未經發酵的雞糞經過烘幹用作有機肥後，在自然狀態下會發酵成熟，可能會對作物造成傷害，不利於作物生長。
雞糞在施用前必須用腐熟劑進行腐熟，使寄生蟲及其卵，以及雞糞中的壹些傳染性細菌，通過腐熟後的過程得以滅活和除臭。
雞糞發酵有機肥的生產如下:
雞糞含有大量有害微生物，絕不能直接施用。必須進行深層高溫發酵。某些發酵主要有兩個目的，壹是殺滅有害細菌，二是有機分解消化不充分的物質，增加實際有機物含量。
發酵主要在發酵罐中進行，即發酵中堆放雞糞，同時最好添加適量的發酵菌種，然後用農用塑料薄膜覆蓋。通常發酵時間為15-27天。同時，負責有機肥設備生產的重工的王經理告訴我們，如果要進行下壹道工序，需要用滾筒篩選機篩出雞毛，因為雞毛結構緊密，分解很慢，往往雞糞發酵了，但雞毛還沒有分解。
深層發酵後，雞糞幹燥粉碎。粉碎後的雞糞可以直接使用，只是叫傳統農家肥，不能叫商品有機肥。