醫療器械公司開具了多張金額為200萬元的發票。

兩個。根據全國發票稅務的相關資料可知，該醫療器械公司有兩張發票，發票金額為200萬，因為壹張網上發票是654.38+0萬。發票是指壹切單位和個人在購銷商品、提供或者接受服務以及從事其他經營活動中開具和收取的業務憑證。