2.辦公室:負責會議組織、留言管理、信訪信息、秘書事務等機關日常政務，車輛管理、房產管理、聯系接待、保密安全等行政事務；負責機關的綜合協調、監督和督辦。
3.政治部:負責局機關及局直屬單位黨建和文明創建工作；負責局機關各部門責任目標的考核和監督；指導全省道路運輸行業文明建設。
4.財務部:負責事業單位的財務和資產管理；組織審核省級道路運輸管理部門年度預算、決算的編制；組織和指導全省道路運輸費的征收管理工作。
5.貨運部門:根據國家和省有關規定，制定全省道路運輸業價格標準，報有關部門批準發布；指導全省道路運輸價格管理，會同有關部門查處價格違法行為。
6.審計部門:對全省各級交通運輸管理機構的規費征繳情況進行審計監督；對局直屬單位的財務收支進行審計。
7.建設管理處:組織編制和實施道路運輸基礎設施建設規劃，管理道路運輸基礎設施的布局、功能、規格和投資，指導道路運輸基礎設施項目的項目管理和竣工驗收。實施道路運輸行業統計、匯總和分析。組織道路運輸車輛抽樣調查、數據整理、匯總和上報。
8.客運辦:負責全省道路客運宏觀調控，制定道路客運行業管理標準文件，並組織實施；指導全省道路客運管理工作；負責省級道路客運行政許可和年檢。
9.貨運辦公室:負責制定道路貨物運輸管理規範，提出行業發展規劃建議，並組織實施。負責指導和監督基層運管機構的相關行政許可行為。
10、汽車維修辦公室:制定全省汽車維修行業發展規劃，並組織實施、監督檢查；負責檢測站的營業執照；負責全省汽車維修質量監管體系和檢測站的規劃、建設和計量認證；負責全省機動車維修檢測從業人員的日常管理、教育和培訓，發放從業資格證；負責營運車輛技術等級評定和二級維護的管理；負責維修質量管理，調整重大維修質量糾紛。
11.培訓辦:制定全省道路運輸從業人員發展規劃，組織實施，按照國家規定頒發道路運輸從業人員資格證書；對全省道路運輸從業人員培訓機構的經營行為和培訓質量進行監督檢查。
12、出租汽車辦公室:負責制定全省客運出租汽車發展規劃，運用經濟和行政手段調控市場發展；指導全省出租汽車、經營性停車場、汽車配送和汽車租賃行業的管理工作；負責全省出租汽車牌照的發放。
13、監察室:協助局黨委做好黨風廉政建設和反腐敗工作；協調配合政府研究室等有關部門做好全省道路運輸行業整頓建設工作，受理對檢查監察對象的投訴和申訴，查處違反黨紀政紀的重大案件，對上級路線方針政策的執行情況進行執法監察。
14、政研室:負責貫徹國家有關道路運輸的法律和政策，研究起草本省道路運輸的法律法規和發展戰略，指導本省道路運輸法制工作；負責道路運輸行政執法監督，定期組織道路運輸普法活動；負責道路運輸行業宣傳，接受經營者政策法規咨詢。負責編輯黑龍江道路運輸信息。
15、微機辦公室:制定全省道路運輸行業信息化發展規劃，並組織實施；負責對全省道路運輸行業信息工作者提供技術指導、咨詢和組織培訓；負責全省道路運輸行業的通信安全和計算機安全；組織先進的交通運輸管理信息、網絡和通信技術成果的推廣應用，組織經驗和技術交流。
16、科教處:擬定全省道路運輸行業科技教育發展的政策和規劃，並負責組織實施；負責省道路運輸行業重點科技項目的申報、組織實施和新技術、新工藝、新產品及科技成果的推廣應用；協調組織全省道路運輸行業幹部職工的資格崗位培訓、適應性崗位培訓和學歷教育。
17、勞動處:負責局機關、直屬單位和全省運管戰線的編制管理工作；負責人事管理、勞動工資和幹部管理；負責局機關及直屬單位幹部人事和專業技術檔案的管理。
18，安辦:指導全省道路運輸行業安全生產工作。
19、離退休幹部處:貫徹國家和省有關離退休幹部的方針政策，轉發傳達相關文件精神，切實落實離退休幹部的政治生活待遇；根據離退休幹部的特點，組織好學習，了解和掌握老幹部的思想、學習和健康狀況；做好離休幹部的醫保、福利、用車等服務安排。
20、站場管理處:負責制定全省道路客運站場管理標準文件，並組織實施和指導；監督全省客運站的管理；負責全省壹、二類汽車站的等級驗收和復核及星級站務員的評定。