1、保障對象不同：經濟適用房主要面向城鎮中低收入家庭，而廉租房則是面向城鎮最低收入家庭或低保戶。
2、保障方式不同：經濟適用房是通過微利出售的方式提供給符合條件的家庭，而廉租房則是通過廉價出租的方式提供給符合條件的家庭。此外，經濟適用房可以由政府或房地產開發企業建設，而廉租房的來源可以是新建住宅、舊房，也可以是符合廉租住房保障對象自己租房，政府發放租金補貼。
3、保障標準不同：經濟適用房的面積通常在60-80平米，最多可達到90平米，且通常是毛坯房出售；而廉租房的面積必須在50平米以內，且必須已裝修可入住。
4、產權和交易限制：經濟適用房在購買後壹定年限內（通常為5年）不得上市交易，而廉租房通常沒有產權，不能上市交易。但需要註意的是，不同地區的政策可能有所不同，有些地方可能允許廉租房在壹定條件下轉為經濟適用房或進行購買。
5、申請原則的區別：經濟適用房主要是面向低收入住房困難家庭出售，而廉租房則是向符合城鎮居民低生活保障標準且住房困難的家庭提供住房。