首先，明確商鋪的所有權。
在沒有房產證的情況下，雙方需要通過相關證據證明店鋪的所有權。這些證據可能包括采購合同、付款憑證、歷史使用記錄等。如果產權歸屬有爭議，可以尋求法律途徑解決，比如向法院提起訴訟。
第二，查看租賃合同
租賃合同是保護雙方權益的重要依據。壹旦發生糾紛，雙方首先要查看租賃合同中的條款，看是否對產權歸屬、租金支付方式、違約責任等有約定。合同有明確規定的，雙方應當按照合同執行。
三。協商解決
明確產權歸屬，核對租賃合同後，雙方應盡量協商解決爭議。可以邀請第三方中介參與調解，也可以和他們商量壹個合理的解決方案。談判的好處是成本低，有助於維持雙方的關系。
第四，法律解決方案
如果協商不成，雙方可以選擇通過法律途徑解決爭議。可以向法院提起訴訟，確認產權歸屬，判決租金支付方式。在這個過程中，雙方都需要提供足夠的證據來支持自己的主張。
總而言之:
解決無房產證商鋪租賃糾紛，要明確商鋪產權歸屬，查看租賃合同，盡量協商解決，必要時通過法律途徑解決。在處理過程中，雙方應保持冷靜，理性對待糾紛，尋求合法合理的解決方案。
法律依據:
中華人民共和國合同法
第212條規定:
租賃合同是出租人將租賃物交付承租人使用和收益，承租人支付租金的合同。
中華人民共和國物權法
第17條規定:
房地產權屬證書是權利人享有房地產物權的證明。房地產權屬證書記載的事項應當與房地產登記簿壹致；記載不壹致的，除非有證據證明不動產登記簿確有錯誤，否則以不動產登記簿為準。
中華人民共和國民事訴訟法
第119條規定:
起訴必須符合以下條件:
(壹)原告是與本案有直接利害關系的公民、法人和其他組織；
(二)有明確的被告；
(三)有具體的請求、事實和理由；
(四)屬於人民法院受理的民事訴訟範圍，由被訴人民法院管轄。