產區，重點支持糧食主產區。農業主產區以省為單位，根據主要農產品產量和商品數量確定。
生產非農業主的省份要確定本地區重點扶持的農業主產縣(含不設區的市、市轄區、旗、農場，下同)。
第十條土地治理項目以中低產田改造為重點，結合優勢農產品產業帶建設，建設穩產高產基本農田。堅持山川、農田、道路綜合治理，農林水利綜合配套措施，實現經濟效益、社會效益和生態效益的統壹。
第十壹條產業經營項目應當參照國家制定的優勢農產品區域布局規劃，根據當地資源優勢和經濟發展狀況，確定擬扶持的優勢農產品產業。通過加強優勢農產品基地建設，扶持產業化龍頭企業，提高農業生產組織化程度和農業產業化經營水平。
第十二條土地治理項目應當以農戶為重點。
產業化經營項目支持的對象包括國家和省級農業產業化龍頭企業(含省級農發機構批準的龍頭企業)和農民專業合作組織。
第十三條由國家農發辦確定納入扶持範圍的農業綜合開發縣，並按照“總量控制、適度準入、獎優罰劣、分級管理”的原則進行。第十四條中央財政根據財力狀況，可以逐年增加農業綜合開發資金。
第十五條財政部根據各地區財力狀況，確定各省地方財政資金和中央財政資金的配套比例。
省級財政承擔的配套資金壹般不低於地方財政配套資金的80%。省級財政可以在保證地方財政配套資金的前提下，根據根據地(含設區的市、自治州、盟)和縣的財力情況，確定不同的配套比例。
地方各級財政配套資金應納入同級財政年度預算。
國家扶貧開發工作重點縣和鄉鎮財政不承擔扶持資金任務。
第十六條農業綜合開發扶持對象應有必要的投入。
農村集體和農民對土地治理項目的集資(包括實物資產)，要嚴格按照“農民自願、量力而行、民主決策、數量控制”和“誰受益、誰承擔”的原則籌集，納入村裏“壹事壹議”範疇，實行專項管理。
產業化經營項目自籌資金不得低於財政投入資金。
第十七條農業綜合開發可以采取補貼、貼息等多種形式，吸引社會資金，加大對農業綜合開發的投入。
第十八條農業綜合開發中央財政資金分配以綜合因素法為主，根據資源條件和工作質量計算省級中央財政資金投入指標。
各省產業化經營項目中央財政資金投資規模根據項目申報情況確定。
第十九條每年新增的中央財政農業綜合開發資金主要用於農業主產區。各省農業綜合開發財政資金要向農業主產縣傾斜。
第二十條農業綜合開發財政資金原則上70%以上用於土地治理項目，30%以下用於產業化經營項目，具體投入比例根據各省資源狀況和經濟發展要求確定。
農業綜合開發應當逐步增加科技投入，提高財政資金中科技投入的比例。
第二十壹條農業綜合開發中央財政資金以補貼和貼息方式全額無償投入。
第二十二條農業綜合開發資金用於土地治理項目包括:
(壹)總庫容10萬立方米的小型水庫、塘壩的改建、擴建、加固和新建；總裝機容量5000千瓦以下機電排灌站及其配套35KV以下輸變電設備的改建、續建和新建；10KV以下新鉆修機電井及配套機、泵、輸變電設備；排灌渠道開挖、疏浚、襯砌及配套建築物；發展節水灌溉所需的建築材料、管道和噴滴灌設備。中型灌區節水改造項目資金的使用範圍和管理辦法由國家農發辦另行制定。
(二)修建農田機耕道所需的砂石料、水泥和瀝青；土壤改良和機械平整所需綠肥種子和稭稈還田機械設備建設；優良品種收購、繁育和加工所需的工程設施和配套設備；推廣優良品種和先進實用技術所需的小型儀器設備、示範和培訓；購買農業機械和配套農具的補貼等。
(三)購買營造農田防護林、防風固沙林、水源涵養林和水土保持林所需的種苗(或苗圃建設)和工程設施；種子購買、灌溉設施、草地圍欄、青貯窖、飼料加工、牲畜棚等。牧區改良草地所需。
第二十三條農業綜合開發產業化經營項目資金包括:
(1)排灌設施、農業道路、輸變電設備和溫室大棚、品種改良和種苗繁育設施、產品分揀、分級、清洗包裝等采後處理設施、質量檢測設施、新品種和新技術的引進、示範和培訓等。經濟林和設施農業種植基地所需。
(2)排灌設施、農業道路和輸變電設備、種苗繁育和品種改良設施、養殖基地生產設施、專用飼料小型生產設施、防疫設施、廢棄物處理和隔離環保設施、質量檢測設施、新品種和新技術的引進、示範和培訓等。
(三)農產品加工項目所需的生產車間、輔助車間、包裝車間、成品倉庫、原料倉庫、低溫倉庫、加工設備、輔助設備及配套的供水、供電、道路設施；質量檢驗設施、廢棄物處理等環保設施、衛生防疫和動植物檢疫設施、新品種和新技術引進、基地農民技術培訓等。
(四)空調倉庫、預冷庫、低溫庫、設備購置及安裝，配套供水、供電及道路設施，產品質量檢驗設施，衛生防疫及動植物檢疫設施，配套廢棄物處理設施，農產品批發市場交易場所建設。
(五)項目可行性研究、初步設計或實施方案(以下簡稱初步設計)、環境評價等費用。
第二十四條農業綜合開發資金的其他用途包括:
(1)貸款貼息。從中央財政農業綜合開發資金中單獨安排資金，專項用於符合農業綜合開發支持範圍的貸款項目貼息。貼息資金的管理辦法由財政部另行制定。
(2)縣級農發機構項目管理費。按照土地治理項目財政投資的壹定比例，財政投資500萬元以下的為3.5%，500萬元以上的為10萬元，1.5%以上的為10萬元。項目管理費從地方財政配套資金中支付，主要用於項目實地考察、檢查驗收、業務培訓、項目和工程招標、資金和項目公示、土地治理項目可行性研究、土地治理項目壹般項目初步設計等費用。，不得用於人員工資、補貼、車輛購置等行政開支。地方和省級農發機構、國家農發辦由本級財政預算單獨安排項目管理費業務經費，不得提項目管理費。
(三)土地治理項目的主要單項工程監理費和勘察設計費。來自地方財政的配套資金，按實際支出計入工程成本。具體辦法由國家農發辦參照國家有關規定制定。
第二十五條農業綜合開發財政資金應當專人管理、專賬核算、專款專用。嚴格按照農業綜合開發財務會計制度進行管理，並在規定的範圍內使用資金。嚴禁挪用。
第二十六條各級財政部門應根據批準的項目計劃、初步設計、建設進度，按照有關規定及時足額撥付資金。
第二十七條使用財政資金實行縣級報賬制。項目實施單位應嚴格按照規定程序及時辦理報賬。報銷資金撥付采用轉賬結算，嚴格控制現金支出，嚴禁空白入賬。
第二十八條各級農發機構應采取自查、委托社會中介機構等方式，加強對資金分配和使用的監督檢查。
各級農發機構應積極配合審計和財政監督機構等部門的審計、監督和檢查工作。
第二十九條財政部應當責令其改正，追回資金，並按照有關規定追究相關單位和責任人的責任。第三十條農業綜合開發項目前期工作是指項目正式申報前的準備工作，包括制定發展規劃、建立項目庫、編制項目可行性研究報告等。籌備工作要經常化、制度化。
第三十壹條各級農業開發機構應當根據農業發展長遠規劃和國家農業綜合開發政策，制定本地區農業綜合開發總體規劃和分期開發計劃，並在此基礎上建立土地經營項目庫和產業化經營項目庫。
第三十二條存入項目庫的項目應符合項目建議書的要求。項目建議書的主要內容包括:
(1)土地治理項目:開發的必要性和條件，建設的範圍、規模和主要治理措施，投資估算和來源(包括農民籌資和投勞計劃)，效益預測。
(2)產業化經營項目:建設條件、建設單位基本情況、市場分析及銷售計劃、項目建設方案、投資估算及資金籌措、財務評價。
項目建議書經省級或地市級農發機構實地考察合格後可存入項目庫，從項目庫中選擇擬支持的項目。
第三十三條農業綜合開發項目可行性研究報告應當由有資質的單位或者組織有關專家進行編制。
可行性研究報告的主要內容包括:
(1)土地治理項目:項目背景，包括自然、社會、經濟狀況；水土資源評價；項目建設的必要性和可行性；治理的範圍、地點和規模；工程量及主要工程和農藝措施；項目區現狀和項目布局；投資估算和融資計劃；三分之二以上農民簽字或村民代表大會通過的農民籌資投勞方案及自願發展的證明材料；綜合效益評價；組織實施和運營管理。
(2)產業化經營項目:項目背景及必要性、建設條件、建設單位基本情況、市場分析及銷售方案、項目建設方案、投資估算及資金籌措、財務評價、環境影響評價、農業產業化經營及農民增收效果評價、項目組織管理。
第三十四條農業綜合開發項目申報單位壹般應在前壹年度上報下壹年度的農業綜合開發項目。
各級農發機構要區分各類項目的不同情況，積極推進項目投資或項目招投標，發布項目申報指南，在較大範圍內擇優選擇。
第三十五條國家農發辦和省級農發機構應當按照各自職責組織項目評估，采用定量分析與定性分析相結合、動態分析與靜態分析相結合的方法，對擬建項目的必要性、技術可行性、經濟合理性、資金配套可靠性和償還能力進行審查和綜合評價，為項目立項提供決策依據。
國家農發辦和省級農發機構對產業化經營項目申報單位提交的社會中介機構出具的審計報告、郊區新建項目征地批準文件、幹旱地區中低產田申報單位提交的水利部門出具的水資源條件鑒定意見進行審核評估。
項目評審采取專家評審、現場答辯和實地考察的形式。對材料不實或財務運行狀況不清的，實行壹票否決。
項目評估應建立責任制，明確專業評估人員的評估責任。評估人員應當對評估項目的技術可行性和經濟合理性做出客觀、真實的評價。評估結論不準確影響項目正確決策的，評估人員及其下屬評估機構應當承擔相應責任。
第三十六條土地治理項目應當符合下列條件:
(壹)中低產田改造項目應符合土地利用規劃，有明確的區域範圍，按流域或灌區統壹規劃；項目區水源有保障，防洪有保障，排水有出路，排灌骨幹工程基本具備；開發經營的地塊集中連片，增產潛力大。單個項目的年開發面積是相對連片的。原則上平原地區不低於1，000畝，丘陵山區不低於5000畝。
(二)生態綜合治理項目應有明確的區域範圍，治理區域集中連片，具備壹定的開發治理條件，對改善農業生產條件和生態環境有明顯效果。單個項目年相對連片治理面積天然草地5000畝以上，人工草地1000畝以上，小流域治理和土地沙化治理5000畝以上。
(三)中型灌區配套節水改造項目應當符合區域水資源利用總體規劃和節水灌溉發展規劃；直接為農業綜合開發項目區提供排灌條件；灌區設計灌溉面積壹般不低於5萬畝，不超過30萬畝。
第三十七條產業化經營項目壹般安排在農業綜合開發縣，申報單位或其控股單位應具有獨立法人資格，經營兩年以上，具有壹定的經營規模和經濟實力，有較強的自籌資金能力，能保證資金安全運行。近兩年資產負債率低於70%，銀行信用等級在A級以上(含A級，未向銀行貸款者除外)，開發的產品科技含量高，市場潛力大，競爭優勢明顯，具有帶動性。
除前款規定的條件外，種植養殖基地項目必須具有明顯的資源優勢和特色；農產品加工項目必須依托優勢農產品基地，從農民手中收購的原料占所需原料的70%以上；產地項目的儲藏保鮮、批發市場必須為項目區提供與生產加工相關的服務。
第三十八條中型灌區高標準農田示範工程和節水改造工程由國家農發辦或委托省級農發機構進行評估和驗收。
其他農業綜合開發項目壹般由省級農發機構評估審批，部分項目可委托地市級農發機構評估審批，國家農發辦進行指導、監督和抽查。
第三十九條在項目可行性評估的基礎上，按照項目管理職責，國家農發辦或省級農發機構根據資金可能和合理布局的原則選擇支持項目，並納入項目計劃。
第四十條農業綜合開發項目計劃原則上壹年實施壹次。國家農發辦逐年下達中央投資控制指標，作為省級農發機構編制年度項目實施計劃的依據。
第四十壹條農業綜合開發項目初步設計應當由具有相應資質或者能力的單位編制，包括:項目總體設計、主要建築設計、機械設備和儀器購置計劃、配套設施設計、重大項目概算、項目區現狀圖和工程設計圖紙。
初步設計由省級或地市級農發機構或有關技術部門審查批準。
第四十二條地方農發機構應逐級編制和匯總年度項目實施計劃。年度項目實施計劃的主要內容包括:
(壹)編制說明。包括開發範圍及變化、區域布局及開發重點、投資規模及資金來源構成、開發任務及項目安排、主要治理措施及投資構成、預期效益目標等。
(2)工程進度計劃。各類項目明細表的格式由國家農發辦統壹發布。
(3)附件:省級財政部門關於其承擔配套資金的意見。
第四十三條國家農發辦主要審批土地治理項目年度實施計劃的開發範圍、任務和投資額。省級農發機構根據州農發辦的批復，向下批復項目年度實施計劃，並報州農發辦備案。
產業化經營項目年度實施計劃由省級農發機構審批，並報國家農發辦備案。
省級農發機構要按照州農發辦規定的時間，向州農發辦申報項目年度實施計劃或備案其批準的項目年度實施計劃，州農發辦要及時批復或核實。國家農發辦對省級農發機構報送備案的項目年度實施計劃在壹個月內未提出異議的，視為同意。經批準或備案的年度項目實施計劃作為支付中央財政資金和進行檢查驗收的依據。
第四十四條年度項目實施計劃的調整、變更和終止，應當按照下列規定進行。
(壹)建設內容調整涉及財政資金金額達到1萬元以上的，應在項目初步設計重新審查後逐級上報州農發辦審批；低於654.38+0萬元的，由組織項目初步設計的省級或地市級農發機構審批。
(二)項目的變更或終止(指項目性質、建設地點、項目實施單位的任何變更)，應逐級上報國家農發辦或省級農發機構審批。省級農發機構批準變更或終止的項目，須報國家農發辦備案。因項目變更實施的新項目，應當按照本辦法第三十五條第二款的規定提交新單位的相關證明材料。
(三)變更或終止項目經州農發辦或省級農發機構批準後，縣級農發機構應及時將變更或終止項目的決定正式通知項目實施單位或農戶，並說明變更或終止的原因。
(四)經批準終止項目的中央財政資金，應在接到正式項目終止通知後壹個月內逐級上繳州農發辦。
(五)因項目變更而終止和取消項目，已發生的相關費用，原則上由項目實施單位承擔。
(六)所有調整、變更或終止項目應於次年6月底前完成，逾期由國家農發辦逐級收回資金。
第四十五條農業綜合開發項目建設期為0-2年。列入計劃的所有項目都要如期完成，並達到國家規定的建設標準。
第四十六條農業綜合開發項目應當實行項目法人制、招投標制、項目監理制、資金和項目公示制。
土地治理項目重大單項工程的勘察、設計、施工、監理以及主要設備和材料的采購，應當實行公開招標。重大單項工程的施工應當由具有相應資質或者能力的單位進行監理。
農業綜合開發財政資金和農村集體、農民自籌資金的使用情況，項目建設的主要內容，應當實行公示制度。
第四十七條項目實施單位應當按照批準的初步設計組織實施，建設單位應當嚴格按照設計圖紙施工，不得擅自變更建設地點、規模、標準和主要建設內容。
第四十八條各級農發機構應當加強項目實施過程中的檢查監督，開展定期或專項檢查，發現問題及時糾正，確保項目質量和資金使用效益。
第四十九條省級農發機構應當於每年3月底前將上壹年度項目實施計劃完成情況的統計數據報送國家農發辦。
第五十條農業綜合開發項目竣工驗收的主要依據包括國家制定的農業綜合開發的方針、政策、規章制度和工程建設標準，項目年度實施計劃的批準和調整文件，以及經批準的項目初步設計。
第五十壹條農業綜合開發項目竣工驗收的主要內容包括國家農業綜合開發政策執行情況、項目建設任務和主要經濟技術指標完成情況、重大項目質量、資金到位情況、農民籌資投勞情況、資金使用和回收落實情況、項目運行管理和文件管理情況等。
第五十二條農業綜合開發項目壹般由省級農業開發機構驗收，部分竣工項目可委托地市級農業開發機構驗收。
縣級農發機構和項目實施單位要做好項目竣工驗收前的準備工作，地市級農發機構要進行監督。
第五十三條國家農發辦每年對竣工項目進行全面檢查。在組織竣工項目驗收的基礎上，省級農發機構向國家農發辦提交驗收總結報告。國家農發辦通過直接組織或委托的方式進行檢查並進行綜合評價。
第五十四條農業綜合開發項目竣工驗收後，應當明確管護主體，及時辦理交接手續。
管護主體應當建立健全各項運行管護制度，確保工程正常運行和長期發揮效益。
各級農發機構要做好項目後期的監測和評估工作，為改進項目管理提供依據。
第五十五條農業綜合開發項目區應按照“誰受益誰承擔”和“項目維護”的原則籌集項目運行管理費；推動建立自辦灌排區投資和維護管理機制；采取拍賣、租賃、承包等方式對形成的資產進行有效管理。
第五十六條因自然災害造成農業綜合開發項目區受損的項目，恢復所需資金原則上由各省自行解決。如遇特大災害，財政部將視財力情況給予適當補助。
第五十七條對嚴重違規違紀的農業綜合開發縣，財政部暫停或取消其資格。
已竣工項目存在嚴重違規違紀問題的，財政部給予通報批評並限期整改。逾期未達到要求的，不得安排新資金、減少現有投資規模或者暫停投資。第五十八條本辦法中的“以上”、“以下”均含本數。
第五十九條省級農發機構可根據本辦法並結合本地區實際情況制定具體實施辦法，並報財政部備案。
第六十條中央農業部門農業綜合開發項目管理辦法和國際金融組織農業綜合開發利用貸款贈款管理辦法另行制定。
第六十壹條本辦法自2005年6月1日起施行，原《國家農業綜合開發項目及資金管理暫行辦法》同時廢止。