《財政部中華人民共和國國家稅務總局關於醫療衛生機構稅收政策的通知》(財稅[2000]42號)第壹條規定:“(1)非營利性醫療機構按照國家規定的價格取得的醫療服務收入，免征各項稅收。未按國家規定價格取得的醫療服務收入，不享受此項政策。醫療服務是指醫療服務機構提供的檢查、診斷、治療、康復、預防保健、接生和計劃生育等服務，以及提供與這些服務相關的藥品、醫用材料、救護車、病房住宿和膳食等業務(下同)。
(2)非營利性醫療機構從事非醫療服務的收入，如租金收入、財產轉讓收入、培訓收入、對外投資收入等。應繳納各種稅。非營利性醫療機構取得的非醫療服務收入中，直接用於改善醫療衛生服務條件的部分，經稅務機關審核批準後，可在其應納稅所得額中扣除，差額部分征收企業所得稅。
(3)非營利性醫療機構生產和使用的制劑免征增值稅。
(4)非營利性醫療機構的藥房分離為獨立的藥品零售企業，按規定征收各種稅收。
(五)對非營利性醫療機構使用的房產、土地和車船，免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。"
根據《財政部國家稅務總局關於醫療衛生機構有關稅收政策的通知》(財稅[2000]42號)第二條規定:
(壹)對營利性醫療機構取得的收入按照規定征稅。但為支持營利性醫療機構發展，營利性醫療機構取得的收入直接用於改善醫療衛生條件的，自取得執業登記之日起三年內給予以下優惠:其取得的醫療服務收入免征營業稅；對其自產自用制劑免征增值稅；對營利性醫療機構自用免征房產稅、城鎮土地使用稅和車船使用稅。3年免稅期滿後，將恢復征稅。
(二)營利性醫療機構的藥房分離為獨立的藥品零售企業，應按規定征收各種稅收。