(1)蛇口漁港區:東起漁港東堤根東側，西至牡蠣研究所水產碼頭以南500米範圍內的水域。
(2)鹽田漁港區:東起漁會招待所，西至避風塘西岸以南500米以內水域。
(3)南澳漁港區:南起排仔門，北至下岐頭沙，西臨火燒排以東1000m水域。
(4)沙井漁港區:南起沙井鎮下沖(即民主中)，北至上沖口水域。第二章船舶進出第六條機動船舶進出港口時，必須遵守《國際海上避碰規則》和其他港航規章，及時、正確顯示船舶動態的有關號燈、號型和喇叭，並加強了望，控制船速在五節以下。第七條非機動船舶在夜間進出港口時，應當在主桅或者明顯處懸掛白色環形燈或者與其他燈光配合顯示。第八條有下列情形之壹的，漁政監督管理人員有權禁止船舶航行。
(壹)處於不適航或者拖航狀態；
(二)發生交通事故，手續不清的；
(三)未向漁政漁政監督管理機構繳納有關港航費用的；
(四)主管機關認為危害或者可能危害海上交通安全的其他情形。第三章港內停泊第九條停泊在漁港區的船舶，應當在指定的錨地停泊，不得以任何借口違抗調度命令。第十條船舶靠泊時，船上應當有足夠的船員。如遇臺風緊急警報，全體船員應立即返回崗位，確保安全。第十壹條船舶需要在漁業碼頭停泊的，應當事先向碼頭管理部門提出申請，經批準後方可在指定的泊位停泊。裝卸後應及時離開，不準無故占用碼頭泊位，不準在碼頭堆放貨物。第四章港口管理第十二條任何單位和個人需要在漁港區內沿海進行水上水下施工、挖砂填海的，應當事先向漁政監督管理局提出申請，經市政府有關部門批準後，方可施工。第十三條在漁港區、碼頭附近和避風塘內，嚴禁傾倒垃圾、淤泥、煤灰、砂石和汙水等。，違者將按海洋環境保護的有關規定處理。第十四條所有裝運易燃、易爆和腐蝕性危險貨物的船舶，必須按照危險貨物運輸的有關規定采取安全防護措施，並報漁政監督管理局和公安部門檢查批準後，方可在指定地點裝卸。第十五條所有船舶不得在避風塘周圍和入口處附近裝卸貨物。第十六條漁港區內禁止撒網、定置網等有礙船舶航行的作業。碼頭附近50米範圍內嚴禁遊泳。第十七條船舶在海上捕獲的漂浮物、沈物，應當移交公安部門處理。第十八條船舶航行損壞助航標誌時，應立即報告漁政監督並接受處理；發現助航標誌移位、丟失或損壞時，應立即報告漁政監督人員，以便及時修復或搶救。第十九條船舶或貨物沈沒，事故單位或受害者應及時向漁政監督管理局報告，並在規定的期限內自行打撈清除。船舶或貨物未在規定期限內打撈清除的，漁政監督管理局有權組織人員清除，清除費用由事故單位或個人承擔。第二十條在緊急情況下，漁政監督管理機構有權派出在港船舶進行海上救助，船舶及其人員應當服從。第五章海上事故和違法處理第二十壹條發生海上事故，船長(駕駛員)應當在到達香港後48小時內填寫海事報告，並向漁政監督管理局報告。漁港監督應按照《海損事故調查處理規則》的有關規定處理海損事故。第二十二條國內漁業船舶之間、國內漁業船舶與漁業協定國(地區)漁業船舶之間的海事糾紛，由漁政監督管理局處理；漁業船舶和交通部門船舶之間的海事糾紛，由港務監督和漁港監督協商解決。第二十三條違反本條例的，根據《中華人民共和國海上交通監督管理處罰條例(試行)》的規定，可以給予警告、罰款直至扣留船舶的處罰。觸犯刑律的，送交司法機關依法追究刑事責任。第二十四條對漁政監督員的處罰決定不服的，可在接到處罰通知之日起十五日內，向市農業局申請復議。申請復議期間，原處罰決定繼續執行。第六章附則第二十五條本規定自發布之日起施行。