首先，自貿區實行促進投資的稅收政策。在試驗區註冊的企業或個人股東，以非貨幣資產對外投資等資產重組產生的資產評估增值部分，可在不超過5年的期限內分期繳納所得稅。對試驗區內企業以股份或出資比例等形式獎勵高端人才和緊缺人才，落實已在中關村等地區試點的股權激勵個人所得稅分期繳納政策。(根據《加快中關村人才特區建設行動計劃(2011–2015)》(京發[2011]8號)，股權獎勵的個人所得稅政策為:“對科技創新創業企業轉化科技成果的，以股份或出資比例的形式給予本企業。)
其次，自貿區實行稅收政策促進貿易。將試驗區內註冊的融資租賃企業或試驗區內融資租賃公司設立的項目子公司納入融資租賃出口退稅試點範圍。對在試驗區註冊的國內租賃公司或租賃公司設立的項目子公司，經國家有關部門批準，從境外購買空重25噸以上的飛機，租賃給國內航空公司使用，享受相關進口增值稅優惠政策。對實驗區內企業生產加工並通過“二線”銷往內地的貨物征收進口增值稅和消費稅。根據企業申請，試行國內貨物按相應進口料件或按實際檢驗狀態征收關稅的政策。在現行政策框架下，除生活服務業等企業進口的貨物和法律、行政法規及有關規定明確不予免稅的貨物外，對試驗區內生產性企業和生產性服務業企業進口的機器設備等貨物予以免稅。完善啟運港退稅試點政策，適時研究擴大啟運地、承運企業和運輸工具試點範圍。