本條例所稱水工程，包括河道、灌溉渠道、排水渠道、泄洪渠道、堤防、水庫、蓄滯洪區、塘壩、水井、水窖、排灌站、湖泊、供水和其他水工程以及通信、供電、防護林帶、交通、水文監測和管理用房等附屬設施。第三條縣級以上人民政府水行政主管部門按照規定權限負責本行政區域內水工程的統壹管理和監督。第四條各級人民政府應當將水工程建設納入國民經濟和社會發展計劃。
鼓勵多渠道投資建設水工程，實行國家所有制、集體所有制、個人所有制、股份制和股份合作制等多種所有制形式。第五條水工程受法律保護，任何單位和個人都有保護的義務，並有權制止、檢舉和控告侵占和損壞水工程的行為。第六條在水工程管理和保護工作中做出顯著成績的單位或者個人，由縣級以上人民政府或者水行政主管部門給予表彰和獎勵。第二章水工程建設第七條新建、改建、擴建水工程，應當符合流域或者區域規劃、基本建設程序和工程建設的有關規定。建設跨行政區域或者跨行業的水工程，建設單位應當事先征求有關地區和部門的意見，並報上級人民政府或者有關主管部門批準。第八條水工程的附屬設施應當與主體工程同時設計、同時施工、同時投入使用。
水工程建設單位應當做好水工程範圍內的水土保持和綠化工作。第九條水工程建設項目應當按照國家有關規定，實行項目法人責任制、招標投標制和監理制。
從事水工程勘察、設計、施工、檢測和監理的單位必須具備相應的資質。第十條水工程竣工後，應當按照有關規定進行驗收，經驗收合格後，方可投入使用。工程管理單位或者個人應當持相關資料到水行政主管部門登記。第三章水工程的管理和保護第十壹條各級人民政府或者水行政主管部門應當確定本轄區內水工程管理的責任主體。
取得水工程所有權或經營權的單位和個人是水工程管理的責任主體。第十二條自治區水行政主管部門所屬的灌溉渠道、排水渠道、水文、水資源等國有水工程管理機構，負責對其管轄範圍內的水工程管理範圍和保護範圍進行水行政監督檢查，維護用水秩序。第十三條上級水行政主管部門管理的河道、排水溝、溢洪道，根據規劃管理需要，可以委托下級水行政主管部門管理。第十四條國家和自治區投資建設的大中型水工程經營權變更，應當報自治區人民政府批準。
水工程上已建和新建的交通設施由產權單位管理。第十五條中小型水工程可以依法轉讓、拍賣、租賃和承包。以轉讓、出租、拍賣、承包等形式依法取得水工程所有權和經營權的單位或個人，有義務保證水工程的安全和正常運行。未經水行政主管部門批準，不得改變水工程的原設計和功能。
中小型水利工程的轉讓、拍賣、租賃和承包必須堅持公開、公正、公平、合理的原則。第十六條工程建設占用農業灌溉水源、灌排工程設施或者對原有灌溉水源、供水水源造成不利影響的，建設單位應當采取相應的補救措施；造成損失的，依法給予賠償。第十七條禁止在飲用水水源保護區設置排汙口。
在河流、灌溉渠道、排水渠道新建、改建、擴建排汙口，應當經水行政主管部門批準，環境保護行政主管部門負責審批該項目的環境影響報告書。第十八條在河道、灌溉渠道、排水渠道管理範圍內修建橋梁、碼頭或者其他建築物、構築物，鋪設管道、電纜，應當符合國家規定的防洪標準和有關技術要求，工程建設方案應當報有關水行政主管部門審批。
因建設前款工程設施而擴建、改建、拆除或者損壞原有水工程設施的，建設單位應當承擔擴建、改建、拆除費用和賠償損失。但是，原有工程設施屬於違法工程的除外。第十九條在公共供水管道及其附屬設施的地面和地下安全保護範圍內，不得從事挖坑取土或者修建建築物、構築物等危及供水設施安全的活動。第二十條水工程管理機構和個人必須服從縣級以上人民政府防汛抗旱指揮機構的防汛抗旱調度。
水力發電供水灌溉與防洪發生矛盾時，應當服從防洪調度。