1、咨詢備案、受理登記；
2、省國防科工辦到申請保密資格單位了解具體情況；
3、省市保密局提供具體指導；
4、成立保密委員會、保密辦公室、定密小組，劃分保密要害部門部位及涉密人員；
5、對涉密人員進行審查。
企業保密資質的管理制度：
1、保密責任制：企業應建立保密責任制，明確各級保密責任人的職責和權限；
2、保密教育培訓：定期對員工進行保密知識的教育和培訓，提高保密意識；
3、保密協議：與員工簽訂保密協議，明確保密義務和違約責任；
4、保密審查：對涉及保密信息的文件和資料進行審查，確保不外泄；
5、物理保密措施：采取物理隔離、封存等措施，防止保密資料的泄露；
6、技術保密措施：使用加密技術、訪問控制等技術手段保護信息安全；
7、保密檢查：定期或不定期進行保密檢查，發現問題及時整改。
綜上所述，企業保密資質的辦理流程包括咨詢備案、受理登記，省國防科工辦了解具體情況，省市保密局提供具體指導，成立保密委員會、保密辦公室、定密小組，劃分保密要害部門部位及涉密人員，並對涉密人員進行審查。
法律依據：
《中華人民***和國保守國家秘密法》
第二十三條
存儲、處理國家秘密的計算機信息系統（以下簡稱涉密信息系統）按照涉密程度實行分級保護。
涉密信息系統應當按照國家保密標準配備保密設施、設備。保密設施、設備應當與涉密信息系統同步規劃，同步建設，同步運行。
涉密信息系統應當按照規定，經檢查合格後，方可投入使用。