(壹)負責實施兩省人民政府和兩省交通行政主管部門發布的有關瓊州海峽交通管理的行政法規和規範性文件；
(二)負責瓊州海峽輪渡運力管理，受理本省水路運輸企業和單位經營海峽輪渡運輸的申請，簽署初審意見，報省交通行政主管部門審批；
(三)協調處理瓊州海峽輪渡運輸中港口與航運之間的糾紛；
(四)組織指導港航企業做好車、船的接駁運輸，維護海峽運輸秩序；
(五)查處違反兩岸運輸市場管理規定的各種違法行為。第五條航運公司和船舶在瓊州海峽從事輪渡運輸，必須經兩省交通行政主管部門批準。航運公司在海南省註冊的，必須先向海南省工商行政管理部門辦理營業執照，再向兩省交通行政管理部門辦理審批手續。船舶公司在廣東省註冊的，必須先向兩省交通行政主管部門辦理審批手續，然後持批準文件到廣東省工商行政管理局辦理營業執照。
在瓊州海峽從事輪渡運輸的船舶，必須到其船公司所在地的交通運輸行政主管部門領取船舶營業運輸證。
未辦理營業執照並取得船舶營業運輸證的，不得在瓊州海峽從事輪渡運輸。第六條在瓊州海峽從事渡口運輸的船舶以及為其提供碼頭設施和服務的企業或人員，必須服從海峽辦的管理。
客渡船運輸要做到定船、定航線、定班期、定時間、定碼頭。船舶不得無故離開工作崗位或延誤航行。
港口企業應當按照兩省海峽事務辦公室商定的時間表合理安排泊位，按照規定的時間表裝船或者按照船舶到達的先後順序卸船。第七條海峽輪渡運輸必須按照批準的項目和標準收取運費。乘客壹票渡海。門票由兩省海峽辦按照有關規定統壹印制、發放和管理。任何單位和個人不得提高收費標準和增加收費項目。第八條船舶所有人、經營人和提供碼頭設施服務的企業應當教育從業人員樹立良好的職業道德，文明經營，優質服務，加強管理和安全保障，維護旅客和車輛的正常上下秩序和安全。乘客、車輛和貨物不得走私上船。嚴禁利用工作之便收受錢物、亂收費、敲詐勒索；嚴禁刁難乘客、貨主和司機。第九條違反本條例規定，擅自從事瓊州海峽輪渡運輸的，責令停業，沒收違法所得，並處違法所得5倍的罰款。第十條港口企業不按照兩省海峽事務辦公室擬定的時間表和調度原則安排泊位的，處以2000元罰款。
船舶不服從高管的，對船舶所有人或經營人處以2000元罰款。第十壹條船舶、港口企業及其工作人員亂收費或者敲詐司機、托運人、旅客的，沒收違法所得，對船舶、港口企業所有人或者經營人處以2000元罰款；對行為人和崗位負責人分別處以違法所得10倍的罰款。第十二條港航企業不使用統壹票據的，沒收票據，沒收違法所得，並處違法所得10倍的罰款；不執行旅客壹票過海的，沒收違法所得，責令立即改正，並處違法所得5倍罰款。第十三條船舶壹年內被罰款三次的，責令停航整改；停業整頓時間不得超過60日。船舶在年度內被停業整頓後再次受到處罰的，吊銷其營業運輸證。被處以吊銷營業運輸許可證的，不得重新參與瓊州海峽輪渡運輸。第十四條需要吊銷船舶營業運輸證的，由被查處地海峽辦暫扣，並報兩省交通行政主管部門，由原發證機關吊銷船舶營業運輸證。
應吊銷船舶營業運輸許可證而未吊銷的，海峽辦原調查報告經本省交通行政主管部門批準，可拒絕船舶在所轄港口或碼頭停靠。
其他處罰由調查地海峽辦執行。第十五條實施罰款、沒收違法所得處罰時，必須出具財政部門統壹印制的罰沒收據，註明違法事項和違法處罰通知書的編號，由執行員簽名並加蓋執行員單位印章。否則，被處罰人有權拒絕繳納罰款。
罰沒款應當按照規定上繳財政。