(1)辦公室。
綜合協調局的日常工作；建立健全機關的各項規章制度；協調落實年度工作目標責任制；承擔文電、重要會議、政務信息、保密、檔案、信訪、提案、宣傳、安保、行政後勤等日常工作。
(2)組織人事部門。
承擔局機關和直屬單位的機構編制、組織人事、隊伍建設等工作；按照權限管理直屬單位領導班子和局級幹部；承擔交通行業專業技術人員的管理工作；承擔局機關退休人員的管理和服務工作，指導直屬單位退休人員的管理和服務工作。
(3)政策法規司。
承擔有關交通運輸管理的地方性法規、規章和政策的起草工作；指導和監督全市交通行業行政執法工作；指導推進依法行政和宣傳教育；承辦相關行政復議、行政訴訟、行政處罰聽證等工作；指導全市交通行業的體制改革；承擔交通行業發展重大問題的研究工作；承擔本部門行政規範性文件的審查工作；指導和監督行業行政審批，承辦相關法律事務。
(4)策劃部。
組織制定交通行業發展戰略和規劃；承擔涉及全市綜合交通運輸體系的規劃協調工作，會同有關部門編制各種運輸方式有效銜接的綜合交通運輸體系規劃；會同有關部門編制綜合交通樞紐規劃；制定並組織實施全市公路、水路、港口交通行業發展規劃和專項規劃；會同有關部門，制定城市公共交通行業發展規劃和專項規劃，並按照分工組織實施；參與城市地鐵和軌道交通行業發展規劃；參與制定物流發展戰略和規劃；制定公路水運建設年度投資計劃並監督實施；承擔公路水運建設項目建議書(可行性研究報告)的審批和核準；承擔綜合統計、預測和信息引導。
(5)財務審計局。
承擔交通專項資金、交通規費和部門預決算的監督管理；指導交通建設投融資平臺和投資機制建設；組織編制全市交通資金年度預算；承擔本局的財務管理工作；指導全市交通行業的財務和審計工作；承擔局直屬事業單位國有資產管理和財務預決算的審計和財務檢查；承擔局機關及直屬事業單位的內部審計工作。
(6)綜合運輸管理處。
承擔運輸市場的監督管理工作；協調市內各種交通方式的銜接；承擔道路水路運輸(包括城市公共客運、出租汽車、城際客運、旅遊客運、城際短途中巴等)的行業管理。)和城市地鐵、軌道交通運營，並承擔相關經營權的有償使用和特許經營；組織協調重點物資、緊急客貨運輸、重大節日運輸、搶險救災、軍事運輸；參與口岸開放和聯合運輸的協調工作；承擔車輛租賃、搬運裝卸、機動車維修檢測、汽車配件經銷、船舶檢驗、駕駛培訓學校和駕駛員(船員)培訓、運輸服務等行業的管理；維護全市交通運輸市場的平等競爭秩序；承擔全市路橋收費的行業管理；指導市級交通協會的工作。
(7)施工管理處。
組織協調公路水運工程項目建設，承擔限額項目初步設計審查批準和限額項目審批；組織並參與公路水運工程項目的竣工驗收；承擔交通項目的招標、監理、質量技術監督、費用定額、環境保護和經營單位資質；參與城市公共交通設施建設，負責公共交通設施監管；會同有關部門管理交通基礎設施建設市場，維護公路水運建設行業平等競爭秩序。
(8)科技教育司。
組織制定交通行業科技和信息化發展規劃和年度計劃；組織制定交通行業標準和規範；組織實施重大交通科技項目，鑒定和推廣應用科技成果；負責交通科技信息和計量管理工作；指導智能化和信息化交通建設；指導交通行業環境保護和節能減排工作；承辦交通行業對外經濟技術合作與交流；指導交通系統技工院校開展工作。
(9)安全監督辦公室。
指導交通行業的安全管理工作；承擔全市綜合交通運輸應急保障的組織工作，指導應急體系建設，制定應急保障預案並監督實施；組織交通安全生產檢查，依法組織或者參與重特大交通事故的調查處理；協助和配合有關部門管理車站、港口(碼頭)的治安工作；負責和指導局機關和直屬單位的安全工作；引導行業保持穩定。
機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作。