因為妳和乙方的合同中明確規定了不允許轉租，他轉租是違約行為，要按照妳的合同承擔違約責任。所以妳要做的就是提供證據證明其轉租。估計妳要收回房產，丙方會給妳提供轉租合同或協議，這就是最好的證據。
2.目前甲方最好的辦法是直接訴諸法律，起訴乙方，或者第壹年期滿後直接阻止丁方使用該房屋。
我建議妳直接訴諸法律，因為乙方在妳不知情的情況下轉租房屋，構成違約，不管丙方還是丁方的利益，因為他們獲取利益是違法的。如果他們不知道，那麽乙方應該賠償他們，這是他們之間的民事法律關系，是乙方的責任造成的，與妳無關。妳可以直接起訴乙方。
3.目前甲方已經對與丁方的對話進行了錄音，期間丁方對房屋轉租給丙方的情況進行了說明，這份錄音在法庭上是否為有效證據？
錄音證據在司法上壹般屬於間接證據，沒有直接證據也可以被法院支持。但如果妳有乙方與丙方的轉租協議或合同，將是最有利的證據。
4.甲方收取乙方第壹年租金時，由於其他原因，乙方經協商向甲方預付相當於本協議違約金60%左右的第二年租金。現甲方欲解除合同，並沒收乙方預付的第二年租金，若乙方不追究，甲方將不再追究剩余40%的違約金。如乙方有異議，甲方將追索剩余的40%違約金。請問這是否可行，在法庭上有沒有勝算的把握？
我覺得可行。開庭前法院會進行調解。如果乙方和妳達成協議，那就用調解，不用打官司。當然，妳也可以選擇私下和解，這樣甚至不用打官司。
5.現在丁方要和乙方串通，說是共有，會不會在法庭上取決於乙方轉租的事實？
我覺得這個和丁方關系不大，因為乙方是在合同中明知不允許轉租的情況下將房屋轉租給丙方的。如果丙方在明知房屋不允許轉租的情況下與乙方簽訂協議，那麽丙方與乙方之間的合同自始無效。如果丙方不知道這個條款，那麽它屬於乙方，侵犯了丙方的利益，這是他們之間的民事法律關系，與妳無關。
綜上所述，我個人認為妳應該先取得乙丙雙方簽訂的合同，這是最重要的證據(沒有這份合同，妳會很被動，因為妳無法證明乙方轉租)，然後再和乙方協商，如果他同意，雙方按照合同條款賠償妳。如果他不同意，那麽妳可以把妳和乙方的合同，和乙方和丙方的合同告上法庭，妳也不用管丙方和丁方的利益。
如果丁認為自己的利益是合法的，受到了侵害，可以追究丙方的民事責任，如果丙方明知房屋不可轉租，那麽丙方已經故意占有，應當承擔民事責任。如果丙方不知情，丙方可以追究乙方的民事責任..但這不關妳的事。
比如甲的自行車被偷了，乙偷了賣給丙，丙賣給丁。甲發現丁騎著他的自行車，甲可以不用賠償丁的損失就把自行車找回來。丁方可以要求丙方負責。丙方明知車臟，就犯銷贓罪，連帶賠償丁方的民事責任。如果丙方不知情，那麽丙方可以向乙方追溯自己的損失，並賠償丁方的損失。但這和a無關。
要寫清楚，請樓主參考。