本條例所稱巢湖流域，包括合肥市巢湖市、肥西縣、肥東縣、舒城縣和廬陽區、瑤海區、蜀山區、包河區的全部行政區域，以及蕪湖市長豐縣、廬江縣、含山縣、和縣、無為縣、嶽西縣、九江區、六安市晉安區行政區域內對巢湖水質有影響的河流、湖泊和縣城。第三條巢湖流域水環境實行三級保護。巢湖，巢湖岸線向內陸延伸1000米範圍，沿岸兩側各10000米、200米範圍的內陸地區為壹級保護區；巢湖岸線向內陸延伸1000米至3000米，萬米沿岸河流兩岸200米至1000米的內陸地區為二級保護區。其他地區為三級保護區。
巢湖流域壹、二、三級水環境保護區的具體範圍由省人民政府確定並公布。第四條巢湖流域水汙染防治堅持預防為主、防治結合、統壹規劃、綜合治理的原則，實行嚴格的環境保護標準，采取嚴格的修復措施，建立嚴格的監測體系，有效防止工業汙染、生活汙染和農業面源汙染，加強生態管理，減輕巢湖富營養化，促進巢湖水質的根本改善。第五條縣級以上人民政府應當將巢湖流域水汙染防治納入國民經濟和社會發展計劃，設立水汙染防治專項資金。
縣級以上人民政府應當采取有利於水汙染防治的經濟、技術措施，鼓勵和支持水汙染防治的科學技術研究和產業發展，鼓勵和引導社會力量參與巢湖水汙染防治。
縣級以上人民政府應當建立公共服務平臺，公開巢湖流域水環境質量、水汙染物排放、水汙染突發事件、目標責任、考核評價等水汙染防治公共信息。
各級人民政府應當開展環境保護科普教育，宣傳巢湖水汙染防治知識，提高公眾的環境保護意識。第六條省人民政府應當建立巢湖流域水汙染防治議事協調機制，協調解決巢湖流域水汙染防治中的重大問題。
合肥市人民政府對巢湖流域水環境質量全面負責；根據巢湖流域水汙染防治規劃，制定並組織實施巢湖流域水汙染防治行動計劃，指導、協調、督促轄區內縣級人民政府履行水汙染防治職責。
六安、安慶、蕪湖、馬鞍山市人民政府和有關縣級人民政府對本行政區域內巢湖流域水環境質量負責；確保巢湖流域界外河道斷面水質符合水環境質量要求，落實上下遊跨市縣行政邊界水質交接責任制。
鄉鎮人民政府應當協助上級人民政府和有關部門加強截汙、清淤、保潔、生態修復等綜合整治。，實施農業和農村汙染控制措施，如建立垃圾和汙水收集和處理系統。第七條省人民政府環境保護行政主管部門負責巢湖流域水汙染防治的統壹監督管理。縣級以上人民政府環境保護行政主管部門對本行政區域內的水汙染防治實施統壹監督管理。
巢湖省政管理局負責壹級水環境保護區水汙染防治的監督管理，履行省人民政府確定和合肥市人民政府委托的其他職責。
海事管理機構應當對船舶水汙染防治實施監督管理。
縣級以上人民政府發展改革、經濟和信息化、水行政、財政、國土資源、交通運輸、住房城鄉建設、農業、漁業、林業、衛生、工商、旅遊等有關部門，在各自的職責範圍內，對巢湖流域水汙染防治實施監督管理。第八條任何單位和個人都有保護巢湖流域水環境的義務，並有權舉報汙染損害水環境的行為。第二章監督管理第九條巢湖流域國家制定的水汙染防治規劃，由縣級以上人民政府組織實施。巢湖管理局應當根據巢湖流域水汙染防治規劃和行動計劃，組織實施壹級水環境保護區的水汙染防治措施。
經濟社會發展規劃的制定和各項開發建設活動，應當符合國家和地方巢湖流域水汙染防治規劃。第十條省人民政府應當根據巢湖流域水汙染防治的需要，結合巢湖流域水環境承載能力，制定嚴於國家標準的地方水汙染物排放標準。第十壹條省人民政府環境保護行政主管部門應當會同有關部門和省巢湖管理局，根據全省重點汙染物排放總量和國家批準的水功能區汙染總量控制的要求，擬定流域重點水汙染物排放總量控制指標， 以及流域水環境質量和水汙染防治工作的需要，經省人民政府批準後，逐級分解落實到巢湖流域各市縣人民政府。
省人民政府環境保護行政主管部門應當定期公布巢湖流域各市縣重點水汙染物排放總量控制指標完成情況。
超過重點水汙染物排放總量控制指標的地區，有關人民政府環境保護行政主管部門應當暫停審批新增重點水汙染物排放總量的建設項目的環境影響評價文件。