拖拉機駕駛證遺失的，駕駛人應當向拖拉機駕駛證核發地的農機監理機構申請補發。
更換農業機械證書需要提交下列證件:
1，拖拉機駕駛人的身份證明；
2、拖拉機駕駛證遺失書面聲明；
3.需要兩張額外的照片；
4、核實符合的，農機監理機構應當在3日內補發拖拉機駕駛證。
農業機械證書補發流程:
1，應用。申請人向行政服務中心窗口提出申請，提交申請材料；
2.接受。受理人員對申請材料進行核對，申請人符合申請資格、材料齊全、格式規範、符合法定形式的，予以受理；申請人不符合申請資格或者材料不齊全、不符合法定形式的，受理人員不予受理，並出具不予受理通知書。申請人材料不符合要求但可以當場補正的，退回當場補正後予以受理；
3.頒發證書和接收結果。審批通過後，由窗口工作人員錄入全國農機監理信息管理系統，當日制證，申請人在窗口領取辦理結果。
綜上，拖拉機、聯合收割機駕駛證遺失或者損壞，拖拉機、聯合收割機駕駛人申請補領的，應當向原農機監理機構提交本人身份證明和申請材料。農機監理機構應當憑拖拉機、聯合收割機駕駛證檔案核實後，自受理申請之日起3日內予以補發。
法律依據:
第二十八條
拖拉機登記證書遺失、滅失或者損壞的，拖拉機所有人應當申請補發、換發拖拉機登記證書，填寫《拖拉機號牌補發、換發申請表》，並提交拖拉機所有人身份證明。
申請換發拖拉機登記證書的，農機監理機構應當自受理之日起1日內予以換發，並收回原拖拉機登記證書。申請補發拖拉機登記證書的，農機監理機構應當自受理之日起15日內予以確認，並補發拖拉機登記證書。拖拉機登記證書補發期間，該拖拉機的登記應當停止。
第二十九條
拖拉機號牌、拖拉機行駛證丟失、遺失或者損毀的，拖拉機所有人應當申請補發、換發拖拉機號牌、行駛證，填寫《拖拉機牌證補發、換發申請表》，提交拖拉機所有人身份證明。
農機監理機構應當自受理之日起1日內換發拖拉機行駛證，自受理之日起15日內換發號牌，原拖拉機登記號碼不變。
在補發拖拉機號牌期間，應當向拖拉機所有人發放臨時行駛號牌。
拖拉機號牌、拖拉機行駛證補發或者換發後，未丟失、遺失或者損毀的號牌、行駛證應當收回。