1，蛇口港區，位於深圳灣北部南頭半島五灣與左炮臺山之間，由招商局蛇口工業區開發建設，是深圳最早的港區。
2.鹽田港區位於深圳東部大鵬灣北岸，西起沙頭角保稅區，東至鄭角嘴。港區功能包括貨物裝卸和運輸，港口配套交通設施的建設和經營，港口配套倉儲和工業設施的建設和經營，港口配套生活服務設施的建設和經營，
3.赤灣港區，位於南投半島末端的赤灣左右炮臺之間，逐漸形成目前依托天然良港的環港池格局。
4.媽灣港區位於南投半島西側，南接赤灣港區，北至大鏟灣南側。
5.內河港區，包括深圳河上步碼頭、新洲河碼頭和寶安區西鄉、松崗、沙井碼頭，用於裝卸深圳的砂、磚、水泥等建材。
深圳市交通局-深圳港港口分布