冷藏集裝箱可以分為兩種類型:外部和內部。溫度可以在-28℃到+26℃之間調節。內置集裝箱在運輸過程中可以隨意啟動冰櫃，使集裝箱保持在規定的溫度；外部型必須依靠特殊的集裝箱車輛、船只、特殊的儲存場和站上配備的冰箱進行制冷。這種箱子適合在夏天運輸黃油、巧克力、凍魚、煉乳、人造黃油等物品。
開頂集裝箱這種集裝箱沒有頂部，可以用吊車從頂部裝卸，裝運時頂部用防水布覆蓋，其水密性要求與幹貨集裝箱相同。適用於裝載大體積物體，如玻璃板。
平架式集裝箱沒有頂部和兩個側面，特點是從集裝箱的側面裝卸。以超重貨物為主要載體，裝載牲畜也很方便，鋼材等裸裝可以免除外包裝。
筆筒側面采用金屬網，通風良好，方便餵食。它是壹種特殊的容器，專門用於運輸牛、馬和其他活的動物。
罐式集裝箱也叫液體集裝箱。它是壹種特殊的容器，用於運輸液體貨物，如食品、藥品和化學品。其結構是液體罐固定在金屬框架內。
平板式集裝箱外形類似鐵路平板車，適合裝載超重超長貨物，長6米多，寬4米多，高約4.5米，重40公噸。而且兩個平臺集裝箱可以連起來裝80公噸的貨物，用這個箱子裝運汽車非常方便。
通風容器壁上有通風孔，內壁有塑料塗層，適合裝載怕熱怕悶的貨物，如新鮮蔬菜水果等。
保溫容器在箱體內有隔熱層，箱體頂部有角度可調的進風口和出風口，可以利用外界空氣和風向調節箱體內的溫度，關閉後壹定時間內不受外界溫度影響。適用於運輸對溫度和濕度敏感的貨物。
壹般壹個散裝集裝箱頂部有2~3個小艙口，用於裝貨。底部有壹個升降架，可以上升到40°的傾斜角度進行卸載。這種箱子適用於散裝貨物，如糧食和水泥。如果要進行植物檢疫，也可以在箱內蒸洗。
自由浮動散裝物料集裝箱與散裝容器基本相同，但使用噴嘴和吸管進行裝卸。
服裝衣架集裝箱適用於裝運服裝貨物。隨著國際貿易的發展，商品結構在不斷變化，未來會出現不同類型的專用或多用途集裝箱。