興化灣，其入海口位於福清縣牛頭尾和莆田市石城角之間。蛋島北側為主通航門，興化灣水道可連接三江口和江口港，水道中央有壹白色浮島，兩側均可通航。灣口中心水深20多米，向西逐漸變淺，西部水深不足5米。灣內主要港口有三江口港和漢江港。
三江口港，歷史上曾是福建省五大港口之壹，可通航沿海各大港口。三江口港位於興化灣西灣頂端木蘭河與漢江交匯處的新浦村。距上海549海裏，距福州109海裏，距秀嶼港54海裏，距泉州93海裏，距廈門191海裏。公路距涵江3公裏，距莆田17公裏，距福州98公裏，距泉州105公裏，距廈門207公裏。從三清宮渡口前至港口東側碼頭，港區水域長1500m，寬120m，面積180m2，可利用岸線150m。港口有兩個附屬港口，壹個是美威區，距離三江口港1km；另壹個是港口上遊1.5km處的橋鬥區，水域面積1.6萬平方米。
清代辟為外貿口岸，與福州、廈門、泉州、三都澳並列為福建五大口岸。光緒十壹年(1885)，黑槽大帆船停泊。光緒二十二年，日艦吉社丸入港後，外國船只接踵而來。宣彤之初，三江口與寧波直接相連。民國三年，與上海通航。民國9年，又與大連、營口通航。民國27年廣東汕頭淪陷後，福建和廣東之間的沿海地區只有三江口壹個港口。在合適的時間，船像穿梭機壹樣進進出出，“貨物堆積如山，幾乎沒有空間了。”1950仍有外輪進港。1958之後，國內只有1000噸級的船出航。1979 65438+2月，港口恢復外貿運輸業務。1982年，建成1 500噸級浮船塢。1985被列為湄洲灣口岸中轉港，航線到達香港、汕頭、廈門、福州、寧波、溫州、定海、瑞安、鎮江、南通、上海、大連、煙臺、東山、平潭。1987年，交通部撥款新建兩座年吞吐能力為15000噸的500噸級雜貨碼頭，包括兩臺8噸電動吊車、1臺3噸汽車起重機和叉車，壹座800平方米的倉庫和2000平方米的堆場。還有1 300噸級油碼頭和100米輸油管道。1993年，邗江區撥款在普貨碼頭上遊增建1座300噸級客運碼頭，承擔邗江至日南島的客運服務。1994，港口吞吐量29.89萬噸，是邗江區主要水運門戶。
木蘭水道，木蘭河幹流長105公裏，是莆田市最大的河流。宋熙寧八年(1075)，修築木蘭碑攔截潮水。木蘭溪水道自漢江上行，經華亭、汕尾、石馬、大壩至仙遊城關，全長62.5公裏。北投以上中遊可通航2 ~ 3噸級溪船，下遊可通航3 ~ 4噸級溪船。建國後，木蘭溪上遊修建水庫、電站、道路，導致水位下降，航程縮短。1967後，石馬至油灘僅10公裏通航(今天也停航)。
南北洋航道俗稱“九九溝”，是木蘭河下遊南北洋的壹條支航道，全長約400公裏，通航航道381公裏，其中南航道161公裏，北航道長220公裏。2 ~ 4噸的海溝船壹年四季都可以通航。其中，小汽船航道4條，長42公裏。漢江-吳塘和漢江-城關線壹年四季都可以航行小輪船。旱季時，橋鬥至呼市和橋鬥至高貝的小輪船接力航行。
水庫航道，1960。東鎮水庫建成後，庫區水面316平方公裏。為方便庫區周邊群眾交通，開通壩頭至皇宮、壩頭至長泰兩條航道，長15km。
通海河，從木蘭陂頭到三江口，長28.5公裏；漢江-三江口，漢江新橋頭至三江口，長5.5公裏。
湟頭港位於城郊鄉木蘭河北運河林夏村。水域面積900平方米，簡易碼頭1座，長20米，前沿水深0.8米，靠泊能力5噸。是莆田糖廠專用碼頭。1990的吞吐量為39400噸。
嶺頭圩港位於東鎮水庫壩頭西側。前方有1簡易碼頭，長60米，寬6米，深52米，為東鎮水庫客運碼頭。泊位5個，靠泊能力15噸，航線總長15公裏，年客運量20.6萬人次。
韓江港，又稱端明港，位於韓江市南部。這個港口有兩個港口，壹個是海岑前港，壹個是新開河港，叫後港。兩條港區道路匯合處為主要港區道路，經三江口和木蘭河匯合後流入興化灣。漢代開埠於宋代。元末，壹度繁榮的莆田縣白湖港、寧海港逐漸廢棄，涵江港取而代之，成為莆田主要的通商口岸。明朝永樂年間(1403 ~ 1422)，港口處於鼎盛時期。清初禁海，漢江港壹度衰落。清康熙二十年(1681)，海禁逐漸開放，漢江港也相應崛起。這個港口的海輪經常在天津、上海、寧波、福州、廈門、汕頭和廣州航行。清末，由於三江口口岸的開埠，漢江口岸成為海上商人的聚集地。自20世紀50年代以來，由於航道失修，航運業務轉移到三江口港。從1962到1966，漢江港共有8個碼頭，其中客運碼頭1，貨運碼頭7個，總長330米，泊位9個，靠泊能力20 ~ 100噸。港口碼頭為漿砌片石重力式護岸，港口配備固定吊車3臺，自卸汽車3輛，農用車3輛，卡車7輛，膠輪車50輛，倉庫17座。1987年港口吞吐量3.83萬噸，其中進口貨物2.4萬噸，出口貨物14萬噸。有到福清、平潭、高旗、福州、莆田沿海港口的航線。1994，年綜合運力3萬噸。