進入工廠的糞便通過糞便提取器排入接收池。經過篩選後，汙水進入二級生化系統進行處理，糞便中的垃圾等大物質被分離出來，送往填埋場進行處理。剩余汙泥經濃縮、厭氧消化後可堆肥，上清液汙水進入汙水處理系統處理排放。汙泥厭氧處理產生的沼氣可以循環利用。
這種處理方法可以對糞便進行徹底無害化處理，處理後各項指標均可達到國家排放標準。但其建設投資和運行費用較大，管理復雜。沒有城市生活汙水處理廠的配合，這是糞便汙水無害化處理的基本選擇。