申請種子生產許可證，應當向審核機關提交下列材料:
(1)種子生產許可證申請表；
(2)驗資報告復印件、申請日1年內的年度會計報表、中介機構的審計報告等註冊資本證明材料；種子檢驗等設備清單及采購發票復印件；產地所在省(自治區、直轄市)的種子檢驗室、倉庫的產權證明復印件；生產地所在省(自治區、直轄市)打谷場產權證明(或租賃協議)復印件，或種子烘幹設施設備產權證明復印件；計量檢定機構出具的涉及計量的檢驗設備檢定證書復印件；相關設施設備說明及實景照片；
(3)種子生產、貯藏和檢驗技術人員的資格證書和勞動合同復印件；
(四)種子生產場地檢疫證明；
(五)品種審定證書復印件；
(六)生產具有植物新品種權的種子，提交品種權人的書面同意證明；
(7)種子生產安全隔離和生產條件的說明；
(八)農業部規定的其他材料。
種子生產許可證申請人已取得相應農作物的種子經營許可證的，不需要提交上述第二款規定的材料、種子保管和檢驗技術人員資格證書和勞動合同復印件，但應當提交種子經營許可證復印件。
審計機關應當自受理申請之日起20個工作日內完成審計工作。審核時，應當實地檢查生產現場、脫粒場地或烘幹設施、倉儲設施、檢驗設施和設備，並查驗相關證明材料原件(具有相應農作物種子經營許可證的，只查驗生產現場)。符合本辦法規定的，簽署審核意見，報發證機關；審核未通過的，應當書面通知申請人並說明理由。
發證機關應當自收到審核意見和申請材料之日起20個工作日內完成發行工作。發證機關認為必要時，可以進行實地調查。符合條件的，頒發種子生產許可證並予以公告；不符合條件的，書面通知申請人並說明理由。