1.公眾輿論仍然對集體經濟有偏見。近年來，我國學術界有壹種否定集體經濟的氛圍。有的學者誇大了劉莊、南街、華西等典型集體經濟村的特殊性，忽視了這種特殊性背後的歷史必然性和普遍性；有學者否定中國農業合作化進程的合理性，認為中國沒有集體化，只有“集體化”，直接為土地私有化鋪路。在他們看來，農村集體經濟不僅低效落後，而且不人道，是腐敗和村霸的“溫床”。這些認識的根源在於:第壹，由於各地生產力發展不平衡，我國農村改革發展過程中確實存在不少問題，特別是壹些集體經濟的“空殼村”，問題更為嚴重。在反思這些問題時，有些人首先有意無意地把集體經濟當成罪魁禍首，根本不去思考集體經濟弱化所帶來的更嚴重的問題。二是絕對片面地看待公有制經濟和非公有制經濟的關系，統分結合的雙層經營體制中分散的家庭經營和統壹的集體經營的關系，以及壹部分人先富起來和* * *同富的關系，沒有看到兩者之間的對立統壹。所以，他們看不到或者無視集體經濟的先進模式。他們壹提到集體經濟，馬上就把它等同於產權不清、效率低下、管理不善。他們看不到改革開放為農村集體經濟逐步發展所準備的物質基礎，也忽視了廣大農民對集體經濟發展的根本願望，不顧現實壹味強調私有化的改革方向。在他們看來，誰強調發展集體經濟，誰就是極左，不解放。
2.壹些地方對農村集體經濟發展還缺乏相應的政策支持。在集體經濟保守落後的不利輿論影響下，壹些地方缺乏發展集體經濟的寬松政策環境，造成集體經濟貸款難、稅負重等問題。壹些改革政策措施難以落實，黨的方針政策流於形式。
3.農村基層黨組織建設有待加強。農村集體經濟的發展壯大，離不開技術過硬、作風優良的領導和強有力的農村基層黨組織。早在1987年，中共中央就下發了《關於深化農村改革的通知》，要求農村黨支部、村民委員會、合作組織的幹部都是有事業心、有開拓精神、辦事公道、能帶領群眾致富的人。在集體經濟實力薄弱的農村，黨員年齡偏高，文化程度偏低，黨員幹部隊伍不穩定，黨組織的凝聚力、號召力和戰鬥力不強。農村基層黨組織特別是村級黨組織建設已成為制約大多數農村集體經濟組織發展的“瓶頸”。因此，加強黨的農村基層組織建設，加強黨對農村工作的領導，已成為迫切要求。
4.集體主義觀念弱化了。集體主義是社會主義核心價值體系的重要組成部分，是集體經濟的靈魂。由於千百年來小農經濟的深刻影響，以及小農長期艱苦的思想改造，在社會主義初級階段的條件下，農民仍然不可避免地保存著舊社會的壹些思想和習慣。壹些地方“分而不統”、“重分輕統”的做法，削弱了廣大農民多年來形成的集體主義精神。
5.人才短缺問題沒有得到根本改善。人才的引進和培養已經成為農村集體經濟組織面臨的壹大難題。絕大多數農村集體經濟組織既缺乏懂現代經濟管理的人才，也缺乏農村經濟發展急需的科技人才。壹些村級集體經濟組織存在決策不科學、創業觀念淡薄、揮霍集體積累、無視集體財產流失、無視市場經濟規律、產品科技附加值低、競爭力弱等現象。面對這些問題，農村集體經濟組織成員表現出更多的無奈。