本辦法主要規範中央財政安排的重大專項資金(以下簡稱“重大專項資金”)的使用和管理。其他來源的資金應當按照相關資金提供者對資金使用和管理的具體要求統籌安排和使用。結合重大專項組織實施要求和項目(課題)特點，采取前補助、後補助等財政支持方式。
對於基礎性和公益性研究，以及重大關鍵技術研究、開發、集成等公共科技活動，壹般采取前期資助的形式予以支持。對於產品目標和產業化目標明確且可考核的項目(項目)，以及R&D目標和任務相同的項目(項目)，由多個單位分別開發的，壹般采取後補助支持。
工具
體支持，由牽頭組織單位結合項目(課題)特點和承擔單位性質編制實施方案，經領導小組審核後，作為科技部、發展改革委和財政部(以下簡稱“三部門”)綜合平衡的內容之壹。重大專項(工程)由直接費用和間接費用組成。
(1)直接費用是指項目(課題)實施過程中(包括研究、中試和試生產)發生的與項目(課題)直接相關的費用。主要包括:
1.設備費:指在項目(課題)實施過程中，購置或試制專用儀器設備、升級現有儀器設備、租用和使用外單位儀器設備所發生的費用。各項目(課題)承擔單位應嚴格控制設備購置費。對使用重大專項資金采購的單臺/套/件價格在200萬元以上的儀器設備，按照《中央級新購大型科學儀器設備聯合評審管理辦法(試行)》的有關規定執行。
2.材料費:指項目(課題)實施過程中，因消耗各種必要的原材料、輔助材料和其他低值易耗品而發生的采購、運輸、裝卸、整理等費用。
3.檢測、試驗和加工費:指由於承擔單位技術、工藝、設備的限制，必須支付給國外單位(包括項目和項目承擔單位內部獨立經濟核算單位)的檢測、試驗、設計、試驗和加工費。
4.燃料動力費用:指項目(課題)實施過程中，相關大型儀器設備和專用科學裝置運行過程中可單獨計量的水、電、氣、燃料消耗費用。
5.差旅費:指為開展科學實驗(實驗)、科學考察、業務考察、學術交流等而發生的異地往返差旅費和當地交通費。項目(課題)實施期間。差旅費標準按照國家有關規定執行。
6.會議費:指項目(課題)實施過程中為組織相關學術討論、咨詢和協調任務而發生的會議費用。要參照國家有關規定，嚴格控制會議的數量、規模、開支標準和會期。
7.國際合作與交流費:指項目(課題)實施過程中有關人員出國和外國專家來華工作所發生的費用。國際合作與交流費按國家外事經費管理的有關規定執行。
8.出版/文獻/信息傳播/知識產權事務費:指項目(課題)實施過程中需要支付的出版、資料、專用軟件購買、文獻檢索、專業交流、專利申請等知識產權事務費用。
9.勞務費:指在項目(課題)實施過程中支付給項目(課題)成員中無工資收入的相關R&D人員(如研究生)和臨時員工的勞務費。項目(課題)承擔單位聘請的優秀高校畢業生在就業期間參加重大專項研究任務所需的勞務費和社會保險費補貼，可在勞務費中列支。
10.專家咨詢費:指項目(課題)實施過程中支付給臨時聘請的咨詢專家的費用。專家咨詢費不得支付給參與重大專項(課題)研究和管理的工作人員。
11.基本建設費用:指重大專項實施過程中購置房屋建築物、購置專用設備等基本建設費用，應單獨列示，參照基本建設財務制度執行。
12.其他費用:指重大專項(項目)實施過程中除上述支出項目以外的其他直接相關的費用。其他費用應在申請預算時單獨列出並批準。
壹般情況下，同壹支出項目不得由不同渠道同時資助。
(2)間接費用是指項目(課題)承擔單位在組織實施重大專項過程中發生的不能在直接費用中列支的相關費用。主要包括承擔單位為項目(課題)研究提供的現有設備和房屋，水、電、氣、暖等日常消耗，與管理費用相關的補助支出，承擔單位用於鼓勵科研人員的相關支出等。
間接費用由財政部根據重大專項、項目(課題)的特點和項目(課題)承擔單位的性質核定。間接費用壹般不超過扣除設備購置費和基本建設費後的直接費用的13%，用於鼓勵科研人員的相關費用壹般不超過扣除設備購置費和基本建設費後的直接費用的5%。
間接費用由項目(課題)承擔單位統籌使用和管理。間接費用中用於科研人員獎勵支出的部分，由單位根據國家有關規定，在科研人員績效考核的基礎上，結合科研成果予以安排。財政部按照法定預算程序正式批復牽頭組織單位重大專項(項目)年度預算，並將批復情況通報科技部、發展改革委和領導小組組長單位。
“超大規模集成電路制造裝備及成套技術”重大項目按照地方專項資金預算管理的相關程序執行。項目(課題)承擔單位應嚴格按照批準的預算，通過專賬對重大專項資金進行管理和核算。
項目(課題)預算壹般不予調整，確需調整的，應當履行相關程序。項目(課題)執行過程中，目標和技術路線的調整、承擔單位的變更等重大事項。發生，導致項目(課題)總預算、年度預算、間接費和直接費中設備費、基建費預算調整的，由牽頭組織單位按規定程序報財政部批準。重大專項資金實行決算報告制度。重大專項資金決算包括中央財政資金、地方財政資金和單位自籌資金安排的重大專項的各類資金。
項目(課題)承擔單位應按規定編制年度財務報表。項目(課題)資金自下達之日起至年底不足三個月的項目，當年可以不編報年度決算，資金使用情況在下壹年度的年度決算報告中編報反映。項目(課題)決算由承擔單位財務部門編制。項目(課題)結題報告按程序審核匯總後，於次年4月20日前報送牽頭組織單位。
重大專項項目(課題)驗收後壹個月內，項目(課題)承擔單位應編制項目(課題)決算，逐級(層)向牽頭組織單位報告項目(課題)資金使用情況，牽頭組織單位審核匯總後上報財政部。後補助是指相關單位圍繞重大專項的目標任務，投資組織研發、成果轉化和產業化活動，在項目(課題)完成並取得相應成果後，按規定程序進行評審、評估或驗收，給予相應補助的財政支持方式。
後補助包括項目前補助和項目後補助兩種方式。項目(課題)立項和事後補助後，項目按規定程序完成後，由牽頭組織單位組織評估項目(課題)成果價值，結合項目(課題)實際支出情況提出預算安排建議，按規定程序報財政部審批。
對於R&D目標任務相同，分別由多個單位實施的項目(課題)，牽頭組織單位壹般會根據驗收情況提出後補助項目(課題)的具體建議，原則上只對其中壹個符合相關要求的項目(課題)給予後補助。同時，牽頭組織單位綜合績效值和實際支出等因素，提出預算安排建議，按規定程序報財政部審批。重大專項項目(課題)完成後，牽頭組織單位應當按照相關規章制度組織項目(課題)的財務驗收。通過財務驗收是項目(課題)驗收的前提條件之壹。有下列行為之壹的，不得通過財務驗收:
(壹)編制虛假預算，套取國家財政資金的；
(二)專項資金未單獨核算的；
(三)截留、擠占和挪用專項資金的；
(四)違反規定轉撥和轉移專項資金的；
(五)提供虛假的財務會計信息；
(六)未按規定執行和調整預算的；
(七)虛假承諾，自籌資金不到位的；
(八)其他違反國家財經紀律的行為。行政事業單位使用重大專項資金形成的固定資產屬於國有資產，壹般由項目(課題)承擔單位使用和管理，國家有權調配。企業使用重大專項資金形成的固定資產，應當按照《企業財務通則》和其他有關規章制度執行。重大專項資金形成的知識產權等無形資產的管理，按照國家有關規定執行。
重大專項資金形成的大型科學儀器設備、科學數據和自然科技資源，在維護相關參與單位合法權益的基礎上，按照國家有關規定享有，減少重復浪費，提高資源利用效率。