由於微小膜殼絳蟲的生活史可通過蟲卵直接感染，無需中間宿主，因此該蟲的流行主要與個人衛生習慣有關。蟲卵從孕結散開後具有傳染性，在糞便和尿液中可存活較長時間，如在廁所中存活8.5小時，但蟲卵對外燥的抵抗力較弱，在外界環境中很快失去傳染性。因此，蟲卵主要通過手-口進入人體，尤其是在兒童聚集的地方，更容易相互傳播。意外攝入帶有囊蟲病的昆蟲是感染的另壹個原因。此外，由於自身反復感染引起的頑固性寄生，具有壹定的流行病學意義。
有學者曾經認為，雖然小鼠體內的微小膜殼絳蟲和人類體內的微小膜殼絳蟲在形態上非常相似，但不容易相互傳染，而且是不同的亞種或者不同的生理系統。但也有人用小鼠感染人體微小膜殼絳蟲幾代，結果逐漸成為小鼠的易感蟲種，說明人和嚙齒動物的微小膜殼絳蟲是可以相互轉化的。因此，嚙齒動物在這種疾病的流行中起著儲存和傳播病原體的作用。