(1)辦公室
負責文電、會議、機要、檔案等機關的日常運作；承辦信息、安全、保密、信訪、政務公開等工作。
(2)人事教育司
負責本部門機關和部門的組織管理、人事管理、隊伍建設、教育培訓工作；宏觀管理辦公室是壹個機構。
(3)綜合辦公室
組織制定全省內外貿、經濟合作和口岸發展戰略和規劃；監測和分析企業經營情況，研究企業經營和結構調整中的重大問題，提出相關政策建議；承辦相關統計和信息發布工作；承擔綜合材料的起草工作。
(4)政策法規司
起草有關地方性法規草案；研究經濟全球化、區域經濟合作、現代市場體系和現代流通方式的發展趨勢，提出對策和建議；研究對外開放和內外貿流通體制改革，對重大問題提出意見和建議；承擔辦公室相關規範性文件的合法性審核工作；承辦相關的行政復議和行政訴訟；承擔反壟斷相關工作。
(5)財務部
承擔本辦公室所轄業務經費和專項經費的具體使用和管理；編制預決算，下達預算；負責辦公室的資產管理、財務和內部審計。
(六)市場秩序處(生豬屠宰領導小組辦公室)
帶頭協調整頓和規範市場經濟秩序；推進商務領域信用建設，引導商業信用銷售，建立市場誠信服務平臺；參與組織打擊知識產權侵權和商業欺詐行為；負責生豬屠宰管理。
(7)市場體系建設部
組織制定和完善規範市場體系的政策；促進流通標準化；牽頭組織和規範零售企業的促銷行為；指導大宗產品批發市場規劃、城市商業網點規劃和商業體系建設；推進農村市場和農產品流通體系建設；根據有關規定對拍賣、典當、租賃、汽車流通和舊貨流通行業進行監督管理；指導報廢汽車管理和老舊汽車更新工作。
(8)商業服務管理辦公室
承擔批發、零售、餐飲、住宿等商業服務業的行業管理；推進流通體制改革，發展連鎖經營、商業特許經營、物流配送、電子商務等現代流通方式；引導社區商業和商品展覽業的發展；提出促進中小商業企業發展的政策和建議；指導流通領域節能降耗和再生資源回收利用工作；按照有關規定對成品油流通進行監督管理。
(9)市場運行調節辦公室(省繭絲綢協調辦公室)
負責監測和分析市場運行和重要商品的供求情況；調查分析商品價格信息，進行市場預測預警和信息引導；承擔建立和完善生活必需品市場供應應急管理機制的相關工作；承擔重要消費品(肉、糖等)儲備管理和市場調節的相關工作。);承擔酒類流通管理和繭絲綢協調的相關工作。
(十)對外貿易辦公室
執行進出口商品管理辦法和目錄；承擔重要工業品、原材料和重要農產品進出口總量計劃的組織實施；編報進出口商品配額和關稅配額年度計劃並組織實施；執行進出口商品配額招標政策；指導展銷會、交易會等貿易促進活動和出口基地等外貿促進體系建設；負責進出口企業經營資格的備案。
(十壹)出口加工區和加工貿易辦事處
擬定並組織實施我省出口加工區和加工貿易的發展規劃和政策；負責出口加工區的指導、協調、審批工作；審批省權限內的加工貿易業務；審批企業加工貿易項下進口設備項目；引導加工貿易企業開拓國際市場，促進加工貿易轉型升級。
(12)服務貿易辦公室
牽頭制定全省服務貿易發展規劃；擬訂技術性貿易政策和促進服務出口的規劃和政策並組織實施；負責技術進出口管理、服務貿易促進和服務貿易統計。
(十三)機電與科技工業廳(省機電產品進出口辦公室)
擬定全省機電產品、高新技術產品和成套設備進出口的相關政策；承辦機電產品和高新技術產品的貿易推廣；負責執行國家出口管制政策；協調和管理全省進口機電產品招標工作。
(14)進出口公平貿易和產業損害調查辦公室
負責涉及WTO規則的相關工作；組織協調反傾銷、反補貼、保障措施等與進出口公平貿易有關的工作；建立進出口公平貿易預警機制；指導和協調國外對我國出口商品反傾銷、反補貼和保障措施的應訴及相關工作；承擔產業損害調查；建立健全產業損害預警機制，開展產業競爭力調查、產業安全應對和效果評估；指導和協調工業安全反應。
(15)外國投資管理辦公室
制定和實施利用外資的管理規定；研究外商投資情況，報告趨勢和建議；審查外商投資企業的設立及其變更，重大外商投資項目的合同章程及法律規定的重大變更；依法監督檢查外商投資企業執行有關法律、法規、規章和合同章程的情況，協調解決有關問題；指導外商投資企業的審批工作；建立健全外商投資企業投訴、協調和監督制度，受理、協調和監督外商投資企業投訴的重大案件，指導和監督全省外商投資企業投訴工作。
(十六)外商投資促進辦公室(省人民政府開放型經濟辦公室)
參與起草並組織實施利用外資中長期規劃；負責指導對外招商引資工作；制定利用外資的重大招商引資規劃，組織重大招商引資活動；協調和推動重大對外投資項目；指導全省國家級經濟技術開發區的相關工作；會同有關方面制定並組織實施促進服務外包發展的規劃和政策，推進服務外包平臺建設。
(十七)國內投資促進辦公室
制定利用省外資金的政策和發展規劃；負責組織實施利用省外資金的重大招商活動，協調推進利用省外資金的重大項目；研究省外資金利用情況，報告動態和建議；指導省政府駐外機構引進資金和開展經濟合作。
(十八)投訴協調辦公室
建立健全外省來贛投資企業投訴協調和監管制度；受理、協調和督辦外省在贛投資企業的投訴案件；為外省來贛投資企業提供投資政策咨詢和協調服務。
(十九)區域經濟合作辦事處
負責對口支援的規劃和實施；參與區域經濟合作的組織和協調；負責外地駐江西商會、駐江西辦事處、江西省招商會、外地駐我省商會、辦事處的協調和服務工作。
(20)對外經濟合作辦公室(省對外經濟聯絡辦公室)
擬訂並組織實施對外經濟合作計劃和政策；審查對外經濟合作企業的經營資格，指導和推動對外工程承包、境外勞務合作、設計咨詢等對外經濟合作業務；對前往敏感國家(地區)的承包工程、勞務合作和設計咨詢項目進行登記備案；對外援助歸口管理，負責接受國際多雙邊無償援助業務；制定全省公民出境就業管理政策並組織實施；承擔境外勞務人員和境外雇員權益保護的相關工作。
(二十壹)外國投資辦公室
制定並組織實施外商投資政策和管理規定；依法批準和推動省內企業到境外投資興辦企業(金融企業除外)；負責對外直接投資的統計。
(二十二)機場口岸管理辦公室(省口岸管理辦公室)
制定並組織實施港口發展規劃和政策；負責空、水口岸(含作業區和特殊監管區)的申報、建設、驗收和管理；開辟國際國內空中和水上航線；協調或仲裁相關部門之間的口岸事務，推進口岸文明建設。
(二十三)陸路口岸管理辦公室
負責鐵路、公路口岸(含作業區、特殊監管區等)的申報、建設、驗收和管理。);開辟鐵海聯運和公路港口運輸通道，發展港口物流；推進口岸區域大通關合作；負責電子口岸的規劃和建設。
(二十四)外事辦公室
制定辦公室外事工作制度；承擔相關外事工作。
離退休幹部處負責機關的離退休幹部工作，指導所屬單位的離退休幹部工作。
直屬機關黨委負責政府部門和所屬單位的黨群工作。
紀檢組(監察廳)是省紀委(省監察廳)的派駐機構。