根據《中華人民共和國自然保護區條例》第十八條規定，“自然保護區分為核心區、緩沖區和實驗區”，“原批準設立自然保護區的人民政府認為必要時，可以在自然保護區外圍劃定壹定面積的外圍保護地帶。”等規定作為保護區功能區劃分的主要依據。同時，根據自然地理特征、生態環境條件、生物物種的區域分異、植被類型組合和利用現狀，劃分功能區。
功能區劃分:
(1)核心區是保存最完好的原生生態系統和大熊貓等珍稀瀕危動植物的集中分布區，生境條件良好，無人類幹擾和影響，其範圍包括保護區內大部分原始林區。
核心區面積20110公頃，占保護區總面積的66.7%。
核心區是保護區最重要的區域，主要任務是保持其生態系統不受人類幹擾，在自然狀態下更新繁殖，保持其物種多樣性，成為區域內的遺傳基因庫。
任何單位和個人不得進入核心區。科學研究確需進入核心區的，應當事先向保護區管理處提出申請，經省級以上主管部門批準後，方可在核心區從事相關科學研究工作。
(2)緩沖區位於核心區外圍，起到保護和緩沖核心區的作用，擴大和延伸了保護物種生活和活動的區域。緩沖帶由保護區內的壹些初級生態系統和次級生態系統組成。在緩沖區內可以進行壹些實驗性或生產性的科學研究，但必須事先向保護區管理處提出申請，經主管部門批準。緩沖區內禁止狩獵、商業伐木和旅遊活動。
緩沖區面積為565，438+080公頃，包括保護區內的大部分伐木區，占保護區總面積的65，438+07.2%。
(3)實驗區實驗區位於緩沖區外圍，由壹些初級或次級生態系統和人工生態系統(包括荒山荒地)組成。是人類活動比較頻繁的地區。可以在國家法律法規允許的範圍內進行植物引種、栽培、動物飼養、馴化等科學實驗，發展生態旅遊和多元化經營。
實驗區面積4874公頃，包括高山牧場和生態旅遊活動區，占保護區總面積的16.1%。
(4)外圍保護區周邊森林面積大，珍稀動植物資源豐富。與保護區毗鄰的覺羅霍林場、中山林場為原始林區，面積1.21.79公頃，其中9526公頃，森林覆蓋率80.5%，活立木蓄積量1.5萬立方米。這個地區已經被列入天然林保護工程。
保護區周邊的永紅、高卓營、白家灣、演峰、沙強、梅子壩等鄉鎮也有大面積的天然林和天然次生林，森林面積7348公頃，活立木蓄積量約57萬立方米。
由於保護區周圍森林茂密，環境特殊，成為大熊貓等珍稀動植物的棲息地，與保護區同等重要。為加強對該區域大熊貓及其棲息地的保護，形成完整的保護區，擬將該區域劃分為外圍保護區，北至馬邊河，東至高卓營河，面積* * * 2.97萬公頃，其中國有林場1.21.79公頃。