可以辦理。1、電子身份證可以辦理港澳通行證，但不是每壹個地區都可以的，目前只有上海，濟南等地區可以。2、其他地區暫不可以，必須要交驗居民身份證原件。
沒有身份證能辦港澳通行證嗎？
年滿16周歲只有戶口本沒有身份證是不可以辦港澳通行證的。
綜上所述，首次辦理港澳通行證可以用電子身份證辦理。電子身份證可在辦證大廳相關單位窗口辦理以下事項業務：市公安局可以辦理普通護照簽發、內地居民往來港澳通行證簽發、大陸居民往來臺灣通行證簽發、查詢出入境記錄、開具駕駛人安全駕駛記錄、預約滿分考試；市退役軍人事務局可辦理退役士兵自主就業壹次性經濟補助金的給付、退役士兵待安排工作期間生活費的給付；市住建局可辦理建築業企業首次申請資質核準、工程監理事務所新設立資質核準、工程監理企業新設立資質核準、公租房租賃補貼資格確、公租房承租資格確認。
法律依據：
《中華人民***和國出境入境管理法》第十條 中國公民往來內地與香港特別行政區、澳門特別行政區，中國公民往來大陸與臺灣地區，應當依法申請辦理通行證件，並遵守本法有關規定。具體管理辦法由國務院規定。