承辦文電、會議、機要工作、政務公開、辦公自動化等工作；組織起草全委會工作報告；綜合協調和監督重要工作；組織辦理NPC代表建議和CPPCC委員提案工作；承擔人事、人員編制、財務和內部審計工作。
行政部(機關黨委辦公室)
承辦黨務、紀檢、監察、工青、計劃生育、固定資產管理、信訪和維穩工作；承擔行政接待和後勤支持；承擔機關及直屬單位退休人員的服務工作。
綜合法規司(進出口公平貿易與產業損害調查司)
承擔法律、法規、規範性文件、綜合性材料和涉外協議的起草或審查工作；綜合分析農業、工業、商業、外貿和軟件業運行情況，提出相關調控建議；規範本委行政審批事項和行政執法行為，協調新聞宣傳工作；承辦行政復議和行政訴訟；協調進出口公平貿易和產業損害調查。
企業服務辦公室(業務受理辦公室)
帶頭服務企業專項工作，協調企業直通車服務和減輕企業負擔，推動大型骨幹企業加快發展；帶頭受理面向社會的行政審批和服務事項；承辦相關賬冊、表格、證書的發放；負責受理事項的總體協調；協調相關政策宣傳和咨詢。
預算監督辦公室
管理財政補助資金和市政府投資形成的相關國有資產，承擔申報預算、確定用款項目、撥付補助資金等工作；制定並執行園區預結算制度和固定資產投資計劃；審核直屬事業單位國有資產處置。
規劃發展處(工業轉型升級辦公室)
制定相關專項規劃；協調產業轉型升級並監督實施；根據分工承擔工業用地管理和全市工業用房管理；引導工業園區發展和老工業園區改造。
技術創新處
促進企業技術進步和改造，承擔企業技術中心認定和產業公共技術服務平臺建設；組織實施品牌發展戰略。
現代農業和畜牧獸醫處(市飼料管理處)
指導農業現代化和產業化建設；承擔種植業、畜牧業、獸醫、獸藥和飼料工業的管理；承擔基本農田保護區的管理責任；承擔化肥和農藥的管理工作；承辦種畜禽生產經營許可和進口獸藥通關單的簽發；負責動物疫病監測、預警和防控；承擔官方獸醫和執業獸醫的管理工作；承擔動物、動物產品防疫檢疫和動物衛生監督責任；承擔畜禽屠宰的相關工作；負責分析監測農業運行形勢，發布相關預測預警信息，提出相關調控建議；組織協調菜籃子工程建設和重大疫病防控工作；協調農業植物檢疫和現代農業科技推廣。
海洋經濟司(漁業司)
承擔海洋經濟工作的綜合協調，制定海洋經濟發展規劃並組織實施；承擔水產品行業管理工作；從事近海漁業的管理；承擔捕撈許可證和水產苗種管理工作；承擔漁業資源和水生野生動物的保護增殖、漁港建設；組織實施伏季休漁制度；組織漁業汙染事故的調查和處理；承擔漁業執法的監督和指導工作；承擔漁業安全生產監管工作。
電子信息辦公室(工業運行監控辦公室)
承擔電子信息產品制造業的行業管理；指導軟件產業發展，承擔軟件企業認定和軟件產品登記工作；負責分析監測工業和軟件業運行形勢，發布相關預測預警信息，提出相關監管建議。
新興產業司
推動或參與戰略性新興產業發展，承擔推動先進制造業和傳統產業發展的任務。
生產服務司
促進生產性服務業發展；推動互聯網和電子商務產業發展；促進工業設計、信息服務和商業服務的發展；依法監管拍賣、典當、租賃行業。
流通市場辦公室
承擔商貿流通業的管理工作；依法監管商業特許經營行業；推進商務領域信用建設；承擔糧食行政管理職責；組織實施糧食等重要物資儲備和市場供應；承擔建立和完善生活必需品市場供應應急管理機制的相關工作；承擔突發公共事件基本生活物資的儲備和市場供應；落實商務部整頓和規範市場秩序的工作；負責促進汽車流通和舊貨流通行業發展；負責制定藥品流通發展規劃和政策；負責分析和監測業務運行情況，發布相關預測預警信息，提出相關監管建議。
電子與資源綜合利用處
組織協調電力經濟運行，依法實施電力行業管理和改革，制定和實施電力行業發展規劃，按規定管理電價調整準備金，協調處理電力運行中的重大問題；組織實施工商業資源綜合利用、再生資源循環利用、清潔生產和節能推廣，協調相關示範工程和新技術的推廣應用。
對外貿易辦公室
組織企業參加進出口商品出口交易會和配額招標，並根據授權出具相關證明；協調對港澳的生鮮和冷凍商品供應；編制年度進出口商品計劃；依法監督機電產品的國際招標以及國家限制技術引進、設備進口和技術出口的工作；制定進出口指導性計劃，協調和管理重要工業品的進口；組織實施加工貿易政策，指導和管理加工貿易；制定加工貿易發展規劃並組織實施，引導和促進加工貿易轉型升級；承擔加工貿易業務的管理及相關協調工作；負責分析和監測外經貿形勢，發布相關預測預警信息，提出相關調控建議。
服務貿易辦公室
促進服務貿易的發展；推動服務外包產業發展，落實《服務外包基地城市建設協議》；指導和管理展覽業；實施商貿服務業管理。
保稅經濟辦公室
承擔海關特殊監管區域的總體規劃、規劃和園區申報工作；擬定保稅區產業導向目錄；促進保稅區企業發展，推動保稅經濟發展；指導保稅區非經營性國有資產的管理。
外國投資管理辦公室
參與制定外商投資產業導向目錄和全市吸收外商直接投資規劃(計劃)；承辦外商投資企業的設立、變更、後續管理和服務；組織外商投資企業聯合年檢和國家關於外商直接投資的特殊政策工作。
對外合作辦公室
承擔對外經濟交流與合作的組織實施工作，編制合作交流計劃(方案)；協調境外會展，依法管理對外投資、對外承包工程、對外勞務合作和對外援助，指導企業防範和應對境外突發事件。
經濟協作辦公室(駐深圳單位管理辦公室)
落實廣東省委、省政府戰略部署，推動我市產業向粵北山區和東西兩翼有序轉移，加快我省欠發達地區發展；積極響應國家區域發展戰略，由政府、行業協會或相關機構組織，參加市外、國內的區域性綜合性展會，幫助深圳企業開拓國內市場；行政事業單位和部分國內大型企業駐深圳辦事處的集中管理和服務，受理辦事處設立登記、年審、變更登記、掛失補辦、遷址初審等業務；加強與國內省市的產業和經濟合作，促進生產要素在地區間的合理流動和有效配置，實現地區間產業優勢互補和經濟共同發展。
信息辦公室
推進企業、社會事業和社區信息化；推廣新的信息技術和標準；推動電子政務發展，按要求審查電子政務項目建議書和可行性研究報告；承擔黨政機關內外網的規劃、建設和管理；促進政府信息資源的開發、利用和共享，協調推進電子政務優化；承擔計算機信息系統集成資質和監理資質的管理；協調無線電通信服務工作。
信息安全處
承擔信息安全綜合管理工作，協調信息安全保障體系和網絡信任體系建設；負責全市信息安全應急協調工作；指導和監督全市黨政機關、重要領域的信息安全工作；組織和推動電信、廣播電視和計算機網絡的融合發展；協調指導信息基礎設施建設，推進信息網絡互聯互通。
安全生產監督辦公室
承擔工礦商貿企業安全生產監管工作；承擔危險化學品生產企業安全生產準入和安全監督管理的綜合工作；承擔民用爆破器材行業和生產流通安全監管工作；管理易制毒化學品的生產、經營和進出口；承擔與執行《化學武器公約》有關的協調工作；指導和監督區有關部門開展工礦商貿企業安全生產行政執法工作，檢查市級審批項目安全生產“三同時”落實情況，依法查處安全生產違法行為；按照規定承擔生產安全事故的調查處理、結案審批和行政處罰。
軍事部門
承擔全市國防科技工業的綜合協調和管理工作；組織制定國防科技工業發展規劃，並組織實施；承擔國防科技工業科研項目的管理職責；組織、協調、監督、檢查國家下達的國防科技工業高技術項目、專項計劃和軍工科研生產任務的實施，並提供保障服務；配合國防科技工業保密和武器裝備科研生產許可的組織管理；實施國家軍民兩用技術雙向轉移、軍民通用標準體系建設等軍民融合發展規劃。市動物衛生監督所
市無線電管理局
市對口支援辦公室
港澳流動漁民工作辦公室
市政投資促進機構
北美經濟貿易代表處(深圳人力資源北美聯絡處)
駐歐洲經濟貿易代表處(深圳駐歐洲人力資源聯絡處)
駐日本經濟貿易代表處(深圳駐日人力資源聯絡處)
駐澳大利亞經濟貿易代表處(深圳澳大利亞人力資源聯絡處)
市政公平貿易促進機構
市中小企業服務部
市電子政務資源中心
城市信息安全評估中心
市農業科技推廣中心
市漁業服務和水產技術推廣站
城市工業展覽館
福田保稅區服務中心
沙頭角保稅區服務中心
鹽田港保稅區服務中心
信息中心
市對外經濟貿易服務中心