第壹，海壇島。海壇島是平潭綜合實驗區的核心區域。要通過組團推進、順序開發，逐步構建分工合理、功能互補、協調發展的空間發展格局。
中央商務區位於海壇島的東部和中部，主要包括郯城集團(現有城區)、藍城集團和珠玉集團，重點發展兩岸合作的高端商務、金融保險、行政辦公、高尚住宅和旅遊服務設施，加緊完善現有城區和新中心區的市政基礎設施，努力提升中心城區的整體功能，打造布局合理、生態宜居、充滿活力的中央核心區。
港口經貿區，位於海壇島西南和東部，主要包括金井灣集團、吉調港集團和澳前集團，重點發展保稅加工、保稅物流、貨運代理、轉口貿易和港口物流，建設貿易、海產品加工和臺灣省農產品交易中心。
高新技術產業區，位於海壇島北部中原地區，重點發展電子信息、新材料、新能源等戰略性新興產業，推進低碳技術應用，努力成為海峽兩岸高新技術產業基地和低碳技術應用示範基地。
科技R&D區，位於海壇島西北部的歡樂海洋群，主要發展R&D設計，開展緊密的產學研臺合作，打造兩岸合作的產業技術R&D和應用基地；探索建立集智能交通、智能生活、智能建築為壹體的智能化示範新城。
文教區，位於海壇島中北部平陽群及其周邊地區，規劃建設兩岸教育合作園區，促進中國大陸知名高校與臺灣省相關高校的緊密合作；布局文化創意產業園區和動漫遊戲城建設，推進兩岸設計、廣告、傳媒等文化創意產業和動漫產業合作，努力建設兩岸高等教育、職業技術教育和文化創意產業合作示範基地。
旅遊休閑區，主要位於海壇島東南部的潭南灣群及鄰近島礁，充分發揮天然海岸沙灘、海蝕地貌等獨特的海島旅遊資源優勢，加強兩岸旅遊合作，積極發展海上運動、養生保健等旅遊休閑產業，加快建設濱海度假酒店及配套服務設施，逐步打造國際知名的觀光休閑度假勝地。
第二，附屬島嶼。嶼頭島、大(小)連島、東(小)洞島、湯峪島、曹禺島等附屬島嶼是平潭綜合實驗區的重要組成部分。在充分論證的基礎上，選擇若幹適宜開發的海島，明確其功能定位，建設各具特色的功能島。嶼頭島主要發展高檔居住區、休閑度假區和海洋文物區，建設沈船博物館、海底文物研究中心和沈船打撈技術研究中心。大連島主要發展特色造船業(包括遊艇)。東東島主要發展海洋觀光漁業。曹禺島計劃在臺灣海峽建立壹個海上補給基地。湯峪島計劃開發成高端度假勝地。在加快平潭開發建設的同時，要統籌平潭與周邊地區的發展布局，促進生產要素在更大範圍內合理流動和優化配置，實現區域聯動發展。
第壹，促進與周邊地區的共同發展。依托福清、長樂等周邊地區良好的經濟基礎和便捷的交通條件，加強平潭與周邊地區交通等基礎設施對接，統籌產業分工合作，拓展平潭產業發展空間，鼓勵周邊地區發展相關產業，提升承接臺灣省產業轉移的整體區域功能，實現平潭與周邊地區優勢互補、共同發展。
第二，與海峽西岸經濟區其他區域協調發展。平潭綜合實驗區作為海峽西岸經濟區的突破口，率先實施更加靈活特殊的政策措施，逐步將成功經驗向海峽西岸經濟區其他地區推廣，形成重點突破、以點帶面、協調推進的對臺交流合作新格局。海峽西岸經濟區作為平潭綜合實驗區的直接腹地，應充分發揮整體功能，促進區域協調發展，為平潭綜合實驗區的開發建設提供強有力的支撐條件。
第三，加強與中國其他地區的合作與發展。支持平潭綜合實驗區加強與國內其他地區特別是臺商投資相對集中地區的合作，鼓勵這些地區的臺資企業在平潭設立區域營銷總部、物流配送中心和產業R&D基地，促進優勢互補、分工合作、共同發展。積極創新兩岸交流合作新機制新模式，為其他臺商投資相對集中的地區提供示範。